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燕茹等NC：大肠癌中的肠菌β-葡萄糖醛酸酶

本研究针对结直肠癌（CRC）中肠道微生物β-葡萄糖醛酸酶（gmGUSs）的作用机制，利用包含114个参考序列及结构域筛选的新型流程，从571例临床宏基因组样本中构建了包含550种酶的gmGUSs图谱。

戴磊/汪锴/李煜等Cell子刊：270万蛋白结构+AI工具！结构蛋白组赋能挖掘肠道微生物功能“暗物质”，首证细菌合成褪黑素

针对传统序列比对方法难以注释肠道微生物功能“暗物质”的挑战，本研究构建了包含约270万个预测结构的人类肠道微生物蛋白结构数据库（GMPS），并开发了结构感知AI模型。

曹海龙/徐昕等：垃圾食品如何促肠炎？7-酮基谷甾醇与肠道“坏”菌联手

本研究结合临床队列调查与小鼠模型，探究超加工食品中的氧化产物7-酮基谷甾醇（KS）对结肠炎的影响及其潜在机制。

赵兴明/杨禹丞/陈卫华等：迄今最大规模的肿瘤肠道微生物组数据库HGMT

本研究整合了111个项目的18,630例粪便样本，涵盖37种肿瘤类型及2,207例免疫治疗患者，利用统一流程处理全基因组测序（WGS）、16S及ITS数据，构建了迄今规模最大的肿瘤肠道微生物组数据库HGMT。

吴崇明/陈刚/潘学康等：雷公藤多苷调节肠-骨轴，改善强直性脊柱炎

本研究旨在探究雷公藤多苷（GTW）治疗强直性脊柱炎（AS）的潜在机制，通过构建AS小鼠模型并结合16S rRNA测序、非靶向代谢组学及体外细胞实验进行系统分析。

陈卫华等：GMrepo v3发布！首创MCI指标锁定高一致性肠菌

本研究构建了GMrepo v3数据库，利用大语言模型辅助筛选结合人工两轮校验，整合了890个项目及11.8万份人类肠道微生物样本，旨在解决元数据不全及跨数据集比较难的问题。

傅静远等NC：4年纵向追踪揭示，水平基因转移是肠道菌群的“稳定器”与“历史书”

本研究基于Lifelines-DEEP队列中338名受试者间隔约4年的676份粪便宏基因组数据，开发了名为HDMI的分析流程，旨在个体水平上精准检测肠道微生物近万年内发生的近期水平基因转移（HGT）。

梁冠翔/宋昕阳等NC：解码肠道暗物质，原噬菌体图谱揭示IBD治疗新机制

整合分析近29万个人类肠道细菌基因组及8500多个宏基因组样本，并开发结合生化实验验证的新型生物信息学流程来精准识别原噬菌体。

郑啸/郝海平等：肠菌色氨酸代谢物如何指挥神经与免疫？（综述）

本综述重点探讨了色氨酸代谢物作为宿主-微生物共代谢系统（HMMS）的关键信号分子，如何通过神经免疫感知网络介导跨器官通讯及维持生理稳态。

张志刚等：1.4万微生物基因组，解析青藏高原哺乳动物肠道菌群特征及演化

本研究测序了青藏高原6种大型食草哺乳动物的1412份粪便样本，构建了含14062个物种水平基因组箱（SGBs）的微生物基因组目录，是迄今为止最完整的、规模最大的高原动物肠道微生物组数据库。

王璋/郑雪燕等Cell子刊：空气污染如何将呼吸道变成“耐药菌工厂”？

本研究基于1,128名受试者的诱导痰液宏基因组数据及小鼠慢性暴露模型，深入探究环境污染物暴露如何重塑呼吸道微生物组的抗生素抗性基因（ARGs）谱。

陈廷涛/郝亮等：并非无菌！关节里的藤黄微球菌如何加速骨关节炎？

利用16S rRNA测序与培养组学技术分析了40例骨关节炎（OA）患者的滑液菌群，并结合体内外模型探究其致病机制。

韦中/杨天杰等Nature子刊：植物根际菌群如何抵抗病原体？饿死敌人+喂养朋友

本研究结合基因组规模代谢模型（GEMs）与合成菌群（SynCom）实验，系统探究番茄根际微生物群抵御青枯菌入侵的生态与代谢机制。

李华婷/陈洛南/倪岳琼/曾嵘/贾伟平等Cell子刊：抗性淀粉治脂肪肝为何效果因人而异？锁定关键肠菌

本研究通过随机对照试验与多组学分析，探究了抗性淀粉（RS）治疗代谢相关脂肪性肝病（MASLD）存在个体疗效差异的原因。

谢鹏/陆林/岳伟华等：全面绘制抗抑郁药-肠道微生物组双向互作图谱

本研究对176项研究（含16项临床和153项动物实验）进行了系统综述和荟萃分析，绘制了抗抑郁药与肠道微生物组相互作用的最新图谱。

聂少平等：狄氏副拟杆菌如何抵御高脂饮食对大脑的伤害？

本研究构建高脂饮食（HFD）诱导的胰岛素抵抗小鼠模型，通过口服狄氏副拟杆菌（Pd）干预，探究其对代谢紊乱及相关脑损伤的保护作用。

崔明/董佳丽等Cell子刊：膳食植酸调节肠菌及代谢物，缓解辐射肠道损伤

本研究通过小鼠模型和体外实验，探究植酸（一种植物源性天然化合物）对辐射诱导肠道损伤（RIII）的保护作用及其机制。

王琰/蒋建东/丛斌等：天麻成分如何通过肠道菌群改善肝性脑病？

本研究通过小鼠模型、代谢组学及菌群移植技术，揭示巴利森苷A（PA，中药天麻活性成分）通过肠道菌群调节改善肝性脑病（HE）的机制。

原田/刘志刚等：乳酸片球菌通过代谢物ILA为神经炎症“灭火”，或可改善抑郁

本研究采用慢性不可预知轻度应激（CUMS）小鼠模型，评估口服乳酸片球菌CGMCC 35671对抑郁样行为的干预效果与潜在机制。

周宏伟/何彦等NC：6217名中国女性数据揭示，人型支原体感染或是阴道菌群失调的最大“元凶”

这项中国多中心队列研究纳入6217名育龄女性，并对部分受试者随访6个月，结合16S rRNA测序、性传播感染（STI）检测和液基薄层细胞检测（TCT），评估阴道菌群与STI及宫颈病变的关系。