mBio

噬菌体海洋 Ankit Malik Thirumala-Devi Kanneganti

趋化因子

mBio：CXC趋化因子如何杀伤多重耐药革兰氏阴性菌？

这是关于CXC趋化因子（CXCL9与CXCL10）杀伤多重耐药性革兰氏阴性菌的机制研究，推荐专业人士阅读。

趋化因子粘菌素耐药性 Gram negative Antimicrobial resistance carbapenem

底物偏好

mBio：不同的多糖利用偏好，促进不同肠道细菌的共生

这是对同期发表的研究论文（http://www.xunludkp.com/papers/read/1041836960）的简要介绍，没有图，但仍然值得按老规矩好好读一读。

底物偏好多糖利用位点多糖利用偏好 Bacteroides community diversity

抗性淀粉

mBio：抗性淀粉如何影响菌群、蛋白组及代谢组？

研究抗性淀粉影响人体肠道菌群及代谢产物的文章，推荐阅读。

抗性淀粉多组学分析 gut microbiome human microbiome multiomics

多糖利用位点

mBio：竞争环境下，肠道细菌表现出不同的多糖利用偏好

这是一项实验室培养基环境下研究不同肠道细菌对多糖偏爱性的研究，很值得看看，这个对未来更加深入理解肠道菌群对不同营养物质的利用以及在肠道环境中的pk具有启发意义。特别推荐。

多糖利用位点卵形拟杆菌多形拟杆菌多糖利用偏好

唾液菌群

mBio：生命早期的居住环境塑造唾液菌群

这是有关于唾液菌群如何建立的研究，发现主要是（居住）环境因素更多地在生命早期决定唾液菌群的结构，而遗传因素的影响甚微。值得看看，特别推荐。

唾液菌群居住环境 environmental microbiology Microbiome oral microbiology

瘤胃菌群

mBio：可遗传的奶牛瘤胃菌群与能量获取效率相关

这是一项重要的瘤胃菌群研究，揭示了瘤胃菌群的可遗传性及其在瘤胃生态系统中的关键作用。很值得关注，特别推荐！

瘤胃菌群 Genetics host-microbe interaction microbial ecology Microbiome

肠致病性大肠杆菌

mBio：细菌染色质结构蛋白调节致病菌毒力岛基因的双向表达

一项关于肠致病性大肠杆菌的基因组分析研究，建议专业人士特别关注。

肠致病性大肠杆菌核结构蛋白 LEE编码调节子细菌染色质毒力岛基因

噬菌体基因

mBio：抗生素诱导猪噬菌体的基因转录

在我们的印象中，抗生素一般只影响细菌，但这项研究发现它还影响猪的噬菌体（病毒）的基因转录。感到神奇吧？感到就看到~

噬菌体基因卡巴多司 agricultural antibiotics carbadox metatranscriptomics

厌氧菌

mBio：阴茎厌氧菌增加，增加HIV感染风险

之前，关于女性阴道菌群与HIV感染和预防之间相关性的研究有不少，典型的有：Science（http://www.xunludkp.com/papers/read/1066446732，以及 http://www.xunludkp.com/papers/read/1087688972），Immunity（http://www.xunludkp.com/papers/read/1070673792），今天这篇文章，则第一次明确男性生殖器上的菌群与HIV感染风险的相关性，非常值得读一读。特别推荐！

厌氧菌人类免疫缺陷病毒阴茎菌群 anaerobes Cytokines

沙门氏菌

mBio：沙门氏菌的多重耐药质粒，怎样传播给其他细菌？

这是一项利用体外恒化器系统模拟鸡肠道模型，以分析多重耐药性质粒如何在细菌之间传播的研究。很值得关注的研究，特别推荐！

沙门氏菌大肠杆菌质粒体外肠道模型

代谢补偿

mBio：深海热泉中，病毒深入参与微生物的代谢

这是来自浙江大学团队的研究，分析来自深海的热泉中的病毒组和微生物组，发现病毒深入参与到宿主的代谢进程中，很值得一读，特别推荐。

代谢补偿深海热泉病毒 deep-sea hydrothermal vent marine virus metabolic compensation

益生菌

mBio：假单胞菌促进抑制植物根部病原体

抑制植物病害，特定益生菌可能能大放异彩，这个研究就发现了假单胞菌促进抑制植物根部病原体青枯雷尔氏菌。值得看看的研究哦。

益生菌根围菌群 Weintraub A Nord CE

蜜蜂菌群

mBio：蜜蜂肠道共生菌如何代谢有毒糖类？

这篇文章介绍蜜蜂里的特定细菌如何代谢一些有害的单糖，值得好好读读。

蜜蜂菌群 G. apicola 单糖代谢 6-磷酸甘露糖异构酶 Mark Hanson

粘膜免疫

mBio：水螅，或许是研究粘膜免疫的理想动物模型（综述）

研究肠道，离不开粘膜免疫研究，靠谱的动物模型很重要，我们可能总会想着小鼠，其实有时候可以试试水螅，不信看这篇mBio的综述。

粘膜免疫水螅动物模型 Fitzstevens JL Brownell EA

微生物学研究

mBio：科学研究存在的问题是教育系统的根本性问题

① 本文是对Dr. Lawler对微生物学研究的评论一文的回应；② 原文作者认为，科学研究的问题可追溯到教育系统中存在的根本性问题；③ 本文作者认同原文作者的观点；④ 然而，本文作者指出，最初提出的“改善微生物学研究的6个途径”是针对微生物学研究的专题研讨的结果；⑤ 针对的是微生物学的专业问题，而非生物科学研究中的所有大问题。

微生物学研究 Chihang Cheng Jianghua Sun

微生物学研究

mBio：微生物问题，更多是生物学而不是统计学问题

之前有科学家在mBio上发文，提出提高生命科学研究水平的6大方法（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1058058124），随后有科学家对此提出不同意见，认为很多问题在于生物学问题没有得到解决，而不是统计学问题。前面的科学家回应说，质疑有道理，不过提出问题的背景不一样，所以自己前面说的也有根据。有些文章，放在一起看有意思。

微生物学研究

多形拟杆菌

mBio：肠道多形拟杆菌是如何利用多糖的？

肠道多形拟杆菌在利用单糖（阿拉伯糖）及多糖（阿拉伯聚糖）时，有不同调节机制，具体是怎样的机制？看看这篇文章。

多形拟杆菌多糖利用 B Dreno B Dreno

气候变暖

mBio：气候变化对昆虫肠道菌群有何影响？

气候变暖不仅直接影响各种生物，还会间接影响与其互作共生的其它生物，而这对昆虫的肠道菌群有何影响？这篇文章值得看一看。

气候变暖昆虫肠道菌群椿象 Brian D Modena Daniel R Salomon

功能基因组学

mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？

功能基因组的研究正在火热推进中，对微生物基因组进行功能注释非常必要，关于这方面的进展，这篇文章值得一读。

功能基因组学功能注释微生物基因组 Claudia Carvalho-Queiroz Eva Sverremark-Ekström

物种种类

mBio：地球上的微生物，至少千万种

在mBio之前的一篇文章中，科学家认为地球上的微生物种类也就是几百万种（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1075096364），而后有科学家说这低估了地球上微生物的多样性，前面那篇文章的作者回复说，基于16S测序得到的物种种类不靠谱，至少现在发现的微生物种类没想象多。一来二去，真理越辩越明，大家觉得地球上的微生物应该有多少种呢？

物种种类物种数量 Emily K Cope Susan V Lynch

物种种类

mBio：短读长16S测序不靠谱，别高估微生物种类

① 本文是Amann等人对Lennon等人“对全球微生物多样性的低估”的评论的回复；② Amann等人认为全球微生物多样性只有几百万，但Lennon等人认为其估计有误，大大低估了全球微生物的多样性；③ Lennon等人提出现有数据库中，根据16s rRNA序列，地球上的微生物已有近千万的物种多样性；④ Amann等人认为，短读长的16s rRNA序列信息不可靠，需要根据长读长且高质量的16s rRNA序列信息才可对物种多样性作出正确的估计。

物种种类物种数量微生物种类

土壤微生物

mBio：每年修剪地上的植物，会改变土壤微生物么？

清华和俄克拉荷马大学周集中教授和团队的一个有意义也有趣的工作，推荐大家阅读。

土壤微生物地上植物 Tarah Lynch Gary Van Domselaar

水平转移

mBio：让肠道菌群抗性和毒性增强的水平转移质粒

pESI质粒让沙门氏菌拥有多重抗性及更高的毒性，这个质粒可以在小鼠的肠道菌群中转移到大肠杆菌菌株上。这篇对耐药性机制的研究文献，值得大家读一读。

水平转移肠道沙门氏菌毒性质粒恒温动物肠道菌群

伤口菌群

mBio：慢性伤口难愈合，除了细菌，真菌作用大

关注伤口上的菌群，之前很多研究关注细菌组成对伤口愈合的影响，这篇文章的作者认为，真菌其实也“功”不可没，值得看一看。

伤口菌群真菌糖尿病足溃疡 Hiroaki Konishi Mikihiro Fujiya

期刊质量

mBio：6大招，助力生命科学研究质量提升

美国微生物学会在一次专门讨论会上提出要通过六大方面提高生命科学的研究水平，讨论的6大招都是什么，请看这篇文献。

期刊质量研究标准 Jawad Abed Johanna EM Emgård Wendy S Garrett

拟杆菌目

mBio：拟杆菌目分泌的抗菌蛋白对在肠道定殖和竞争的作用

关于脆弱拟杆菌及单形拟杆菌分别分泌的两种抗菌蛋白如何帮助细菌在肠道定殖和竞争的分子机制研究，推荐看一看。

拟杆菌目抗菌蛋白 Lianwei Li Zhanshan Sam Ma

牛奶菌群

mBio：从奶罐车到储罐，牛奶里的细菌会怎么变？

这是一个非常值得做的研究，牛奶被挤出来以后，会被装上奶罐车，然后转运到奶制品加工厂的储罐里，这期间牛奶里的细菌会发生变化，一些变化跟季节有关系但变化不算大，但有一些变化受到加工厂环境的决定性影响。了解这些规律，对牛奶产品质量控制和食品安全都具有重大的意义。强烈推荐阅读。

牛奶菌群牛奶储罐奶制品加工奶罐车 Yanhui Li

α多样性

mBio：菌群和肥胖的相关性，也受到挑战

有两项研究说，用新的方法分析之前的数据，居然无法支持菌群与肥胖相关这一被广泛接受的假说！那到底以前的分析方法靠不靠谱呢？无菌小鼠的实验其实已经直接证明了菌群与肥胖等代谢疾病的关系，而新的数据分析方法为什么会得到二者相关性很弱的结论呢？以前的方法出现了什么问题？是忽视了个体化差异太大，还是样本量完全不够，算法有问题？这篇文章带给我们的震撼，不仅仅是告诉我们P/B值跟肥胖无关，也不仅仅是因为菌群和肥胖的相关性受到质疑，还因为它提示我们，现有的数据分析方法可能太初级，充满系统性错误。或许也可以说，我们的菌群研究真的还是处于太初级的阶段！

α多样性随机效应模型拟杆菌厚壁菌随机森林机器学习

溃疡性结肠炎

mBio：UC病人肠道菌群与人种和病症严重程度有关

在30名不同种族的UC患者中，鉴定出4种不同的微生物群落状态，它们与病人的人种和疾病严重程度都有关。

溃疡性结肠炎肠道菌群微生物群落状态 Harald Brüssow Harald Brüssow