Zzz

搜索
登录

Zzz

文章数：124篇

可溶性纤维对IBD的调节具有高度个体菌群异质性

近期发表在Microbiome这份工作对之前不同研究中膳食纤维对炎症性肠病（IBD）患者症状的不同效果，以及纤维对IBD的影响是否具备个体异质性进行了进一步验证解释。他们的结果发现不同健康成人菌群对纤维素的响应不同，其诱导菌群介导的炎症调节能力也不同，且效果也与可溶性纤维类型相关。纤维素抵抗的菌群移植无菌小鼠后，再进行纤维素诱导，对结肠炎表型无显著影响。但纤维素敏感菌群移植的无菌小鼠会响应纤维素诱导，菊粉会加重其结肠炎症状，而洋车前子则起到对结肠炎的改善作用。

Nature子刊：适用于PacBio HiFi数据组装的工具metaMDBG

长读长测序技术，如PacBio HiFi，正在迅速成为基因组学研究的新黄金标准。近日，研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出metaMDBG，一个基于MDBG的长而准确的宏基因组读取组装工具，相比现有的工具，metaMDBG组装速度更快，占用内存较小，实测性能较好，值得关注。

metaMDBG HiFi测序研究论文基础研究宏基因组

克罗恩病（CD）

肠道菌群与克罗恩病活动性的异质性关联

克罗恩病（CD）与特定的细菌有关联，但研究中报告的关联差异很大。这种不一致性可能是由于个体患者之间的异质性关联，导致与细菌丰度的平均值没有明显或只有微弱的关系。Gut Microbes近期发表的文章，发现特定细菌家族与CD和恶化有关，但由于病程、用药史、肠道菌群组成等异质性，患者间相关性不同。

克罗恩病（CD）肠道菌群异质性

炎症性肠病（IBD）

用粪便菌群特征改善IBD生物治疗反应预测

菌群紊乱被认为是炎症性肠病的关键病因之一。Gastroenterology近期发表的文章，发现基于微生物负荷、水分含量、钙卫蛋白浓度和肠道分型的粪便菌群特征可能有助于IBD生物治疗的治疗选择。

炎症性肠病（IBD）肠道菌群失调生物治疗

Nature子刊：机器学习如何点亮微生物暗物质蛋白（评论）

这是发表于Nature Reviews Microbiology上的Genome Watch评论文章，作者总结介绍了2023年发表于Nature和Science期刊上的四项使用机器学习揭示微生物蛋白质暗物质的研究工作。大语言模型ESMFold从欧洲MGnify宏基因组数据库中预测出6.17亿个蛋白结构（其中36%高度置信），但产出数据集过大无法整体进行下游分析，后续三份工作则基于序列/结构相似性，分别从AlphaFold数据库或宏基因组/宏转录组数据库中预测比对了新的蛋白结构，值得注意的是，基于UniProt设置参考蛋白结构数据集发掘出的新细菌毒素-抗毒素系统蛋白家族，经实验验证了TumE/A毒素-抗毒素蛋白功能。

魏辅文院士团队：野生大熊猫和小熊猫的保护基因组学和宏基因组学（综述）

大/小熊猫都是濒临灭绝的物种，它们以竹子为食，在中国有部分同域分布。基因组学和宏基因组学研究的快速发展丰富了对其生物学、生态学、生理学、遗传学和进化的了解，对于其保护至关重要且有用。近日，江西农业大学魏辅文院士团队在Annual Review of Animal Biosciences上发表综述，描述了野生大熊猫和两种小熊猫（中国小熊猫和喜马拉雅小熊猫）的进化历史、濒危过程、遗传多样性和种群结构，探讨了基因组学和宏基因组学研究如何深入了解大熊猫对特殊竹子饮食的趋同适应，并讨论如何将这些发现应用于野生和圈养大熊猫和小熊猫的有效保护管理，以促进这些物种的长期生存。

减肥手术对肠道硫化物和丁酸盐代谢细菌的影响

Gut Microbes近期发表的文章，研究两种常用减肥手术——RYGB和VSG对硫化物还原菌和丁酸盐产生菌（可能影响减肥手术后CRC的风险）的影响。结果显示，RYGB和VSG对可能与CRC风险有关的微生物组模式的影响不一样。未来的研究需要验证和了解这些微生物组变化对减肥手术后CRC风险的影响。

减肥手术硫化物丁酸盐结直肠癌

蒸西兰花芽可减轻DSS诱导的菌群失调和结肠炎

炎症性肠病（IBD）是一种破坏性的胃肠道疾病，治疗方法有限，而饮食干预对于控制症状是有效且经济实惠的。芥子油苷化合物尤其是萝卜硫苷（GLR）高度集中在西兰花芽中，并且可以被某些哺乳动物肠道细菌代谢成抗炎异硫氰酸盐，肠道菌群表现出生物地理模式，但尚不清楚结肠炎是否会改变这些模式，或者GLR代谢细菌的位置是否会影响抗炎作用。近日，发表在mSystems上的这篇文章，发现蒸西兰花芽可减轻DSS诱导的炎症并保持小鼠肠道菌群生物地理学。

微生物与情绪障碍：不仅是肠道细菌（综述）

Biological Psychiatry近期发表综述，探讨了微生物组与情绪障碍的研究进展，强调了肠道细菌以外的微生物组成分的作用。

肠-脑轴情绪障碍微生物组

急性阑尾炎患者需注意结肠癌风险

阑尾炎是最常见的需要紧急手术治疗的消化系统疾病，而结直肠癌是发病率第三的恶性肿瘤。已有的几个单中心队列研究表明急性阑尾炎后结直肠癌风险增加，也有研究发现阑尾切除术后癌症风险降低。由于急性阑尾炎的高发病率，其与结直肠癌发病风险的关系需要进一步研究。近日EClinicalMedicine发表了一项全国性的基于人群的研究结果，纳入法国23万余例成人急性阑尾炎患者和46万余例匹配的健康对照，确认急性阑尾炎与更高的结肠癌发病率相关，尤其在阑尾炎后第一年内和40岁以下的患者当中。这项研究指出急性阑尾炎患者，尤其是40岁以下患者，应当被视为结肠癌的高危人群，对他们进行结肠癌筛查可能是必要的。

国内团队：乳杆菌代谢物Norharman或可缓解急性胰腺炎

急性胰腺炎（AP）患者具有与严重程度相关的特定肠道菌群表型，肠道菌群和宿主主要通过代谢物相互作用，然而目前对其在AP生物网络中的作用知之甚少。近日，大连医科大学尚东、项红团队在BMC medicine上发表文章，发现培养乳酸杆菌分泌的色氨酸代谢物Norharman作为组蛋白去乙酰化酶拮抗剂减轻急性胰腺炎，因此norharman可能是一种有前景的阻止AP加重的前药。

粪便样本储存缓冲液对下游噬菌体分离或测序的影响

这是发表在Microbiome上的一份工作，作者主要讨论了在不同粪便样本储存缓冲液中，噬菌体的感染活性和核酸稳定性的变化。他们发现不同缓冲液中视具体你的感染性和基因组回收率高度可变，CANVAX或DNA/RNA Shield类缓冲液会快速灭活噬菌体，但它们的宏基因组组成变化最小，同时由于其内含有核酸酶抑制剂，会导致去除游离核酸效率降低，从而引入较多细菌序列污染。其中，在4°C的SM缓冲液存储样品可用于噬菌体分离，-80°C存储可用于测序分析。其他缓冲液存储的样品应在核酸提取前洗涤干净缓冲液残留，以降低影响。

公共卫生营养

Nature：从公共健康角度看中国人饮食模式变化（观点）

随着中国经济快速发展和城市化进程加快，中国人消费更多的精制谷物、加工食品和肉类，饮食模式更加西方化，造成了糖尿病、肥胖、心血管疾病等饮食相关公共健康问题。近日，Nature发表观点文章，从公共健康的角度分析了中国人饮食模式的现状和潜在健康风险，并指出了从政策层面关注饮食和营养相关健康问题的重要性。

公共卫生营养观点饮食模式膳食脂肪摄入膳食减盐

膳食纤维干预人群16S rRNA扩增子数据集整合

这是发表在Scientific data上的一份工作，主要收集了11箱膳食干预人群阵列的2368个16S rRNA测序数据和对应的Meta数据，并实现了重新预处理和质检，同时整合协调Meta数据以跨数据集可比，产出了整合后数据集的OTU表格。

阿尔兹海默症

阿尔兹海默症的微生物-肠-脑轴特征

Alzheimer's Research and Therapy近期发表的文章，纳入34例阿尔兹海默症导致认知障碍患者（CI-AD)、37例非AD导致认知障碍患者（CI-NAD）和13例非认知障碍对照（CU），对肠道菌群、血液中微生物-肠道-脑轴相关的介质、淀粉样蛋白级联标志物进行系统分析。结果发现，特异性细菌属与免疫和内皮菌群-肠-脑轴介质相关，这些在散发性AD中与淀粉样蛋白级联标志物相关。应进一步研究将肠道细菌与淀粉样蛋白级联反应联系起来的生理机制，以阐明其潜在的治疗意义。

阿尔兹海默症微生物-肠道-大脑轴认知障碍

黄烷醇有助于减缓年龄相关的记忆力衰退

随着年龄增长，脑细胞逐渐损伤和死亡，大脑的结构和功能也会逐渐发生改变。虽然记忆力的退化是一个自然的生理变化，但是通过正确的生活方式和训练，可以减缓其衰退。膳食黄烷醇是在某些水果和蔬菜中发现的与认知衰老有关的食物成分。先前研究表明，黄烷醇能改善大脑海马体特定区域的功能。近日，发表在美国科学院院刊PNAS的研究发现，饮食中补充黄烷醇能显著改善低黄烷醇饮食老人的记忆力，增加了改善老年人认知功能的可能性。

黄烷醇认知老化研究论文医学研究海马体

工程化罗伊氏乳杆菌或可加速皮肤伤口愈合

复杂或长期不愈合的伤口是一个与代谢疾病和衰老相关的医学问题，且日益严重。伤口愈合受损显著影响患者生活质量，并增加感染风险。伤口处的免疫微环境与伤口愈合相关，但目前少有免疫调节药物用于加速伤口愈合，部分可归因于伤口处局部的蛋白水解环境限制了潜在药物的生物利用度。基于工程化的罗伊氏乳杆菌（L. reuteri R2LC）设计的候选药物ILP100-Topical可以在伤口处表达并释放CXCL12，在临床前实验中可以加速伤口愈合。近日，瑞典乌普萨拉大学研究人员在EClinicalMedicine发表了ILP100-Topical药物的首个人体临床试验结果，该药物较安慰剂/生理盐水能够加速皮肤伤口愈合，并显示出良好的安全性和耐受性。该1期试验的结果支持进一步开展ILP100-Topical用于加速伤口愈合、治疗负责伤口的临床研究。

伤口愈合研究论文 1期临床试验工程菌罗伊氏乳杆菌

开发CBA/J小鼠模型基因组数据库并揭示新的炎症分类变种

CBA/J小鼠模型广泛被用于免疫学和肠道病原体研究，该模型不需要抗生素干预即可定植沙门氏菌，因此该模型更能模拟人类胃肠炎疾病进展，然而其肠道菌群尚不清楚。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，首次描述了CBA/J小鼠肠道菌群和病毒基因组，并发现能够抵抗沙门氏菌引起的炎症以维持关键肠道功能的特定菌群，未来或可成为益生菌。

数据库小鼠模型肠道菌群病原体

贾第鞭毛虫

Nature子刊：寄生虫贾第鞭毛虫致病新机制

贾第鞭毛虫是中低收入国家儿童最常见的肠道病原体之一，目前预计年感染人数愈2亿。尽管贾第鞭毛虫感染后症状不显著，但已经明确该寄生虫是儿童生长发育受限因素之一。此前认为贾第鞭毛虫感染后可以通过改变肠道通透性，触发肠道炎症等传统的致病机理导致儿童生长受限，但越来越多的证据发现该寄生虫感染后，尽管肠道通透性发生异常，但通常并不伴有炎症，表明其致病机制与传统认知不同。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Communications的研究，通过人群队列和悉生小鼠的研究对贾第鞭毛虫导致儿童生长受限的机制进行了深入的分析，证据显示贾第鞭毛虫感染导致的生长受限具有剂量依赖性，且与炎症指标无关，与不同的地理人群有一定关系，生长受限儿童主要表现有广泛的氨基酸缺乏和寄生虫氨基酸代谢副产物酚酸的增多。这些结果为深入认识寄生虫肠道感染的病理机制提供了新的知识。

贾第鞭毛虫肠道疾病肠道炎症氨基酸代谢饮食与环境

Nature子刊：共生菌诱导B细胞衰老，衰老的B细胞进而促进肠道菌群变化

与衰老相关的两个因素——衰老细胞的积累和肠道微生物群组成的变化——已被证明在衰老中发挥着关键作用。然而，这些现象是如何发生的以及在衰老过程中的相互关系尚不清楚。Nature Cell Biology近期发表的文章，揭示出肠道菌群如何导致B细胞衰老，以及B细胞的衰老如何导致肠道菌群组成发生变化。

衰老肠道菌群 B细胞

Science子刊：口腔菌群中的β-葡萄糖醛酸酶促进牙周炎

β-葡萄糖醛酸酶（GUS）可降解牙周组织中的成分，可作为牙周炎严重程度的生物标志物。Science Advances上发表的一项最新研究结果，在人口腔菌群中鉴定出了多种不同的GUS，并发现GUS降解牙周组织中的多糖的能力明显优于人GUS。

牙周病口腔菌群 β-葡萄糖醛酸酶研究论文基础研究

IBD患者的焦虑及抑郁风险增加

EClinicalMedicine上发表的一项队列研究结果，在2.2万名丹麦IBD患者及11万名对照中，在IBD确诊前后，患者的焦虑及抑郁风险增加。

IBD 研究论文队列研究焦虑抑郁

菌群或通过迷走神经介导抑郁症发生

这是发表在Molecular Psychiatry上的一份工作，作者基于菌群与抑郁症发生之间目前存在的关系，假设迷走神经在两者间起连接作用。因此，他们通过不可预期慢性温和应激（UCMS）小鼠的粪菌移植实验结合亚膈神经切断术，发现UCMS肠菌可诱导健康小鼠表现出抑郁样表型，但切除迷走神经后，抑郁样表型消失。其中菌群通过迷走神经介导了脑内神经递质水平变化、成年HPC神经发生缺陷以及神经炎症，进而造成类抑郁样行为。

肠-脑轴肠道菌群抑郁迷走神经

母体和食物来源菌群可塑造婴儿肠道菌群

多项研究发现分娩方式、抗生素暴露和喂养方法等是影响母婴微生物组传播的重要因素，但其他关键影响因素，如现代西化的高卫生生活方式、高热量饮食和城市环境，与非西化的生活方式相比，尚未进行系统调查。近日，意大利和西班牙研究人员在Current Biology发表最新研究，纳入700个粪便宏基因组样品，评估西化和非西化群落中母婴间菌株共享动态，发现母体和特色发酵食物来源的微生物塑造了埃塞俄比亚农村人口的婴儿微生物组。总之，该研究表明生活方式不仅可以通过饮食、药物消耗和环境因素的差异来影响肠道微生物组的组成，还可以通过影响母婴间菌株共享模式来塑造菌群。

母婴菌群菌株共享研究论文基础研究传统发酵食品

胶质母细胞瘤

膳食鱼油或可抑制p53突变驱动的小鼠胶质母细胞瘤的发生

胶质母细胞瘤被认为是室下区的神经干细胞（NSCs）获得遗传改变而产生的。成人大脑中，神经干细胞基本上处于休眠，这表明NSCs休眠状态的失调可能是肿瘤发生的先决条件。Developmental Cell近期发表的文章，研究胶质瘤相关突变对小鼠脑室下区神经干细胞(NSCs)的影响，并确定代谢重编程驱动的过早休眠是肿瘤发生事件的关键。同时证明了饮食补充鱼油足以抵消这些影响，从而沉默突变并抑制肿瘤的发生。

胶质母细胞瘤神经干细胞休眠鱼油

代谢性内毒素血症

从肠道漏出来的细菌脂多糖如何促肥胖

脂肪组织 (AT) 功能失调有助于代谢疾病的病理生理学，其病因可能是由于肠源性内毒素血症引起脂肪细胞线粒体功能的变化并减少BRITE（米色）脂肪细胞的比例。近日，发表在BMC Medicine上的这篇文章，研究了内毒素（脂多糖；LPS）是否直接导致人脂肪细胞线粒体功能受损、脂肪细胞褐变及减肥手术前后肥胖状态的影响，首次强调系统性肠源性内毒素血症会导致个体脂肪细胞功能障碍和脂肪细胞群褐变能力降低，从而加剧代谢后果。

代谢性内毒素血症肥胖脂肪细胞脂多糖

香港大学：原发性高血压与肠道菌群之间关联具有性别差异

高血压发病机制存在性别差异。虽然肠道微生物群（GM）与高血压有关，但尚不清楚GM与高血压之间的关联是否存在性别差异。香港大学的刘巨基和何永基合作在Hypertension发表文章，发现GM失调与女性24h动态血压密切相关，与男性无关，这可能与血浆中短链脂肪酸有关。这提示我们，性别差异可能是评估GM对于高血压发展和治疗的重要考虑因素。

高血压肠道菌群性别差异

国内团队：小檗碱如何抑制高脂饮食相关大肠癌？

多项研究发现，膳食脂肪摄入与结直肠癌风险升高正相关。但目前，由于高脂饮食引起的结直肠癌发病机制复杂，临床治疗仍然不足。近日，浙江省肿瘤医院姚庆华、浙江中医药大学第一附属医院郭勇及团队在International Journal of Biological Sciences发表最新研究，通过动物实验结合粪菌移植，发现小檗碱通过调节肠道菌群介导血磷脂酰胆碱进而直接抑制高脂饮食相关的结直肠癌，从而为临床预防和治疗西方饮食相关结直肠癌提供了一种有希望的微生物调节治疗策略，值得关注。

小檗碱溶血磷脂酰胆碱研究论文基础研究肠道菌群

宿主-微生物进化

宿主如何抗衡共生菌以维持氨基酸的同手性？

哺乳动物的氨基酸具有系统的同手性——L构型。虽然核糖体蛋白质合成需要对L-氨基酸进行严格的手性选择，但在哺乳动物中，内源性和微生物酶都可将不同的L-氨基酸转化为D-构型。PNAS近期发表的文章，发现共生菌合成不同D-氨基酸扰乱哺乳动物氨基酸同手性环境，但宿主对微生物D-氨基酸的主动分解代谢维持了L-氨基酸的系统优势。

宿主-微生物进化氨基酸手性

施一+王军+王奇慧：膳食补充SCFA或可缓解阿尔兹海默症

中枢神经系统（CNS）疾病，尤其是阿尔茨海默病（AD），是老龄化社会的主要健康负担。细菌发酵产生的SCFA 是调节神经退行性疾病（包括 AD、亨廷顿氏病和帕金森氏病 (PD)）的关键分子，然而目前关于SCFA在衰老过程中对星形胶质细胞和神经元的代谢相互作用知之甚少。近日，中国科学院微生物研究所施一团队联合王军、王奇慧团队在Redox Biology上发表文章，发现SCFA通过促进星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭，有助于缓解AD，本研究对开发新型AD药物具有重要意义。