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于君/张彤：大肠癌患者肠道竟成环境抗生素耐药基因“集散地”？

分析1,605人类粪便（748 CRC患者，857健康）和1,035环境样本的宏基因组数据，探究环境抗菌耐药基因(ARGs)对结直肠癌(CRC)患者的影响。

张发明/王军：挖掘肠菌基因结构变异，揭示饮食+肠菌的促肠炎新机制

通过ONT和Illumina宏基因组测序分析93例溃疡性结肠炎（UC）患者及100名健康对照（HC）的粪便样本，分离648株E. coli并验证结构变异（SV）相关基因缺失。

段丽萍团队：孕前肠道菌群失调，后代“第二大脑”受损

研究通过抗生素诱导孕前母鼠肠道菌群失衡（dysbiosis），结合代谢组、转录组及益生菌/丙酸补充实验，探究其对后代肠神经系统（ENS）发育及疾病易感性的影响。

李后开等：衰老肠道菌群如何损害认知功能？

通过粪便微生物移植（FMT）及多组学分析，探究老年肠道菌群对认知功能的影响。

刘宏伟/刘双江/刘畅：利用互养关系，优化益生菌组合

研究对象是解木聚糖拟杆菌和丁酸梭菌的组合疗法，通过体外实验、模拟分析及动物模型验证其作为新型活体生物治疗产品（LBPs）对代谢综合征的治疗效果及微生物互作机制。

曹永国/刘久茜：衣康酸二甲酯调节肠菌和代谢物，或能改善子宫内膜炎

通过小鼠模型探究衣康酸二甲酯（DI）对大肠杆菌诱导子宫内膜炎的作用及机制，结合肠道菌群分析和多组学技术。

刘志刚/刘学波等：饮食护脑！限时进食或能缓解阿尔茨海默病认知损伤

临床与动物实验。通过4个月限时进食（TRF）临床干预阿尔茨海默病（AD）患者及3个月5xFAD小鼠模型实验，结合多组学分析探究机制。

刘克玄团队：限时进食激活有益肠菌，守护脓毒症肝脏健康

通过小鼠模型、菌群分析及代谢组学研究限时饮食（TRF）对脓毒症肝损伤的作用。

左涛团队Lancet子刊：格特隐球菌在我国亚热带和温带地区人群肠道中的不同流行率和无症状携带情况

研究通过高通量测序分析中国广州（亚热带，n=260）和宿迁（温带，n=89）人群的粪便及肠黏膜样本，检测格特隐球菌的核糖体内部转录间隔区（ITS）基因。

郭春君等Cell：特定肠菌胆汁酸拮抗雄激素受体，增强抗肿瘤免疫

研究通过胆汁酸（BAs）代谢组学和微生物遗传学，对207个潜在微生物BA代谢基因进行功能分析，鉴定出56种未充分研究的BA异构体，其中部分在人类/哺乳动物中存在。

宁康/白虹：BGC‑Prophet模型智能解码微生物生物合成基因簇

研究团队开发了BGC-Prophet，基于Transformer的神经网络模型，通过基因向量捕捉生物合成基因簇（Biosynthetic Gene Clusters, BGC）的位置依赖关系，实现BGC预测与分类。

张宏福/陈亮：黄芩苷如何缓解细菌性肠炎？免疫细胞+肠道菌群，双管齐下

研究以黄芩苷（Baicalin）为对象，通过猪模型、体外细胞实验及转录组、微生物组、代谢组学分析，探究其缓解细菌性肠炎的机制。

李凯/李孟鸿Nature子刊：嗜酸乳杆菌助力肝癌溶瘤病毒疗法

论文研究溶瘤病毒在肝细胞癌（HCC）中的治疗机制，发现肠道菌群调控影响疗效，采用无菌小鼠模型、抗生素处理及粪菌移植等方法。

李瑞超/刘永鑫/王志强：纳米孔长读长宏基因组学分析工具基准测试+整合分析流程开发

论文对纳米孔长读长宏基因组分析工具进行系统性基准测试，并开发了整合分析流程EasyNanoMeta。

于君团队Cell子刊：查便便不仅知肠癌，还能判断肿瘤位置

分析1375例粪便宏基因组，涵盖右/左半结肠癌、直肠癌及健康对照，整合6个队列数据。

谢鹏/刘艺昀等：大型数据库PsycGM助力精神疾病肠道菌群研究

PsycGM数据库整合了559项全球研究，涵盖人类及动物模型的肠道微生物与精神疾病关联，采用手动整理与标准化注释方法。

郑浩等Nature子刊：从护幼到采蜜，单核RNA测序+空间转录组揭示蜜蜂“转职”背后的大脑基因调控网络

研究采用单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学，分析蜜蜂从育幼到采集行为转变中的脑细胞基因表达模式。

吴浩等Nature子刊：肠道菌群如何影响糖尿病？菌群-代谢组轴为糖尿病综合管理提供新靶点

采用代谢组学分析瑞典两项队列（n=1,167）的血糖控制相关血液代谢物，结合梯度提升决策树（GBDT）算法，探究代谢物与临床参数、肠道菌群及饮食因素的关联。

陈卫华团队：机器学习+肠道菌群，三步走优化流程改善疾病诊断模型

研究基于83个肠道微生物组队列（涵盖20种疾病），通过机器学习（ML）开发疾病诊断模型，系统优化数据预处理、批次效应去除及算法选择三步骤，测试156种工具-参数-算法组合。

苏建忠/陈卫华Nature子刊：新方法揭示宿主细胞与肠菌之间的相互作用

研究团队开发了scBPS（单细胞细菌多基因评分）框架，整合微生物基因组关联分析（GWAS）与24个人体器官的单细胞转录组数据，系统解析宿主细胞与肠道菌群的关联。