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微生物单细胞测序
文章数:3篇
微生物单细胞测序
Science:微生物高通量单细胞测序,助力在菌株水平上解析肠道菌群
肠道菌群是复杂的微生物群落,典型的人肠道菌群可包含数百个微生物物种,而每个物种中又可能包含多个有功能差异的菌株。然而,在菌株水平上开展大规模的肠道菌群研究,目前在方法学上仍存在挑战。为了克服这一困难,哈佛大学David Weitz团队与麻省理工学院Eric Alm团队合作,开发了一种新的微生物高通量单细胞测序方法Microbe-seq,无需培养即可从复杂群落中获得大量的单个微生物基因组信息,解析出菌株分辨率的高质量微生物基因组,并以人肠道菌群分析为例展示了该方法在菌群研究领域中的巨大潜力。相关论文已于Science发表,郑文山博士和赵诗杰博士是共通第一作者。相信随着方法学的不断突破,人们对于菌群的研究和认知也将被拓展到新的高度。
微生物单细胞测序
肠道菌群
菌株水平
微生物单细胞测序
高保真读取单细菌转录情况的新方法
检测单个细胞在不同条件下的转录情况,有助于阐释基因组相同的单细胞的表型、功能差异;但原核生物单细胞RNA测序一直是技术难点。Nature Microbiology近期发表了一种不依赖于转录片段poly(A)区域结合的细菌单细胞RNA测序方法,并在沙门氏菌和铜绿假单胞菌中验证该方法的实用性,有助于该技术运用于复杂微生态中的单细胞转录情况检测。
微生物单细胞测序
研究论文
基础研究
微生物单细胞测序
单细胞功能基因组学捕捉罕见纤维降解细菌
从环境中筛选、鉴定出具有特定功能的细菌对于研究微生态功能具有重要意义。本研究利用底物荧光标记、流式细胞分选和单细胞基因组测序技术,从热泉环境中分离出了多种新的纤维降解细菌和纤维素分解酶。这种基于功能筛选的微生物单细胞基因组测序技术,有望用于阐释复杂微生态体系中的微生物功能,尤其适用于鉴别低丰度、难培养微生物。
微生物单细胞测序
功能基因组学
研究论文
难培养微生物