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葛均波/沈雳/王立顺等：从重塑肠道菌群到清除斑块“内鬼”，膳食果胶如何减轻动脉粥样硬化？

使用高脂饮食诱导的载脂蛋白E（ApoE）敲除小鼠模型，结合抗生素清除菌群和粪菌移植（FMT）实验，探究果胶的抗动脉粥样硬化（AS）作用是否依赖肠道菌群及其机制。

左涛Nature Reviews：跨界+跨器官，2025年肠道菌群与健康研究的新突破（年度回顾）

2025年研究表明，肠道细菌与真菌通过代谢物和免疫细胞途径，以跨器官方式调控宿主代谢、肝脏及神经系统健康。

周扬/张滕/刘永斌等：调节肠-睾丸轴，L-瓜氨酸或是生殖健康新防线

通过单细胞mRNA测序、16S rDNA测序和代谢组学分析，研究高浓缩饮食（HCD，一种高热量饮食）对绵羊睾丸功能及肠道-睾丸轴的影响。

于君/何亦平等：基于微液滴的高通量通用单实体测序，揭示海量新病毒与细菌

本研究开发通用单实体测序（GSE-Seq）平台，利用液滴微流控将单个病毒/细菌包裹于可降解PEG水凝胶内，完成原位裂解-全基因组扩增-滴内建库与T-A连接，并以长读长测序实现条形码引导的单体基因组装。

刘占举/李雪等：IBD易感基因YDJC如何调控免疫，防护肠道炎症？

YdjC壳寡糖脱乙酰酶同源物（YDJC）是炎症性肠病（IBD）易感基因，本研究通过基因敲除小鼠、多组学及临床样本分析，揭示了YDJC在肠道免疫调控和IBD中的作用机制。

李石洋等：ILC2为何在结肠炎中“罢工”？

针对溃疡性结肠炎（UC）中组织修复受损的问题，本研究利用UC患者样本及小鼠模型，通过单细胞测序等方法，探究肠道2型固有淋巴细胞（ILC2）组织修复功能的调控机制。

刘永鑫/李小方/陈夏/陈同等：EasyAmplicon 2解锁长读长测序潜力，助微生物组精准分析

本研究发布了EasyAmplicon 2，这是一个整合DADA2等工具、专为处理PacBio和纳米孔（ONT）长读长扩增子数据，并兼容Illumina等多平台的微生物分析流程。

史莹华等：苜蓿皂苷如何通过肠菌，让肠道干细胞“返老还童”？

通过对衰老小鼠口服苜蓿皂苷（AS），并结合菌群清除与移植实验，探究AS延缓肠道衰老的机制。

鞠峰等：害虫耐受杀虫剂，可能是肠菌代谢接力产生“解毒剂”

以草地贪夜蛾为对象，采用代谢组学、同位素追踪和CRISPR/Cas9基因编辑技术，探究其肠道共生菌群在杀虫剂抗性中的代谢机制。

李石洋/袁得天等Cell子刊：槲皮素的肠菌代谢物DOPAC，如何增强抗肿瘤免疫？

该研究通过小鼠肿瘤模型和代谢组学分析，探究了膳食成分槲皮素经肠道菌群代谢后，其产物3,4-二羟基苯乙酸（DOPAC）在CD8⁺ T细胞依赖的抗肿瘤免疫中的作用与机制。

韦中/江高飞等NC：LorBin让长读长分箱更聪明

LorBin是一款专为长读长宏基因组设计的无监督分箱工具，旨在提升未知物种识别和群落丰度不均衡情况下的分箱质量。

武圣儒/姚军虎等：缓解山羊瘤胃酸中毒炎症的“菌-代谢物-免疫”新轴线

本研究在奶山羊中建立高浓度日粮诱导的两种亚急性瘤胃酸中毒（SARA）模型（HGW-SARA整粒玉米、HGC-SARA粉碎玉米），联合宏基因组、代谢组、转录组与单核RNA测序，解析瘤胃微生物-上皮免疫互作机制。

左涛/丁郁/张芬等Cell子刊：从城市化饮食到精准营养，破解慢病迷局的菌群路线图（综述）

这篇综述系统阐述了饮食城市化是导致肠道菌群失调和非传染性疾病（NCDs）流行的关键驱动因素，并提出一个从“群体”到“个体”的分层级精准营养框架，为通过调节微生物组来应对现代慢病挑战提供了理论依据和实践路线图。

李乐园等NC：宏蛋白组揭示，药物治疗如何影响肠道菌群生态功能？

本研究通过RapidAIM 2.0平台，对离体人类肠道菌群进行高通量宏蛋白质组学分析，系统评估312种药物对肠道菌群功能及生态的影响，生成460万微生物蛋白响应数据。

房刚等Nature子刊：长读长赋能，LongTrack精准追踪FMT菌株的长期定植与演化

开发LongTrack新方法，利用长读长宏基因组测序技术，对粪菌移植（FMT）后的细菌菌株进行追踪，重点关注菌株水平的基因组组装与精准定植分析。

陈夏/余光创/何芳杰等：肠菌代谢物DHPAA或可改善多囊卵巢综合征

本研究以多囊卵巢综合征（PCOS）患者及小鼠模型为对象，通过整合肠道代谢组学与宏基因组分析，揭示关键代谢物的变化。

陈亮/张宏福/汤善龙等：低聚木糖如何通过“菌-肠对话”保护肠上皮？

通过猪模型探究膳食补充剂低聚木糖（XOS）对肠道健康的作用机制。

李孟鸿等：CSN6如何促进胰腺癌化疗耐药？

本研究采用条件性基因敲除、蛋白质组学分析及多种体内外模型，探究COP9信号体亚基6（CSN6）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的功能与机制。

傅静远/杨跃进/陈卫华/贺玖明/吴崇明等：急性冠心病发作的菌群与代谢物“警报”

本研究对548名参与者（包括正常冠状动脉、稳定型冠心病（sCAD）及急性冠脉综合征（ACS）患者）进行粪便微生物组与血浆代谢组的横断面多组学分析，并纳入52名ACS恢复期患者以评估动态变化。

刘宏伟等：Akk菌脂多糖如何抗肥胖？

本研究通过体外实验及高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型，探究了嗜黏蛋白阿克曼氏菌HW07菌株的脂多糖（ALPS）的化学特性及其抗肥胖作用。