Qin Liu

香港中文大学的黄秀娟团队在Clinical Microbiology and Infection上发表的一篇综述文章，详细介绍了艰难梭菌感染、溃疡性结肠炎、移植物抗宿主病（GVHD）患者接受粪菌移植后的肠道噬菌体变化，并概述了粪便病毒移植在临床前研究中对肥胖、2型糖尿病、坏死性小肠结肠炎等多种疾病的治疗或预防作用。

肠道噬菌体综述

疾病诊断

港中大Nature子刊：基于粪便微生物组的机器学习可用于多类疾病诊断

肠道菌群不平衡会导致各种人类疾病，随着测序技术和机器学习发展，研究人员基于肠道菌群常使用二元分类模型去预测疾病，但大多数疾病/健康表型存在重叠的肠道菌群特征，因此单一疾病的诊断模型很可能会被不相关的疾病混淆，可能导致错误的分类。近日，香港中文大学黄秀娟（Siew C Ng）与团队在Nature Communications发表最新研究，纳入涵盖大肠癌、大肠腺瘤、克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、肥胖、心血管疾病、急性COVID-19后综合征和健康人等9种不同疾病/健康表型，利用5种多类分类器去预测不同的疾病，发现RF模型性能明显优于其他，进一步使用来自亚洲、欧洲和北美12个公共数据集的1597个粪便宏基因组数据验证了RF模型的良好性能，选取贡献度前50的物种关联分析发现，相比健康人，几乎所有疾病状态与厚壁菌门或放线菌门丰度下降、拟杆菌门丰度增加有关。总之，该研究表明基于粪便微生物组的多类模型用于疾病诊断是可行的，值得相关人员学习和参考。

疾病诊断肠道菌群机器学习

新冠

国内团队Nature子刊：新冠预后工具——宿主表型+多界微生物群

Nature Communications近期发表来自香港中文大学黄秀娟团队的文章，对新冠肺炎患者的粪便宏基因组、粪便代谢组学、1呼吸道样本的病毒载量及临床特征进行综合分析，基于宏基因组进行聚类得到两大类，结合宿主的表型可准确预测呼吸道病毒脱落的持续时间，即宿主表型和多界微生物谱或预测新冠肺炎患者的预后。

新冠细菌真菌病毒预后

新冠

国内团队Nature Reviews：新冠与肠道菌群（综述+一图读懂）

香港中文大学的黄秀娟团队在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇观点型综述，详细介绍了新冠病毒感染导致的肠道菌群变化，并讨论了新冠病毒诱导肠道菌群失调以及肠道菌群失调影响新冠病毒感染严重程度的潜在机制，同时探讨了新冠病毒流行前、流行期间及流行后的肠道菌群变化，以及新冠病毒防控措施对肠道菌群的影响，最后展望了靶向干预菌群以改善新冠肺炎患者结局的可能。

新冠综述肠道菌群

抗生素耐药基因

香港中文大学：抗生素和益生菌对新冠患者耐药基因有何影响？

抗生素耐药基因新冠肺炎研究论文基础研究益生菌

新冠肺炎后遗症

港中大：新冠后遗症中存在持续的肠道菌群失调

香港中文大学的黄秀娟团队在Gut上发表的一项前瞻性队列研究结果，对155名新冠肺炎患者进行平均超过1年的随访后发现，在新冠病毒清除后，新冠肺炎后遗症及相关的肠道菌群失调可持续存在。

新冠肺炎后遗症研究论文前瞻性队列研究

新冠

黄秀娟团队：肠道菌群与新冠长期后遗症的关系

新冠的长期后遗症很常见，目前尚不清楚其背后的原因。香港中文大学黄秀娟团队在Gut发表最新研究，研究了肠道菌群组成与急性期后COVID-19综合征（PACS，即新冠病毒转阴后4周时仍有至少一种持续症状）的关系，表明患者的肠道菌群组成可能影响对PACS的易感性，或能预测新冠后遗症的风险。调节肠道菌群能否帮助改善患者的后遗症，值得进一步探索。

新冠肠道菌群

代谢产物

港中大黄秀娟团队：肠道菌群功能改变与新冠肺炎严重程度相关

新型冠状病毒感染导致的严重急性呼吸综合征（COVID-19）不仅仅影响患者的呼吸道，同时会感染和影响包括肠道在内的其他器官。近期已有研究发现，新冠肺炎患者与正常对照相比，肠道菌群发生了显著改变，主要表现为产丁酸盐的有益菌减少，机会致病菌增加。肠道菌群可以通过调控宿主免疫机能以拮抗病毒感染，例如肠道菌群代谢产物络氨酸可以通过调控细胞因子分泌增强肺细胞抗流感病毒的能力。但是，肠道菌群的代谢产物能否具有类似拮抗新冠病毒的能力尚未有研究。因此，深入探索肠道菌群及其代谢物在新冠肺炎发病机制和严重程度中的作用，有助于人们理解肠道微生物群与宿主防御新冠病毒的关系。近期香港中文大学黄秀娟团队在Gastroenterology上发表了他们关于新冠肺炎肠道菌群变化的最新的工作，通过宏基因组分析发现，新冠肺炎患者肠道菌群显著改变，导致产短链脂肪酸（SCFA）和L-异亮氨酸合成能力受损。该研究详细描述了肠道菌群功能改变以及菌群纵向动力学与疾病严重程度和免疫反应的关系，为新冠肺炎与肠道菌群变化的关系提供了重要的证据。

代谢产物短链脂肪酸（SCFA）异亮氨酸疾病严重程度新冠肺炎

肠道病毒组

国内团队：肥胖及2型糖尿病患者的肠道病毒组变化

香港中文大学的黄秀娟团队与昆明医科大学附属第一医院的缪应雷团队在Gastroenterology上发表的一项最新研究，对比分析了肥胖者与非肥胖者的肠道病毒多样性及组成差异，并发现2型糖尿病+肥胖显著减弱了细菌-病毒互作。

肠道病毒组研究论文基础研究肥胖 2型糖尿病

SARS-CoV-2

港中大黄秀娟：肠道病毒组或影响新冠严重程度

RNA病毒SARS-CoV-2主要影响呼吸道和胃肠道。从粪便中可分离到SARS-CoV-2，且在人肠道细胞中可进行病毒复制。同时，人类肠道中还含有大量的常驻病毒（统称为病毒组），它们在调节宿主免疫和疾病病理生理学方面发挥作用。Microbiome近期发表来自香港中文大学黄秀娟团队的文章，发现COVID-19患者的肠道RNA和DNA病毒组与非COVID-19患者不同，且在COVID-19疾病消退后持续存在。肠道病毒通过调节免疫影响COVID-19严重程度。肠道病毒与COVID-19严重程度和宿主年龄呈负相关，这可能部分解释了年龄较大的受试者容易出现更严重的COVID-19感染。研究强调了人类肠道病毒组在COVID-19严重性和潜在治疗中的重要性。

SARS-CoV-2 肠道病毒组年龄免疫

粪菌移植

陈家亮、黄秀娟等：粪菌移植+生活方式干预，对肥胖+糖尿病患者效果如何？

香港中文大学团队近期在Gut上发表一项随机双盲对照试验研究，肥胖+2型糖尿病患者进行为期粪菌移植和生活方式的单独干预或联合干预，发现重复粪菌移植可显著促进供体菌群的定殖，而粪菌移植+生活方式干预可减少总胆固醇及LDL胆固醇，并降低肝脏硬度。

粪菌移植肥胖 2型糖尿病研究论文医学研究

COVID-19

香港中文大学：新冠肺炎患者的肠道菌群组成可能影响疾病严重程度

香港中文大学的黄秀娟团队及陈基湘团队在Gut上发表的一项队列研究结果，对比了100名COVID-19患者及78名对照的肠道菌群组成，并对27名患者的肠道菌群进行纵向分析（持续至病毒检测阴性后30天），发现患者的肠道菌群组成与对照有显著差别，且这种差别在病毒清除后仍持续存在。另外，肠道菌群组成与患者的炎症因子、趋化因子及组织损伤标志物的水平密切相关，提示肠道菌群可能影响患者的疾病严重程度。

COVID-19 研究论文基础研究菌群-免疫互作队列研究

粪菌移植

港中大：FMT治疗移植物抗宿主病，肠道细菌、真菌、病毒如何变化？

香港中文大学的黄秀娟团队及陈基湘团队在Nature Communications上发表的一项最新研究，对一名接受同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后发展出移植物抗宿主病（GvHD）的14岁患儿进行粪菌移植治疗，并对粪菌移植后4个月内的肠道细菌、真菌及病毒的多样性、组成及功能的动态变化进行了深入分析。

粪菌移植移植物抗宿主病研究论文纵向研究肠道真菌组

奇异变形杆菌

黄秀娟+于君：奇异变形杆菌或介导克罗恩病的炎症发展

变形杆菌属是一种革兰氏阴性兼性厌氧杆菌，近期研究表明变形杆菌属物种与肠切除后的克罗恩病（CD）复发相关。香港中文大学的黄秀娟（Siew C Ng）和于君与团队，近期与国外团队合作在Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现变形杆菌属在CD患者的粪便及结肠活检样本中更常见且丰度更高，而从患者体内分离出的变形杆菌属均属于奇异变形杆菌。进一步研究发现，奇异变形杆菌在体内外均可诱导炎症应答，并恶化DSS诱导的小鼠结肠炎。该研究提示，奇异变形杆菌可能在克罗恩病的发病机制中起到关键作用。

奇异变形杆菌 P. mirabilis Crohn’s disease Inflammation Pathogen

新冠感染

港中大团队：与新冠病毒肠道感染相关的肠道菌群特征

部分COVID-19（新冠）患者存在胃肠道症状，但人们对于新冠病毒在胃肠道中的活性和感染性仍所知甚少。此前的体外细胞感染模型研究显示，新冠病毒在细胞内的活跃复制和感染特征，表现为转录组分析中其基因组序列的3‘端覆盖度高于5'端。香港中文大学黄秀娟（Siew C Ng）团队在Gut杂志发表的最新研究中，通过提取新冠患者粪便病毒RNA并进行鸟枪法宏基因组测序，分析了患者粪便中的上述新冠病毒活性特征，表明存在无症状的新冠病毒肠道感染，且这种活跃的感染可持续至呼吸道病毒转阴后。他们进一步分析了肠道菌群的组成和功能，鉴定出与新冠病毒肠道感染相关的菌群特征：条件致病菌富集、有益菌群丧失以及特定代谢功能的变化。

新冠感染新冠病毒胃肠道感染肠道菌群

新冠肺炎

香港中文大学：新冠肺炎患者的肠道真菌变化

新冠病毒可感染肠道细胞，可能影响肠道菌群。香港中文大学黄秀娟团队继上个月发表了COVID-19患者的肠道菌群特征后（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075254450），又在《Gastroenterology》上发表了一项最新研究，揭示了COVID-19患者在住院期间的粪便真菌变化，他们发现相比于健康对照，致病真菌——念珠菌属及曲霉属在患者中显著富集，且肠道真菌的失调可持续到患者鼻咽样本中的新冠病毒被清除后12天之久。

新冠肺炎 coronovirus microbe yeast Intestine