Jens Nielsen

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文章数：15篇

生物活性代谢产物

Cell：麦角硫因的双刃剑作用（新闻评论）

食物中含有多种生物活性代谢产物，可与人体代谢互作。Cell上发表的一篇Preview介绍了Cell近期发表的一项最新研究结果：麦角硫因（ergothioneine）是一种可从食物中摄取的氨基酸，具有多种有益健康的效应。然而，肠道致病菌可利用ergothioneine的抗氧化功能，在氧化应激中对自身起到保护作用；另外，肠道细菌可将ergothioneine代谢为三甲胺，从而增加心血管疾病功能。

生物活性代谢产物其他麦角硫因

补充罗伊氏乳杆菌ATCC PTA 6475可改善骨密度低的老年妇女肠道菌群和机体炎症

最近的一些研究表明，补充益生菌对骨骼代谢有有益的影响。近期发表于NPJ Biofilms and Microbiomes的一项研究表明补充罗伊氏乳杆菌ATCC PTA 6475有防止骨密度低的老年妇女肠道菌群和炎症状态恶化的潜力，进而对骨代谢产生有益的影响。然而，还需要进一步的研究来探究肠道菌群变化与骨代谢相联系的机制。

代谢活化剂

代谢活化剂可缓解脂肪肝

Molecular Systems Biology上发表的一项随机对照试验结果，在31名非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者中进行10周干预，发现代谢活化剂可通过降低肝脏脂肪及炎症，以显著改善肝脏脂肪变性，并降低转氨酶、尿酸、肌酐等指标。

代谢活化剂研究论文医学研究非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）随机对照试验

补充代谢活化剂可加速轻中度新冠患者的恢复

COVID-19与线粒体功能障碍和代谢异常有关，包括烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）和谷胱甘肽代谢缺陷。Advanced Science近期发表的文章，为了研究由谷胱甘肽和NAD+的前体组成的联合代谢激活剂（CMA）对COVID-19非卧床患者代谢功能恢复的影响，分别招募了93名和304名COVID-19非卧床患者，进行安慰剂对照、开放标签2期研究和双盲3期临床试验。CMA包括L-丝氨酸、N-乙酰-L-半胱氨酸、烟酰胺核糖苷、酒石酸左旋肉碱等补充剂。结果显示，CMA能显著缩短COVID-19患者的完全恢复时间，提示联合代谢激活剂这种治疗方案在治疗感染导致呼吸问题或是一种新的策略。

COVID-19 3期临床试验 2期临床试验代谢激活剂

计算微生物群动力学模型（CODY）

计算菌群动力学模型：为菌群时空研究提供可能

不同肠道部位的菌群差异显著，对肠道菌群的空间研究和预测成为亟待解决的问题。发表在PNAS上的本文建立了一种计算微生物群动力学模型（CODY），其可以量化测定不同区域菌群变化，并且有效性得到初步证实。CODY为肠道菌群的时空研究提供了可能。

计算微生物群动力学模型（CODY）肠道菌群的空间研究

Nature 子刊：开菲尔微生物的时空互作

开菲尔（kefir）是一种天然乳制品发酵群落，主要由乳酸菌、醋酸菌和酵母组成。为了深入了解自然群落的稳定性，Nature Microbiology发表的文章，利用开菲尔作为一个微生物生态系统模型进行了实验研究。在牛奶发酵过程中，开菲尔细菌定殖生长有一定顺序，早期定殖生长的成员通过提供可用的代谢物，如氨基酸和乳酸等，促进后续成员的定殖生长。通过代谢组学、转录组学和物种间相互作用研究，揭示了难利用牛奶的微生物是如何通过代谢合作得以生存，甚至在群落中占据主导地位的。总的来说，本研究结果揭示了群落中各物种在空间和时间上的相互作用，是如何影响群落成员稳定共存的。

开菲尔代谢互作

肠道菌群预测黑色素瘤患者免疫治疗反应

越来越多的证据表明，肠道微生物组可以决定患者的免疫检查点抑制（ICI）疗法结果。然而肠道微生物特征在不同患者群体中的适用程度还不清楚。最新发表在JCI insight的研究通过对4项已发表的鸟枪宏基因组研究进行荟萃分析，发现利用对ICI疗法有反应的患者中固有的粪便微生物特征，或可达到癌症诊断或治疗目的。

黑色素瘤荟萃分析医学研究基础研究宏基因组

Nature子刊：不健康饮食相关的一种菌群代谢产物，与糖尿病存在关联

丙酸咪唑（ImP）是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现，血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关，与肠道菌丰度下降，和拟杆菌2肠型显著相关，与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关，但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。

糖尿病肠道菌群代谢产物丙酸咪唑肠道菌群前驱糖尿病

Nature子刊：菌群的建模方法（综述）

数学建模可以对于了解菌群动态和相互作用有极大优势。模型的重要性在于一方面可以在理论上重现实验结果，另一方面还在于可使用模型预测生物系统的行为及其对不同扰动的响应。可以想象，后者在建立饮食干预调控肠道菌群的征程中将为我们指引方向。本文共介绍了四大类、逾二十种建模方法，是学习微生物群落构建不可多得的参考资料。

菌群模型 Computational models Microbiome 综述建模

Cell子刊：研究菌群-饮食-宿主互作的人源化小鼠模型

肠道菌群通过与饮食成分互作，影响宿主代谢，但由于饮食和菌群的复杂性，研究菌群-饮食-宿主互作存在比较大的挑战。《Cell Reports》发表的一项最新研究，建立了一种简化的人肠道菌群小鼠模型，并用该模型分析了膳食纤维、饱和脂肪和蔗糖对肠道菌群的影响，以及菌群-饮食互作对血液代谢物和宿主代谢的具体影响，对于研究菌群内互作和菌群-饮食-宿主代谢互作都很有参考价值。

小鼠模型饮食-菌群-宿主互作 microbiota Diet Transcriptome

计算机模型

建模分析营养不良中的菌群代谢能力

儿童营养不良与菌群失调有关，但菌群代谢功能在其中的作用尚不明确。Metabolic Engineering近期发表一项研究，用计算机模型来模拟菌群的代谢功能，分析了菌群功能在儿童营养不良中的作用。

计算机模型肠道菌群代谢功能儿童营养不良细菌互作 BACTERIAL INTERACTIONS

Nature Reviews：系统生物学在肝病中的应用（综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的重要综述，详细介绍了如何利用多组学分析及系统生物学方法，研究肝脏疾病的防治策略。

肝脏疾病系统生物学多组学

低碳水饮食

Cell子刊：低碳水饮食迅速改变菌群改善脂肪肝

过去几十年里，非酒精性脂肪肝（NAFLD）发病率迅速攀升，而低碳水饮食可快速改善NAFLD、帮助减肥。本月Cell Metabolism[IF：18.164]上线了瑞典哥德堡大学大牛Fredrik Bäckhed教授与Borén团队合作的人体研究，使用多组学方法，从菌群和代谢等角度，系统分析了低碳水饮食如何在短短14天内大幅改善NAFLD。他们发现，这种饮食干预可改变肠道菌群以增加叶酸生成，帮助患者改善肝脏脂肪代谢。菌群健康领域不容错过的好研究~ （啰嗦一句：任何以治疗为目的的饮食干预都请遵医嘱）

低碳水饮食非酒精性脂肪肝病脂代谢叶酸多组学分析

Cell子刊：用系统生物学研究代谢，前景广泛

这是一篇重要文章，系统介绍系统生物学，这是必须值得精读的文献

Delphine Payros Isabelle P Oswald

Nature：欧洲糖尿病女性的宏基因组

这是2013年发表在Nature上的研究，对标2012年由华大基因团队领衔的糖尿病相关研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1041543080）。145份样本宏基因组测序，在华大的文章发表后还能发在Nature，可以想见在2013年，菌群研究还处于刚迈入火速发展的时期。现如今，如果不能有效解决生物学或者临床医学上的问题，1450份宏基因组样本测序，恐怕也不能再登陆Nature哦。

2型糖尿病宏基因组预测模型