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Eran Segal
文章数:36篇
单核苷酸多态性(SNPs)
Nature子刊:胖瘦与人体肠菌SNP有关
全基因组关联研究通过扫描参与者基因组中数百万个单核苷酸多态性(SNPs),以寻找与疾病风险或其他性状相关的变异。但很少有研究将GWAS应用于“第二基因组”(即人体微生物)的变异与人体疾病的关联。近日,魏茨曼科学研究所Eran Segal及团队在Nature Medicine发表最新研究,使用来GWAS研究人类肠道微生物组与宿主肥胖间的关联,发现微生物组中的单个SNP与宿主BMI相关,且这些关联可以映射到特定的位点,值得关注。
单核苷酸多态性(SNPs)
BMI
研究论文
基础研究
肠道菌群
饮食干预
Nature子刊:饮食干预影响糖尿病前期菌群、代谢和免疫反应
糖尿病前期是一种以血糖水平升高但低于糖尿病阈值为特征的疾病,是2型糖尿病和其他并发症发生发展的危险因素。近期发表于Nature Communications上的研究,评估了个性化餐后血糖靶向饮食和标准地中海饮食对糖尿病前期患者口腔和肠道菌群、代谢物和细胞因子的影响。研究表明,饮食干预可以影响宿主的菌群、心脏代谢谱和免疫反应,这些因素之间存在良好的相关性,可以用于开发新的治疗方式。
饮食干预
肠道菌群
研究论文
基础研究
个体化餐后血糖靶向性饮食
个性化饮食干预
改善糖尿病前期心脏代谢的饮食干预——个性化餐后靶向饮食
饮食是心脏代谢健康的主要贡献者,在预防、管理甚至逆转许多慢性疾病(包括但不限于糖尿病、心血管疾病 和脂肪肝)方面发挥着基础性作用。Gut最近研究文章,表明一种基于预测个人餐后血糖反应的机器学习算法制定的个性化餐后靶向(PPT)饮食可有效调节心脏代谢,并提出了具体的微生物群物种目标,揭示该饮食方法在临床前和干预研究中改善糖尿病前期的心脏代谢健康的潜在治疗价值。
个性化饮食干预
糖尿病前期
研究论文
心脏代谢
营养免疫
Cell子刊:非过敏个人体内的食物蛋白相关IgG抗体与饮食具有相关性
成年人每天摄入约2kg食物,对免疫系统产生多种影响。Immunity近期发表的文章,首先构建了环境和食物抗原组成的多肽库,随后对非过敏成人血液中相关IgG抗体进行检测,发现靶向食物蛋白的IgG抗体与饮食具有相关性。
营养免疫
IgG抗体
食物蛋白
菌群-免疫互作
Science子刊:慢性疲劳综合征患者的鞭毛蛋白抗体应答异常
肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)是一种衰竭性疾病,病因及发病机制并不明确。Science Advances上发表的一项最新研究结果,发现相比于健康对照,ME/CFS患者的针对菌群鞭毛蛋白的血清抗体应答过度表达。
菌群-免疫互作
研究论文
队列研究
鞭毛蛋白
抗菌群抗原抗体
非营养性甜味剂
Cell:零卡甜味剂可改变肠道菌群,对血糖造成个体化影响
非营养性甜味剂(NNS)是一类无热量(零卡路里)的甜味剂,包括天然的(如甜菊糖)和人工合成的(如糖精、三氯蔗糖、阿斯巴甜)。一直以来,人们认为NNS是“惰性”的糖替代品,对人体没有影响;然而,动物研究表明,NNS可能影响肠道菌群和下游的血糖反应。Cell最新发表了来自以色列魏茨曼研究所Eran Elinav和Eran Segal团队的研究,通过人体的随机对照试验结合小鼠实验,揭示了NNS如何引起个体特异性和菌群依赖性的血糖反应变化,提示需要开展更多临床研究来了解NNS对人体健康的长期影响。
非营养性甜味剂
肠道菌群
口腔菌群
血液代谢组
高血糖
肠道细菌参考基因组
Nature子刊:人类肠道菌群参考基因组图谱的扩展揭示了数百种未知的物种
随着测序技术和生物信息学发展,研究人员可从宏基因组样本不断组装恢复肠道菌群基因组,构建了多项人类肠道菌群基因组参考数据集。近日,研究人员在Nature Communications发表最新研究,通过将5万多个宏基因组样本中新组装的MAGs与现有人类肠道菌群基因组结合,构建了含24万多个基因组的数据集(WIS数据集),揭示了数百种未知的物种。该数据集比目前UHGG和UNITN两大数据集的基因组质量更高、低丰度物种更丰富。总之,WIS数据集进一步扩大了人类肠道菌群参考基因组图谱,值得相关人员测试比对。
肠道细菌参考基因组
宏基因组组装基因组 (MAGs)
研究论文
基础研究
宏基因组数据集
IBD
IBD中的抗体特征(综述)
Trends in Molecular Medicine上发表的一篇综述文章,详细介绍了目前血清抗体检测在IBD中的临床应用,并概述了现有的抗体检测技术,最后讨论了抗体特征检测在IBD中的潜在临床应用价值。
IBD
综述
心血管
Nature子刊:代谢组+微生物组,揭示心血管疾病的个体化风险因素
急性冠状动脉综合征(ACS)是一种冠状动脉疾病(CAD),有复杂的病理机制。Nature Medicine发表的这项研究,对以色列近200名ACS患者进行了临床表征和多组学分析,揭示出患者的血清代谢组变化、其个体差异以及与遗传、饮食和肠道菌群的关联,提示即便患者有相似的临床特征,但造成疾病的代谢机制可能是不同的。该研究还发现,在疾病发生很久以前的早期阶段,可能就已经出现与菌群和饮食有关的ACS代谢异常。这些发现为CAD的预防和治疗提供了新思路。
心血管
肠道菌群
血液代谢组
多组学
个体化医学
糖尿病
2型糖尿病患者或更需要定制个体化饮食干预
饮食调整对于管理新确诊的2型糖尿病(T2DM)和预防并发症至关重要,但许多患者单靠饮食无法实现临床目标。BMC Medicine近期发表的文章,根据临床和微生物组学特征来预测个人餐后血糖反应(PPGR),并构建机器学习算法进行个性化饮食定制(PPT饮食),随后招募23位新确诊的2型糖尿病人进行随机交叉试验。两周的交叉试验中,PPT饮食显著改善患者的餐后血糖。利用PPT饮食干预6个月,可显著改善病人的血糖控制和代谢指标。
糖尿病
饮食干预
临床试验
1型糖尿病
1型糖尿病成人患者的肠道菌群变化及其与血糖控制的关联
Diabetes Care上发表的一项前瞻性队列研究结果,对比了1型糖尿病患者与健康对照的肠道菌群组成及功能差异,并鉴定出了与血糖控制指标相关的肠道菌群组成及功能特征。
1型糖尿病
研究论文
前瞻性队列研究
血糖控制
预测模型
通过整合临床和菌群数据,预测1型糖尿病患者的餐后血糖反应
作者通过对1型糖尿病(T1D)患者为期两周的餐后血糖反应(PPGR)的分析开发了T1D患者PPGR的预测模型,其算法整合了大量的参数,数据,该模型在不同的亚群中是稳健的,其能够更准确地预测PPGR,因此可以更好地调整膳食所需的胰岛素剂量,它可以在闭环系统中进一步实施,并可能基于预期低血糖反应的膳食为T1D患者量身定制合理设计的营养干预措施。
预测模型
机器学习算法
血糖反应
胰岛素剂量
个性化饮食干预
饮食改善血糖,个体化干预比地中海饮食更有效
2015年,以色列魏茨曼科学研究所的两位Eran带领团队开发了一种机器学习算法,能基于临床和菌群数据预测个人的餐后血糖反应,将机器学习与精准营养结合起来,是当年的Cell十佳论文之一(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1053870848)。近期他们在Diabetes Care发表了后续研究的新进展,探索了针对预测餐后血糖的靶向性饮食干预对前驱糖尿病患者血糖控制的改善作用,并将其与公认的健康饮食——地中海饮食的干预效果进行了对比,为个性化的精准营养研究迈出了重要的一步。
个性化饮食干预
餐后血糖
血糖控制
前驱糖尿病
菌群-免疫互作
Nature子刊:基于菌群的人体免疫学“指纹”
血清抗体可以识别病原体和肠道共生菌群。然而,目前人们对抗体库的理解主要是基于B细胞受体测序,而实际的细菌抗原靶点仍待挖掘。Nature Medicine最新发表了由以色列魏茨曼科学研究所Eran Segal团队主导的一项研究,构建了含24.4万种菌群多肽抗原的合成文库,采用噬菌体免疫沉淀反应测序方法,在近千人中系统性地分析了人体对菌群(包括肠道菌群、致病菌和益生菌)的血清抗体反应,揭示了其个体特异性和共通性,探索了其与年龄、性别以及肠道菌群组成等的关系,并发现这种对菌群的抗体反应随时间保持稳定,可作为个体的免疫学“指纹”。该研究的合作者——来自荷兰格罗宁根大学的傅静远等人,此前在Cell发表研究提出了肠道菌群“指纹”(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1049457684),有兴趣的读者不妨两篇文章一起研读。
菌群-免疫互作
抗体
人体菌群
野生动物肠道菌群
Science:野生动物肠道菌群——有待深入挖掘的宝库
很多野生动物——比如食腐动物,能吃感染了病原体或含有毒素的食物,而不会生病。这种特别的免疫功能是否与它们的肠道菌群有关?Science最新发表的研究,通过宏基因组学方法,深入分析了近200种野生动物的肠道菌群,揭示出其多样性和功能景观以及在基础研究和转化应用方面的巨大潜力。
野生动物肠道菌群
宏基因组学
血液代谢组
Nature:血液代谢物,饮食和菌群是关键源头?
血液中的代谢物与很多疾病存在关联,哪些因素能预测甚至决定这些代谢物的水平? Nature最新发表了来自以色列魏茨曼科学研究所Eran Segal团队主导的研究,通过机器学习算法,研究了遗传、肠道菌群、临床参数、饮食、生活方式和人体测量学等因素与1251种血液代谢物的关系,表明饮食和菌群是这些代谢物的关键预测因子。这些发现对于深入探究血液代谢物的决定因素和机制,以及开发操纵特定代谢物以改善健康的干预方法,有重要参考价值。
血液代谢组
饮食
肠道菌群
机器学习
预测模型
药物研发
Nature Outlook:多组学大数据,帮助降低药物研发成本
药物研发通常成本高昂,Nature Outlook肠道菌群专题中,以色列魏茨曼科学研究学院的Eran Segal教授撰写的观点文章提出,整合包括微生物组、基因组、代谢组和蛋白质组等多组学的队列大数据研究,从分子层面对人体表型进行深入解析,将有助于优化药物和干预手段的研发,降低研发成本。
药物研发
多组学
肠道菌群
个性化医疗
Eleonora Duregon
妊娠期糖尿病
Nature子刊:妊娠期糖尿病发病预测不是梦
本研究利用全国登记数据库,利用机器学习算法,进行妊娠期糖尿病预测模型的构建,并在此基础上进行了问卷信息的简化,使其具有可推广性和无创性。该研究给妊娠期糖尿病的预防和控制提供了重要借鉴。尤其是9条简明问卷,值得临床上确认其推广价值。
妊娠期糖尿病
孕妇
预测模型
机器学习算法
简明量表
肌萎缩侧索硬化
Nature:渐冻症与肠道菌群有啥关系?
以色列魏茨曼研究所的两位Eran又发《Nature》了,这次是关于肌萎缩侧索硬化症(即渐冻症,ALS)中肠道菌群及其相关代谢物的潜在作用。ALS是一种与遗传有关的神经退行性疾病,其临床进展可能受未知环境因素的影响。这项研究以易感ALS的SOD1-Tg小鼠为模型,鉴定出与动物房有关的肠道菌群失调特征,其中,Akk菌可能通过促进生成烟酰胺来改善症状。与此一致的,在ALS患者中也存在烟酰胺水平降低的现象。这些发现为后续更大规模的临床样本验证打下基础,并为防治ALS提供了新的微生态干预策略和潜在治疗靶点。
肌萎缩侧索硬化
Amyotrophic lateral sclerosis
Bacterial host response
肠道菌群
肠道菌群代谢物
益生菌
Nature子刊:领域大牛解读益生菌与益生菌研究
益生菌产品广受欢迎,但是益生菌的功效却无定论。《Nature Medicine》近期发表了以色列魏茨曼科学研究院两位益生菌和肠道菌群领域专家的观点文章,介绍了目前益生菌研究的进展、挑战和发展方向,指出需重视益生菌研究的方法学以及规范化,值得参考。
益生菌
益生菌研究
益生菌机制
研究方法
Tessy Boedt
菌群-宿主互作
Nature:挖掘细菌基因多态性与宿主健康
菌株水平的基因差异可能意味着功能上的显著变化。《Nature》近期发表研究,在人类肠道菌群中发现了基因拷贝数多态现象,同时发现结构和丰度存在差异的微生物基因簇与人类宿主健康存在关联。该研究提出的概念和研究方法,有助于在基因功能水平阐释共生菌群与宿主的相互作用,对目前的共生菌群研究有重要参考价值。
菌群-宿主互作
宏基因组
基因拷贝数多态
细菌功能
肠道菌群宏基因组
益生菌
Cell:抗生素治疗后,益生菌干预不利于菌群复原
抗生素治疗后常用益生菌来调理菌群失调,但尚不清楚该过程中益生菌在肠粘膜菌群重建中扮演什么角色。Cell刚刚发表来自以色列魏茨曼研究所两位Eran等主导的另一项研究,表明抗生素治疗后的益生菌干预,并不利于肠粘膜菌群和肠道基因表达的复原,而自体粪菌移植(aFMT)可使其快速恢复。这些发现提示,aFMT或个性化益生菌干预,应是抗生素后促进菌群复原的更佳方法。
益生菌
抗生素
肠道菌群
Mohammad Miri
Ramezanali Khamirchi
肠粘膜菌群
Cell:未来趋势——个性化益生菌干预
益生菌被认为有益健康甚至能预防疾病,然而益生菌在肠粘膜的定殖情况仍待研究。Cell刚刚发表了来自以色列魏茨曼研究所两位Eran等主导的最新研究,分析了小鼠和人体消化道不同部位的样本,提出不应用粪便菌群来近似估计肠粘膜菌群。还通过多组学方法,着重分析了益生菌在人体肠粘膜的定殖情况和规律,及其对宿主的影响。这些结果表明,益生菌干预的效果可存在很大的个体间差异,因此个性化干预应是未来研究和转化应用的趋势。
肠粘膜菌群
益生菌
粪便菌群
肠粘膜菌群
个性化干预
全基因组关联分析
mGWAS:菌群的全基因组关联分析
GWAS曾在鉴定人类疾病相关基因位点上立下汗马功劳,如何将其应用在菌群研究中成为很多人现在的思考。在最近的Current Opinion in Microbiology,Eran Segal等人对将全基因组关联分析应用于菌群研究做了诠释。
全基因组关联分析
Ana I Domingos
Chelsea M Larabee
肠道菌群
肠道菌群在营养和健康中的作用(综述)
British Medical Journal近期发表综述,在营养学和人体健康范畴内,总结了肠道菌群研究所取得的进展,并着重讨论了用膳食干预和益生菌/元调节菌群进而改善健康的策略。这篇文章可以作为入门综述,甚至是科普读物,推荐给感兴趣的读者。
肠道菌群
营养
膳食纤维
膳食干预
Sabita Roy
遗传关联研究
Nature:对菌群的影响,环境大于宿主基因!
# Nature再发菌群分析强文!# 宿主的遗传背景对人类肠道菌群的影响程度一直不甚明了。Nature杂志(IF:40.137)最新发布了以色列魏茨曼科学研究所Eran Elinav & Eran Sega课题组的研究成果,通过一系列遗传学和统计学相关性分析,指出环境因素比宿主基因对肠道菌群结构的影响更加显著,开创性地将“菌群相关性系数(microbiome-association index)”纳入计算模型,利用肠道菌群数据提高对血糖、肥胖等体质特征的预测精度。作者还鲜明提出,通过菌群来改善治疗效果,无须考虑太多宿主遗传背景,可针对人群特征推动。这篇文献具有较强的研究和应用参考价值,非常值得认真看看,特别推荐给大家。
遗传关联研究
人类遗传学
人肠道菌群
Genetic association study
Genetics
个性化营养
COB:人体基因组+微生物组,迈向个体化营养(综述)
这是以色列魏兹曼研究所的 Eran Elinav和Eran Segal领衔在Current Opinion in Biotechnology[IF:9.294]发表的重要综述,继续充分探讨个体化营养的实现方法和技术路线图。干货很多,值得认真读一读。
个性化营养
Anastasia Levinta
Anastasia Levinta
昼夜节律
Cell:转录组周期性振荡,受肠道菌群昼夜节律调节
以色列魏兹曼科学研究所的两位Eran大神在今天出版的Cell上的又一力作,话不多说,看文章吧!强烈推荐。
昼夜节律
生物钟
转录组
肝脏解毒
Chad K Porter
节食减肥
Nature:节食减肥?小心变坏的菌群让你报复性反弹哦
今天online的Nature,以色列Weizmann Institute of Science的Eran Segal和Eran Elinav再次合作并震惊四座,发现肠道菌群的固有信号让节食减肥后的小鼠体重在恢复高脂饮食后更易反弹。这或许是解释节食减肥为何极易反弹的最佳证据之一,强烈推荐阅读学习。
节食减肥
减肥
体重反弹
高脂饮食
机器学习
肠道菌群
Eran Segal:微生物组研究者,请关注免疫!
①最新的EMBO会议上,越来越受到关注的免疫系统与肠道菌群之间的亲密交流,让免疫学家与微生物学家之间也开始有了更多的合作。 ②会议上,疾病中呈现的微生物特征、菌群的免疫调节作用、最新的技术发展、宿主免疫应答中的转录调节以及针对菌群的治疗方法等主题得到了热烈讨论。
肠道菌群
免疫系统