Yan Tan

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文章数：4篇

合成生物学

国内团队Nature子刊：细菌用于工程化活性材料的“IT+BT”新范式

细菌可以通过编程来创造具有自我修复和进化功能的工程生物材料（ELMs）。然而，由于缺乏可工程的非致病性基质和相应的可编程内源性生物聚合物，ELMs的进一步发展受到很大阻碍。近日，深圳先进技术研究院钟超、周佳海和未知君的谭验博士及团队在Nature Chemical Biology发表最新研究，通过联合生物信息学、结构生物学和合成生物学的技术方法，实现了对合成特定生物聚合物菌株的高通量挖掘和筛选、生物聚合物组装机制的解析以及新型“活材料”的理性设计，搭建出快速开发新型“活材料”的“IT+BT”新范式，值得关注。

合成生物学工程菌研究论文基础研究基因敲除

马迎飞团队Nature子刊：揭示人肠道古菌病毒多样性

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队近期在Nature Communications发表研究，对人类肠道中的古菌和古菌病毒进行了全面的宏基因组数据挖掘。研究结果表明，人肠道古菌和古菌病毒存在很高的多样性，本研究鉴定的新的人肠道古菌病毒填补了相关的知识空白，并可作为人肠道古菌病毒组的扩充，本研究将为深入了解人体肠道内古菌病毒的多样性和蛋白功能提供前所未有的见解，以供人们更好地了解人类肠道生态系统，该文为人类肠道菌群的研究提供了新视角。

宏基因组肠道古菌病毒组噬菌体蛋白功能病毒簇

基因成分谱

iMeta: 中国科学院开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具

中国科学院深圳先进技术研究院戴磊团队开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具StrainPanDA，并使用模拟数据集系统地验证了StrainPanDA的准确性和鲁棒性，StrainPanDA对计算资源的要求极低，可以批量并行处理菌群中的多个物种。StrainPanDA可以应用于宏基因组数据以检测分子功能与微生物/宿主表型之间的关联，从而产生可供验证的假设，并在菌株或亚种水平上获得新的生物学见解。

基因成分谱宏基因组学菌群泛基因组菌株分析

戴磊团队：老年小鼠移植肠道菌群的建立和恢复

中国科学院深圳先进技术研究院的戴磊团队在iScience上发表文章，发现自体和异体粪菌移植均可恢复老年小鼠的肠道菌群，并影响宿主基因表达谱。而且，与自体FMT相比，异体FMT建立的肠道菌群在DSS诱导的结肠炎症期间弹性较差，恢复力较弱。研究结果强调需要监测移植肠道菌群的长期稳定性，并在必要时进行多重FMT。

肠道菌群老年小鼠粪菌移植