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目前已知有8种B族维生素，在人体健康中发挥重要作用。饮食和肠道菌群是影响人体B族维生素水平的关键因素。复旦大学吴浩、吕博敏和上海交大医学院附属瑞金医院华沙与团队在Cell Host and Microbe发表最新综述，深入探讨了饮食和菌群对宿主B族维生素状态的影响，以及如何通过基于饮食和菌群的干预策略，提高B族维生素可用性以改善健康。

B族维生素 Gut microbiota B vitamins Diet metabolic diseases

神经

郑啸/郝海平等Cell子刊：遗传因素如何通过肠菌影响抑郁症？

宿主基因如何与环境因素相互作用从而影响抑郁症？中国药科大学郑啸和郝海平、东南大学附属中大医院张学丽和袁勇贵与团队Cell Host and Microbe发表研究，对这一问题进行了探究。他们发现G蛋白偶联受体Gpr35的缺乏会引发小鼠抑郁症状，原因是小鼠菌群组成改变，尤其狄氏副拟杆菌增多。这些变化伴随细菌色氨酸代谢物吲哚-3-甲醛（IAld）的减少，从而影响伏隔核的神经可塑性。总之，该研究揭示了肠道 Gpr35 对抑郁样行为的调控作用，以及介导该作用的肠道菌群-脑轴中的信号代谢物，为具有遗传风险的抑郁症干预提供了新思路。

神经肠道菌群菌群-肠-脑轴抑郁症菌群代谢物

肿瘤治疗

Science：菌群依赖性T细胞反应，促进免疫治疗引发的结肠炎

免疫检查点抑制剂（如抗CTLA-4抗体）可以激活抗肿瘤免疫，但也可能诱发免疫相关不良事件（irAE），包括结肠炎。然而，非遗传操纵或辅助干预（如DSS）的实验室小鼠在接受免疫检查点阻断治疗后，对肠道炎症具有高度抵抗力，因此对肠道irAE的机制理解一直受到阻碍。Science最新发表的一项研究发现，CTLA-4阻断引发的小鼠结肠炎依赖于肠道菌群组成，揭示了该小鼠模型中T细胞驱动的肠道炎症机制，并基于这一发现提供了开发具有较低肠道炎症毒性的新型CTLA-4抑制剂的新策略。

肿瘤治疗免疫检查点阻断抗CTLA-4 癌症免疫治疗肠道菌群

病原体

L-乳酸助空肠弯曲菌祸害肠道

空肠弯曲菌在感染过程中如何在肠腔内建立其生态位和扩展的？由于小鼠不易被空肠弯曲菌定植，PNAS发表的这项研究采用雪貂作为模型，发现在急性感染期间，肠道代谢物L-乳酸支持空肠弯曲菌的定植和扩张，这一发现为理解空肠弯曲菌的致病机制提供了新视角。

病原体肠道感染代谢物 L-乳酸盐空肠弯曲杆菌

益生菌

刘心娟+洪维鍊等Nature子刊：动物双歧杆菌乳亚种BL-99可改善功能性消化不良

当前治疗功能性消化不良（FD）的方法效果有限且不持久，益生菌在FD治疗方面具有潜力。Nature Communications近期发表了中国农业大学任发政院士和王然、首都医科大学刘心娟、内蒙古乳业技术研究院有限责任公司洪维鍊与团队开展的一项临床试验，表明动物双歧杆菌乳亚种BL-99有潜力成为FD的治疗选择。

益生菌功能性消化不良动物双歧杆菌乳亚种BL-99 随机对照试验

宿主-菌群互作

傅静远等Nature：大规模解析人体与肠菌的基因互作，揭示血型如何影响肠菌

宿主与其肠道菌群的共生关系在漫长的演化过程中不断磨合，宿主遗传学因素对肠道菌群多样性和特定类群丰度的影响已得到公认，但对于人类基因组与肠道微生物组间的遗传学互作，目前仍所知甚少。荷兰格罗宁根大学傅静远教授团队与合作者在Nature发表的一项最新研究，对荷兰9000多人的人类遗传变异SNP与肠道微生物基因组结构变异（SV）之间的关联进行了荟萃分析，发现了特定肠菌SV与人类ABO血型和分泌型状态间的密切关系，揭示了该关联背后的肠菌代谢途径（利用宿主分泌的特定糖分子作为碳源），探索了肠菌的这一代谢功能在宿主ABO基因型与特定肠菌丰度关联中的介导作用，以及对宿主健康的潜在影响。总之，该研究揭示了人体“第一基因组”与共生菌群“第二基因组”之间交互作用的冰山一角，表明人类基因组和肠道微生物组中的基因关联可以为宿主与菌群间的相互关系提供功能性见解，把研究深度从分析微生物种类进一步推向菌群的功能通路和基因水平。

宿主-菌群互作人肠道菌群微生物结构变异遗传学遗传-菌群互作

菌群代谢物

初波/朱书/柴人杰/顾伟等Nature子刊：肠菌代谢物促进大肠癌的新机制

肠道菌群代谢物可影响肿瘤的发生发展，但其背后的分子机制仍待深入探索。山东大学初波、中国科学技术大学朱书、东南大学柴人杰、美国哥伦比亚大学顾伟与团队在Nature Cell Biology发表最新研究，发现厌氧消化链球菌产生的色氨酸代谢物IDA，可通过抑制铁死亡，促进结直肠癌进展，并揭示了其背后的细胞内信号通路，为研发肿瘤铁死亡疗法提供了新的靶点和治疗策略。

菌群代谢物肠道菌群色氨酸代谢产物结直肠癌厌氧消化链球菌

脂代谢

Nature：肠细胞处理膳食脂质，线粒体有何重要作用？

线粒体功能障碍会导致氧化磷酸化不足和代谢缺陷，几乎可影响所有细胞类型，引发疾病。然而，线粒体在肠上皮细胞中的作用尚不清楚。Nature发表的一项最新研究，通过小鼠研究揭示了线粒体在肠上皮细胞中对膳食脂肪的运输和处理的关键作用，这些发现有助于理解线粒体病患者的肠道功能异常。

脂代谢肠细胞线粒体

精准医学

Nature Reviews：将微生物组纳入精准医学（综述）

人与人之间的个体差异驱动了精准医学的研究和发展。菌群是个体差异中的一个重要因素，在疾病的早期检测、预后预测方面具有应用前景，调控菌群也被认为可以优化个性化医疗干预。Nature Reviews Microbiology发表的这篇综述，回顾总结了微生物组数据应用于疾病精准医疗的最新研究进展，并讨论了该领域所面临的挑战、局限性和前景，推荐专业人士关注。

精准医学微生物组

宏基因组

Nature：未培养微生物中的40万个新基因家族

尽管微生物培养技术已取得很多进展，但地球上仍有大量未培养微生物，其基因的特征和功能在很大程度上被归为微生物“暗物质”。Nature发表的这项最新研究，对5个数据库中来自82个生境（含肠道）的近15万个细菌和古菌基因组（宏基因组组装基因组和单扩增基因组），进行了系统性地比较分析研究，编制了专属于未培养原核生物的新基因家族目录FESNov，使细菌和古菌基因家族数量变为原有的3倍，极大扩展了对未培养微生物遗传库在功能和演化方面的认知，有助于未来的宏基因组学研究。

宏基因组微生物暗物质未培养微生物基因家族

多发性骨髓瘤

周文+贺艳娟+贾伟+陈翔Cell子刊：从肠菌入手，改善多发性骨髓瘤耐药性

此前研究发现，多发性骨髓瘤（MM）患者肠道中的氮回收细菌增多，但其在MM复发中的作用尚不明确。中南大学湘雅医院周文、贺艳娟、陈翔和香港浸会大学贾伟与团队，在Cell Metabolism发表最新研究，发现肠道菌群中的氮回收细菌弗氏柠檬酸杆菌能通过增加血液中的铵水平，诱导对硼替佐米的耐药性，并揭示了其中的细胞和分子机制。用利尿剂呋喃苯胺酸钠抑制MM细胞的铵摄取，以及用益生菌（如丁酸梭菌）抑制氮回收菌生长，可改善MM的治疗效果，为MM的治疗提供了新的策略和靶点。

多发性骨髓瘤肠道菌群氮代谢铵肿瘤耐药性

微生物生态学

Science：菌群多样性如何抵抗病原体定植？原理不复杂

肠道菌群在抵抗病原体定植方面具有重要作用，但目前还无法有效预测怎样的群落会起到保护作用。Science最新发表的一项研究，通过大量体外研究和体内实验验证，表明菌群多样性和复杂性在定植抵抗中的作用可以用一个简单的生态学基本原理来解释，即群落成员通过共同消耗与病原体相同的营养素实现对病原体的营养阻断（占据生态位），从而有效抑制病原体的生长和定植，这为设计能抵抗特定病原体的微生物群落提供了理论指导。

微生物生态学定植抵抗生态位

微生态干预

用于预防复发性艰难梭菌感染的菌群药品：2023进展更新

粪菌移植（FMT）是治疗多次复发艰难梭菌感染（rCDI）的标准疗法，一些人类菌群衍生药品也在临床研究方面取得进展。Clinical Microbiology and Infection发表的这篇文章，总结了关于菌群衍生药品用于预防rCDI的2期和3期临床试验，比较了这些药品与FMT在疗效等方面的差异，表明这些菌群衍生药品在预防rCDI上有效，但效果不如传统FMT，在实际应用中需要进一步研究以确定这些药品在治疗策略中的位置。

微生态干预复发性艰难梭菌感染

肠道菌群

Cell：揭秘肠道中的隐藏角色——原生生物

肠道微生物中包括原生生物，但这类微生物对肠道环境的影响尚有很多未知。Cell最新发表的研究，揭示了共生原生生物在肠道微生物群中的多样性和代谢差异，表明它们通过不同的代谢作用影响肠道免疫和与细菌的跨界竞争，并提出膳食干预或能调节它们对肠道健康的影响。

肠道菌群原生生物饮食-菌群互作菌群内互作菌群-免疫互作

菌群导向性食物

Nature：用菌群导向性食物改善儿童营养不良，再获新发现

美国圣路易斯华盛顿大学的Jeffrey Gordon团队，在Nature发表的一项最新研究，在该团队此前在孟加拉国开展的一项针对中度急性营养不良儿童的菌群导向性辅食干预研究（https://www.chinagut.cn/papers/read/1079900740）的基础上，通过分析受试者的肠道微生物组数据，发现特定的Prevotella copri菌株或是促进患儿响应营养干预增加体重的关键介导肠菌，并鉴定出这些菌株所代谢的聚糖成分。该研究强调了饮食诱导的肠道菌群反应的菌株特异性，为开发更精准的微生态干预制剂（例如，筛选出关键肠菌和对应营养成分组成合生制剂，以更有效地修复患儿菌群，使其更好地响应饮食干预）提供了新思路。

菌群导向性食物儿童营养不良肠道菌群膳食碳水化合物

微生态干预

张必翔/杨祥良/刘智/陈孝平/陈卫华Cell子刊：调肠菌可改善肝癌手术预后

肝细胞癌（HCC）患者进行肝切除术后，及时恢复肝功能对预后有重要意义。肠道菌群在肠-肝轴的调节中有重要作用，但尚不清楚肠菌对HCC术后肝功能恢复有何影响。Cell Host and Microbe最新发表了来自华中科技大学张必翔、杨祥良、刘智、陈孝平、陈卫华与团队的重要研究，结合队列分析、小鼠实验和临床试验等手段，发现长双歧杆菌对促进HCC术后肝功能恢复、提高生存率具有积极作用，并探索了背后的肠-肝轴机制。这项研究为HCC术后治疗提供了新策略，强调了调节肠道菌群的重要作用。

微生态干预肠道菌群肝细胞癌肝切除手术预后

微生态干预

黄秀娟团队Lancet子刊：SIM01合生制剂可改善长新冠

全球约有6500万人受长新冠（PACS，COVID-19急性期后综合征）影响，但目前缺乏有效治疗方案。The Lancet Infectious Diseases最新发表了香港中文大学黄秀娟、陈家亮与团队开展的一项临床试验研究，表明合生制剂SIM01（3个菌株（分别属于青春双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌）+3种益生元（低聚半乳糖、低聚木糖和抗性糊精））（10^10 CFU，每天2次）在减轻多种PACS症状上显著优于安慰剂，伴随肠道菌群有益变化。这一发现为通过调节肠道菌群来治疗PACS提供了新思路，未来可进一步测试将SIM01推广用于其他慢性疾病或感染后症状的治疗。

微生态干预合生制剂长新冠随机双盲安慰剂对照试验肠道菌群

结直肠癌

Cell：患者类器官+单细胞分析，揭示大肠癌的化疗“保护伞”

患者衍生类器官（PDO）可以建立个性化治疗反应模型；然而，目前的筛选技术无法揭示药物反应机制或肿瘤微环境细胞如何改变治疗效果。Cell发表的这项研究，利用一种名为Trellis的方法对超过2500个患者衍生类器官和癌症相关成纤维细胞（CAF）培养物进行单细胞分析，揭示了患者特异性药物反应，并发现CAF可改变PDO的结肠干细胞状态，从而使PDO抵抗化疗。这些发现为癌症治疗策略提供了新见解。

结直肠癌类器官癌症相关成纤维细胞化疗耐药单细胞筛选

结直肠癌

Cell：空间多组学解析大肠癌中的肿瘤-微环境共演化

结直肠癌（CRC）在从癌前病变向恶性发展的过程中表现出动态的细胞和基因异质性。Cell最新发表的这项研究，通过空间多组学分析，揭示了CRC肿瘤进展的个体化轨迹和克隆/微环境变化，特别是发现了与肿瘤进展相关的免疫排斥特征（涉及胞外基质调节因子），为患者分层和靶向治疗提供了重要信息。

结直肠癌肿瘤演化空间组学

肠干细胞

Cell：结肠干细胞的命运交响曲——致癌基因与微环境信号的共舞

癌细胞受细胞内在（致癌基因突变）和细胞外在（肿瘤微环境）信号的共同调控，但这些过程往往被分开研究，这些信号如何共同调控细胞命运仍待阐释。Cell最新发表的这项研究填补了这一空白。该研究通过scRNA-seq和高度复用的TOBis MC方法，对超过1000个结肠类器官培养物进行平行扰动分析，描绘了细胞内在/固有和外部信号共同调控的结肠干细胞（CSC）极化的连续表型景观图谱，并发现致癌基因突变和基质信号可竞争式地影响CSC表型特性，但致癌基因能通过阻断基质对细胞命运可塑性的调控，最终占据主导地位。

肠干细胞细胞可塑性细胞命运基础研究结直肠癌

帕金森病

魏艳玲+黄河清+刘星吟：粪菌移植可改善帕金森病

陆军军医大学魏艳玲、黄河清和南京医科大学刘星吟与团队近期在Gut Microbes发表临床试验，探索了粪菌移植（FMT）口服胶囊对轻中度帕金森病（PD）患者的疗效，以及对肠道菌群的影响。结果表明，FMT可能提高现有药物治疗对PD患者的效果，为PD治疗提供了新的视角。

帕金森病菌群移植粪菌移植肠道菌群随机对照试验

菌群代谢

刘瑞欣等Cell子刊：锁定肠菌产丙酸促进肠道稳态的关键酶

丙酸是一种短链脂肪酸，由菌群发酵纤维产生。丙酸可调节免疫和代谢，发挥有益健康的作用。多形拟杆菌等关键肠道细菌会产生丙酸，但其生化途径和具体功能仍待研究。上海交通大学医学院附属瑞金医院刘瑞欣、王计秋、王卫庆、宁光与团队在Cell Host and Microbe发表的一项最新研究中，鉴定出拟杆菌中参与丙酸生物合成的关键酶——甲基丙二酰-辅酶A变位酶，并证明该途径可促进肠道杯状细胞分化和粘液完整性，从而帮助抵抗结肠炎，维持肠道稳态。

菌群代谢肠道菌群多形拟杆菌短链脂肪酸丙酸

药物性肝损伤

陈鹏等Cell子刊：口服镁调节肠菌代谢，预防对乙酰氨基酚的肝脏损伤

过度使用对乙酰氨基酚（APAP）是急性肝衰竭（ALF）的常见原因。在ALF中，APAP被CYP2E1等酶代谢并转化为活性物质，从而导致氧化损伤和肝衰竭。Cell Host and Microbe最新发表了来自南方医科大学陈鹏、马强、姜勇与团队的最新研究，揭示了口服镁通过改变肠道菌群（尤其双歧杆菌）代谢，生成特定代谢物，从而预防对乙酰氨基酚引起的ALF。

药物性肝损伤肠道菌群菌群代谢物镁肠-肝轴

肠道免疫

Nature：肠上皮细胞“约束”致病性T细胞的新机制

肠上皮细胞不仅是屏障，还与肠道内的免疫细胞进行“对话交流”，从而调控肠道的免疫反应。Nature最新发表的这项研究，揭示了肠上皮细胞中的IFNγ信号及其下游的抗原呈递，如何在肠道炎症和结直肠癌中发挥保护性作用。

肠道免疫 IFNγ 肠上皮细胞抗原呈递上皮内T细胞

饮食-免疫互作

Nature：一种膳食反式脂肪酸可促进抗肿瘤免疫

膳食中的营养物质对生物体的健康有重要影响。然而，血液中的营养素如何影响特定生理过程，其机制仍有许多未知。Nature最新发表的这项研究，发现饮食中的反式异油酸可以通过使T细胞表面受体GPR43失活，直接增强CD8效应T细胞的功能，在小鼠中促进抗肿瘤免疫，为肿瘤治疗提供了新的营养干预策略。

饮食-免疫互作抗肿瘤免疫 T细胞营养素反式脂肪酸

益生菌

翟齐啸+张家超+黄适Cell子刊：益生菌如何改善便秘？锁定菌株特异性背后的关键遗传因子

益生菌长双歧杆菌功能性便秘肠道菌群菌株特异性

细菌适应性

Science：“饥饿”下的生存策略——有益肠菌的适应之道（观点）

肠道细菌的生长、定植和适应性，受饮食和宿主的因素影响，包括缺乏营养的禁食期。研究有益肠道细菌在肠道中的适应性机制，将有助于设计具有理想特性的工程益生菌。Science最新发表的这篇观点文章，以多形拟杆菌为例，探讨了有益肠菌如何在宿主禁食时，应对缺乏营养的肠道环境。这些可为开发对肠道适应性更好的益生菌提供线索，也为禁食的健康益处提供了潜在的解释视角。

细菌适应性肠道菌群禁食

艰难梭菌

Nature：肠道病菌艰难梭菌如何对抗宿主的营养免疫

铁对于生命至关重要，但过量时有毒。为了在宿主体内生存，细菌病原体进化出了铁的摄取、储存和解毒策略，以维持自身铁稳态。Nature发表的一项最新研究表明，艰难梭菌可以产生含磷酸铁的铁小体（ferrosome）细胞器，以防止短暂的环境铁过载对菌的毒性作用。此外，该研究显示，铁小体系统在艰难梭菌感染过程中被激活，使其能对抗宿主限制铁的营养免疫机制并克服肠道中的铁应激。这些发现表明，靶向铁小体的形成，或可作为抗艰难梭菌感染的新策略。

艰难梭菌

肠道胆固醇吸收

Science：肠道如何吸收胆固醇？新的关键因子被锁定

高胆固醇血症增加心血管疾病风险。小肠对膳食胆固醇的吸收是影响全身胆固醇稳态的一个重要因素。这一吸收过程始于NPC1L1将游离胆固醇沉积在肠细胞质膜上，而后胆固醇移动到内质网，在那里被酯化进而包装成乳糜微粒。然而，胆固醇如何从质膜移动到内质网，其机制尚不清楚。Science最新发表的一项研究填补了这一空白，发现Aster蛋白作用于NPC1L1下游，在胆固醇从小肠肠细胞质膜向内质网移动的过程中发挥关键作用。这些发现为减少肠道的胆固醇吸收从而改善高胆固醇症，提供了新的药物靶点。

肠道胆固醇吸收

肠内分泌细胞分化

Science：类器官+CRISPR，找出控制人类肠内分泌细胞分化的关键因子

肠内分泌细胞（EEC）位于胃肠道上皮，产生各种参与代谢调控的激素。不同EEC谱系的分化是由专门的转录因子网络控制的。然而，由于从成体干细胞分化EEC的效率很低，很难搞清这个调控网络的组成和机制。Science最新发表的一项研究，利用人肠道类器官和CRISPR基因敲除筛选系统，对调控成人EEC谱系分化的转录因子进行了大规模无偏鉴定，发现一个此前功能未知的锌指蛋白转录因子ZNF800，在EEC谱系分化中发挥主导作用，处于内分泌转录因子网络的上游位置。这项工作展示了优化人类类器官在基于CRISPR的功能筛选中的价值潜力，为鉴定人类肠道生理学和病生理学中的其他调节因子铺平了道路。

肠内分泌细胞分化转录因子肠道类器官 CRISPR