基础研究

炎症性肠病可由肠黏膜屏障功能障碍和肠道菌群失衡引起。传统治疗方法会使用药物来控制炎症，也会使用益生菌疗法作为辅助。然而，目前的标准做法往往会产生代谢不稳定，有限的靶向和满意度差的治疗结果。近日，浙江大学毛峥伟、王伟林、新加坡国立大学陈小元几天团队在Nature Nanotechnology发表最新研究，通过人工酶“武装”长双歧杆菌益生菌用于缓解肠道炎症和菌群失调，其治疗效果在小鼠和犬模型中得到证实，并表现出优于传统临床药物的结果，值得关注。

益生菌肠道炎症研究论文基础研究纳米医学

生命早期肠道菌群

国内团队Nature子刊：生命早期肠道菌群维持肝脏驻留NK细胞成熟及功能

肝脏驻留的自然杀伤细胞是肝脏中独特的淋巴细胞亚群，具有重要的免疫作用。然而，维持肝脏驻留自然杀伤细胞稳态的机制仍不清楚。山东大学梁晓红教授、马春红教授及团队在Nature Communications发表最新研究文章，表明生命早期抗生素治疗，会造成肠道菌群紊乱，显著降低丁酸盐含量，随后损害Kupffer细胞和肝细胞中IL-18的产生，破坏IL-18/IL-18R信号传导，继而抑制线粒体活性和肝脏驻留自然杀伤细胞的成熟和功能。通过外源补充丁酸梭菌，可恢复肝脏驻留自然杀伤细胞成熟和功能。该工作揭示肠-肝轴的调节网络，强调生命早期肠道菌群在组织驻留免疫细胞发育中的重要性。

生命早期肠道菌群肝脏驻留NK细胞成熟研究论文基础研究丁酸

幽门螺杆菌

Nature子刊：幽门螺杆菌利用L-乳酸盐促进胃定殖

Nature Communications上发表的一项最新研究结果，发现补体可抑制幽门螺杆菌的胃定殖，而幽门螺杆菌可利用L-乳酸盐抑制C4b在细菌表面的累积，从而促进胃定殖。

幽门螺杆菌细菌定殖研究论文基础研究 L-乳酸盐

参考基因组

肖亮+邹远强等Nature子刊：新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图

独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而，缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日，深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究，提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2，包含3324个高质量的分离株基因组草图，这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之，该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源，值得关注。

参考基因组人类肠道研究论文基础研究培养组学

肠道菌群

李景虹院士等Cell子刊：肠道菌群的时空解析工具（综述）

肠道菌群作为人体的外延性器官在人体健康中发挥重要的作用已经被广泛的认可。目前对于肠道菌群的主要研究手段为分离、体外培养、宏基因组测序以及质谱相关的蛋白组代谢组等。然而，从肠道菌群对机体的作用而言，肠道菌的时空分布以及动态变化则更为关键，而上述主要手段在这些问题上不能给予很好的解析。近期清华大学李景虹院士和四川大学邓锐杰团队联合在Cell子刊Chem上发表了一篇综述，就目前已有的研究肠道菌群时空特征的方法和工具进行了综述和讨论，深入探讨了这些方法对饮食和临床肠道菌群管理的积极意义。

肠道菌群时空特征研究工具综述基础研究

高脂高糖饮食

Cell子刊：高脂高糖食物或会改变大脑，让你更爱吃？

高脂、高糖饮食会导致肥胖等疾病发生，且这类食物还会让人上瘾，越吃越想吃，背后原因是何？仍需深入探究。近日，美国耶鲁大学、德国马克斯普朗克代谢研究中心相关人员在Cell Metabolism发表最新研究，招募49名参与者，正常饮食下，一组每天摄入一块含高脂/高糖布丁，另一组摄入含相同卡路里但脂肪含量较低的布丁，干预持续8周，发现高脂高糖饮食会改变大脑，显著增强大脑对高脂高糖食物的反应，改变大脑的奖励回路，促使大脑更偏好这种食物。因此，改变饮食环境，减少接触高脂高糖食物，对于预防超重、肥胖至关重要，值得关注。

高脂高糖饮食奖赏回路研究论文基础研究神经反应

微生物代谢

Gut：肥胖中肠道菌群增加肠道通透性和炎症新机制

肥胖中肠道菌群引起的肠道通透性和炎症增加，导致肥胖患者糖代谢异常，但具体机制尚不清楚。此外，特定的益生菌疗法可以降低肥胖和T2D患者的肠道通透性和炎症，但这些疗法大多缺乏作用机制。美国南佛罗里达大学团队在Gut发表最新研究，发现肥胖中菌群代谢乙醇胺的能力下降会导致肠道通透性、炎症和葡萄糖代谢功能障碍，而通过一种新型益生菌疗法（补充鼠李糖乳杆菌HL-200）来恢复乙醇胺代谢能力可以逆转这些异常。

微生物代谢肥胖研究论文基础研究肠道通透性

太空探索

Nature子刊：用微生物技术助力太空探索（观点）

探索太空和对太空资源的应用一直以来是人类梦寐以求且不断努力的方向。但是实现可持续太空探索或发展，需要在低地球轨道外建立可行的空间探索基地。而这里需要首先解决的问题是如何找到可以有效降低对陆地资源依赖，而实现相对独立的、可持续的太空技术。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Communications的综述文章重点从微生物学领域讨论了微生物在可持续太空探索技术发展中的关键作用，并对未来太空微生物技术提出了具体的挑战。

太空探索微生物技术可持续发展综述基础研究

牙周炎

上海九院：牙周炎如何促进动脉粥样硬化

牙周炎动脉粥样硬化具核梭杆菌研究论文基础研究

米那普仑

刘克玄等Cell子刊：肠菌来源的米那普仑或可增强对肠I/R损伤的耐受性？

不同人群对肠道缺血/再灌注（I/R）的易感性存在显著差异，但其潜在机制仍不明确。近日，南方医科大学刘克玄及团队在Cell Reports Medicine发表最新研究，通过建立肠I/R诱导的肠源性脓毒症小鼠模型和人群队列，发现肠道菌群会影响I/R诱导的肠源性脓毒症的易感性，肠道菌群来源的米那普仑在AHR/ILC3/IL-22信号依赖的肠I/R耐受性中发挥关键作用，是防治肠I/R损伤及肠源性脓毒症的潜在药物，值得关注。

米那普仑肠缺血/再灌注损伤研究论文基础研究菌群代谢产物

森林菌群

Nature Reviews：森林微生物组与全球变化（综述）

森林生态系统约占地球陆地表面的30%，储存了陆地生态系统中45%的碳，负责陆地净初级生产力的50%。近日，研究人员在Nature Reviews Microbiology发表最新综述，探讨了全球变化对森林微生物群落的不同影响，包括微生物丰度和微生物群落组成的变化。通过结合对过去发展的观察、模拟全球变化因素的实验方法，讨论了跨气候带的森林生态系统正在发生和未来的变化。最后，提供了一个森林管理策略的例子，以减轻全球变化对森林微生物群落和生态系统性能和稳定性的不利影响，并提出了了解全球森林未来所需的未来研究方向。

森林菌群环境变化研究论文基础研究气候变化

细菌涂层

刘尽尧等Science子刊：用矿化涂层“武装”益生菌，改善结肠炎

口腔微生物制剂可有效调节肠道微生物组，但它们在从制造到达肠道的过程中总是遭受多重损伤。近日，上海交通大学刘尽尧、曹浈萍、吴冯及团队在Science Advances发表最新研究，开发了一种细胞相容性的生物界面矿化方法，可在益生菌脆弱拟杆菌BF839表面产生超抗性和可拆卸涂层，性能优良，能有效缓解小鼠结肠炎。总之，该生物界面矿化方法为开发下一代活体口服生物治疗药物提供了一个多功能平台，值得关注。

细菌涂层口服递送研究论文基础研究双重分解反应

工程丁酸梭菌

陈廷涛+方鑫：工程丁酸梭菌通过促进线粒体自噬缓解小鼠帕金森病

帕金森病（PD）是第二大常见的神经系统退行性疾病，目前的一线药物无法阻止或逆转疾病进展。越来越多的研究发现，线粒体功能障碍与PD在遗传和病理上有关，此外，PD患者存在肠道菌群失调，而丁酸梭菌通过肠道菌群-GLP-1途径改善PD小鼠运动缺陷。南昌大学陈廷涛团队与南昌大学第一附属医院方鑫团队在Bioengineering & Translational Medicine上发表的一项最新研究结果，构建了一种持续表达胰高血糖素样肽-1（GLP-1）的丁酸梭菌-GLP-1工程菌株，其分泌的GLP-1能够穿过血脑屏障进入大脑，并作用于GLP-1R激活线粒体自噬途径，发挥其对PD的神经保护作用，并可以通过纠正胃肠道菌群失调来增强肠道粘膜屏障。

工程丁酸梭菌线粒体自噬帕金森病（PD）研究论文基础研究

Dectin-1

中山一院Nature子刊：靶向Dectin-1或可治疗结直肠癌

Dectin-1（CLEC7A基因）是β-葡聚糖受体，在真菌防御及肠道免疫稳态中发挥重要作用。中山大学附属第一医院的唐策团队与国外研究者合作在Nature Communications上发表的一项最新研究，发现Dectin-1主要在髓系来源抑制细胞（MDSC）中表达，而缺失Dectin-1可抑制结直肠癌小鼠模型的肠道肿瘤发生。机制上，Dectin-1可诱导MDSC产生前列腺素，后者可抑制IL-22结合蛋白表达。另外，结直肠癌患者的Dectin-1表达与较差的预后相关。

Dectin-1 研究论文基础研究髓系抑制细胞前列腺素E2

SEER-FISH成像技术

戴磊等Nature子刊：新型成像技术助力解析微生物组空间结构

自然界中各种微生物独特的生存方式和相互作用关系构成了群落特定的空间结构。尽管现有的高通量测序技术能够描绘微生物群落的物种组成及丰度，但仍缺乏解析群落空间结构的有力工具。近日，中国科学院深圳先进技术研究院戴磊及团队在Nature Communications发表最新研究，开发了一种可容错编码的序贯荧光原位杂交技术，用于解析复杂微生物群落的空间结构。该方法可识别复杂群落中的不同微生物物种，在单细胞尺度上原位解析微生物物种间以及微生物-宿主间的互作。总之，该技术是研究微生物群落生态和功能的重要工具，值得关注。

SEER-FISH成像技术空间结构研究论文基础研究序贯荧光原位杂交

绝经前女性抑郁症

国内团队Cell子刊：肠道菌群及其代谢物或可诱发女性抑郁症

抑郁症是一个全球性问题，女性的发病率大约是男性的两倍。这种性别差异与雌二醇水平的变化有关，雌二醇对于维持健康的情绪很重要。在啮齿动物中，低血清雌二醇水平可诱发抑郁行为，并且绝经前女性抑郁症患者体内的雌二醇水平下降。然而，这种下降的原因仍不完全清楚。武汉大学人民医院李艳教授、王高华教授和刘忠纯教授团队在Cell Metabolism上发表最新研究性文章，揭示雌二醇降解菌通过3β-羟基类固醇脱氢酶降低血清雌二醇含量，从而导致抑郁行为。提示雌二醇降解菌和3β-羟基类固醇脱氢酶是绝经前女性抑郁症治疗的潜在干预靶点。

绝经前女性抑郁症雌二醇降解研究论文基础研究 Klebsiella aerogenes

二甲双胍

Gut Microbes：不同性别、饮食类型和肠道部位中二甲双胍对肠道菌群的影响

二甲双胍作为一种抗糖尿病药物，其作用机制已被证明部分是通过肠道菌群实现。二甲双胍在胃肠道不同部位的吸收率不同，因此其对微生物组成和不同微生物丰度的影响也是不一致的。在最近的一项研究中，二甲双胍已在小肠腔层的不同部位显示出短期效应，然而二甲双胍对不同肠段的长期影响的作用，特别是对肠粘膜的影响仍然未知。来自Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，通过高脂肪饮食诱导的2型糖尿病雄/雌小鼠模型，探究二甲双胍对肠腔和粘膜层的影响，发现二甲双胍主要在小肠中发挥菌群调节作用，增加乳球菌属丰度，而对盲肠和结肠菌群效果不显著。二甲双胍对菌群组成的影响取决于性别、饮食类型和肠层。

二甲双胍肠道菌群空间变化 2型糖尿病雄性和雌性C57BL/6N小鼠肠腔和黏膜层

SCRuB

Nature子刊：基于SCRuB建立的污染源模型可改善来自微生物组数据的癌症表型预测

基于测序的微生物群落分析方法很容易受到污染，这可能会掩盖生物信号或产生假象。使用对照组进行计算去污染的方法是常规使用的，但不能最佳地利用不同样品的共享信息，也不能处理来自污染或生物材料泄漏到对照组的分类群。近日，哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出一种高精度去污方法SCRuB（https://github.com/Shenhav-and-Korem-labs/SCRuB），通过结合多个样品和对照的共享信息，可精确识别和清除污染，值得关注。

SCRuB 去污染工具研究论文基础研究疾病分类

中心粒细胞

Gut Microbes：GPR120增强中性粒细胞控菌功能抑制肠道炎症

作为ω-3 PUFA的受体，G蛋白偶联受体120（GPR120）在脂肪细胞、肥胖和糖尿病中的作用已被广泛探索，然而，GPR120在调节肠道菌群稳态中的作用仍然未知。来自Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，在GPR120敲除小鼠上使用啮齿柠檬酸杆菌或DSS诱导结肠炎模型，证明GPR120通过增强中性粒细胞控制肠道细菌功能来抑制肠道炎症和感染。

中心粒细胞 GPR120 研究论文基础研究结肠炎

猕猴

四川大学：基于宏基因组发现恒河猴肠道中存在大量微生物新基因组

基于宏基因组组装普通猕猴肠道微生物基因组对于理解其作为重要的非人灵长类模式动物具有重要意义。近日，四川大学的张安云、李静及团队在Gut Microbes发表最新研究，通过对猕猴粪便宏基因组数据进行基因组组装，进一步扩大了其肠道微生物基因组的多样性。此外，发现猕猴肠道中弯曲菌属和螺旋杆菌科的MAGs主要携带鞭毛和趋化性相关的毒力基因，可能在猕猴腹泻过程中发挥潜在作用。总之，该研究为预防恒河猴腹泻提供了新的见解，值得关注。

猕猴宏基因组组装基因组 (MAGs) 研究论文基础研究 CAZymes

餐后血脂

Cell子刊：整合素配体MFGE8通过核受体HNF4γ和CES1水解酶串联膳食脂肪吸收和细胞质脂滴水解

小肠除了吸收营养物质外还能够储存脂质，通过将一定比例吸收的脂肪储存在细胞质脂滴（cLDs）中来限制餐后血脂水平。整合素配体MFGE8将膳食脂肪的吸收与甘油三酯（TG）水解酶的激活联系起来，这些水解酶可以分解cLDs以产生乳糜微粒。肠细胞通过特异性途径调节饮食来源的cLDs的分解代谢，然而MFGE8如何调节肠细胞cLDs分解代谢的分子途径还不清楚。美国加利福尼亚大学团队在Cell Reports上发表最新研究，将Ces脂肪酶家族成员CES1D确定为MFGE8整合素复合物下游的关键水解酶，以从cLDs的TG储存中动员脂肪酸并调节乳糜微粒的产生。此外，膳食油酸通过稳定转录因子HNF4γ的蛋白质水平来增加CES酶的表达和活性。

餐后血脂肠上皮细胞 CES1 HNF4γ MFGE8

肠道巨噬细胞

国内团队：肠道巨噬细胞的YTHDC1调控肠道炎症及肠道屏障

YTHDC1（一种m6A阅读器）对于胚胎干细胞的维持是必需的。山西医科大学的杜杰团队与东莞市人民医院的Chuangyu Wen团队在Advanced Science上发表的一项最新研究结果，发现肠道巨噬细胞中的YTHDC1发挥了抑制炎症应答及保护肠道上皮屏障的功能，而肠道巨噬细胞特异性缺失YTHDC1可恶化小鼠的结肠炎。另外，在IBD患者的炎症结肠部位，巨噬细胞中的YTHDC1表达下调。

肠道巨噬细胞研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） IBD

早发结直肠癌

南京医科大学Cell子刊：多组学方法可助力区分早发性CRC患者分子特征和分类

结直肠癌是全球最常见的消化系统恶性肿瘤之一，多种因素均影响早发和晚发（50岁以上）结直肠癌的发生。因此，提前明确早发结直肠癌特定环境风险因素、探明发病年龄异质相关的分子事件及生物标志，可为结直肠癌的精准诊疗和人群预防提供科学证据。近日，南京医科大学王美林及团队在Cell Reports Medicine发表最新研究，通过多组学分析和人群异质性比较，解析了中国人群早发结直肠癌的组学特征及肿瘤免疫表型与人群风险评估的生物标志。为未来深入探讨早发结直肠癌的致病机理、精准药物开发和诊疗提供了重要指导，值得关注。

早发结直肠癌多组学分析研究论文基础研究肿瘤突变负荷

铁稳态

谢黎炜+印遇龙+万丹等：肠道菌群是铁稳态和宿主健康的桥梁（综述）

铁是人体最重要的微量元素之一，它不仅是合成血红蛋白的必需元素，而且广泛参与机体的代谢过程，所有具有功能的细胞均含铁。近日，中国科学院亚热带农业生态研究所印遇龙、万丹、广东省科学院微生物研究所谢黎炜及团队在Science China Life Sciences发表最新综述，系统的阐述了宿主铁代谢与肠道菌群间的紧密关联和互作情况，梳理了肠道菌群、铁平衡在预防和治疗多种代谢性及慢性疾病中的重要性，值得关注。

铁稳态肠道菌群综述基础研究肠-X轴

GPMeta

华大基因：从宏基因组序列中加速识别病原体的新工具GPMeta

宏基因组测序由于其无偏性和低成本特性，是临床微生物检测中识别病原体的有力工具。然而，在临床相关的时间框架内对序列进行分类的挑战阻碍了测试技术的临床实践。近日，华大基因Zengquan He、Dongfang Li、Xuebin Wang及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，开发了GPMeta（https://github.com/Bgi-LUSH/GPMeta），可以快速且准确地从复杂的微生物组数据中识别病原体，相比其他工具性能较好，值得关注。

GPMeta 病原体鉴定研究论文基础研究生信工具

宏基因组组装基因组 (MAGs)

国内团队：基于宏基因组测序数据组装方法的基准测试

宏基因组组装是一种利用宏基因组测序数据重建微生物基因组的有效方法，多种组装工具也被开发用于简化组装并解决微生物基因组中序列重复的问题。然而，目前还没有对宏基因组测序技术进行全面评估，也缺乏选择合适的宏基因组组装工具的实用指南。近日，香港浸会大学张璐及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，使用由一系列测序技术生成的32个宏基因组测序数据集，对19种主流组装软件工具进行了全面的基准测试，发现通过杂合组装是提高总组装长度、获得近乎完整MAGs有希望的方法，值得关注。

宏基因组组装基因组 (MAGs) 组装工具研究论文基础研究宏基因组

代谢物预测工具

刘洋彧团队Nature子刊：用神经常微分方程预测菌群的代谢组学特征

描述微生物群落的代谢特征，对于理解其生物学功能及其对宿主或环境的影响至关重要。从微生物组成预测代谢组学图谱的计算方法，可节省实验代谢组学图谱所需的大量工作。然而，目前仍缺少一种具有高预测能力、普遍适用性和高可解释性的计算方法。近日，美国哈佛医学院刘洋彧及团队在Nature Machine Intelligence发表最新研究，基于最先进的深度神经网络模型，通过神经常微分方程（mNODE）来预测微生物的代谢组学特征，在模拟和真实数据中，性能优良，是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具，有助于未来精准营养的研究，值得关注。

代谢物预测工具神经常微分方程研究论文基础研究深度神经网络模型

肠道菌群

Nature子刊：肠道菌群以年龄和性别依赖的方式改变小鼠代谢组

肠道共生菌群对于哺乳动物新陈代谢十分重要，越来越多的文献表明，肠道菌群组成的变化会对免疫功能、神经调节和疾病进展产生深远影响，其中肠道菌群的代谢物渗透到全身宿主组织，是菌群影响宿主生理的一种机制。卡尔加里大学研究学者在Nature Communications发表最新文章，使用LC-MS研究无菌、共生菌定植、SPF小鼠不同发育阶段整个胃肠道的代谢特征，同时评估了年龄和性别对代谢物谱的影响，揭示微生物组与关键生物变量之间的相互作用。

肠道菌群代谢组研究论文基础研究

动物模型

王关红团队：宿主-菌群互作研究中的无菌和限菌技术（综述）

昆虫体内的共生微生物已被证实与其宿主的代谢、免疫和行为等多方面紧密相关，这些共生互作也有助于宿主昆虫更好地适应环境。近日，中国科学院动物研究所王关红及团队在Trends in Microbiology发表最新研究，回顾了无菌和限菌饲养系统的历史发展，并从灭菌方式、无菌食物制作及限菌系统改良方法等方面批判性地评价了近年来发展的饲养技术，论述了使用无菌和限菌方法研究昆虫-微生物互作的最新进展，还阐明了共生菌群如何影响宿主的多种性状，同时也指出了针对无菌和限菌技术的缺陷，值得关注。

动物模型宿主-微生物互作基础研究综述共生菌群

低聚半乳糖

农大王军军：低聚半乳糖富集的乳酸杆菌特定菌株可抑制肠道炎症并保护肠道屏障

中国农业大学的王军军团队在Journal of Advanced Research上发表的一项最新研究，发现补充低聚半乳糖（GOS）可在仔猪及小鼠中富集3种乳杆菌属：德氏乳杆菌、约氏乳杆菌和罗伊氏乳杆菌。其中，德氏乳杆菌及约氏乳杆菌分别通过不同的机制缓解小鼠的沙门氏菌感染，而罗伊氏乳杆菌对沙门氏菌感染无保护作用。

低聚半乳糖益生元研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）