结构生物学

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文章数：8篇

泛素同源物

高翔等Nature子刊：脆弱拟杆菌泛素同源物会驱动肠菌种内细菌竞争？

细菌间的拮抗和相关的防御策略在细菌竞争中必不可少。人类肠道共生体脆弱拟杆菌会分泌一种泛素同源物（BfUbb），对体外脆弱拟杆菌菌株的一个亚群有毒。近日，山东大学高翔及团队在Nature Microbiology发表最新研究，系统深入地解析了人肠道拟杆菌分泌的泛素同源物BfUbb独特的杀菌机制，并表明BfUbb是塑造人类肠道内菌株组成的强大驱动因子，具有重要的应用潜力，值得关注。

泛素同源物种内竞争研究论文基础研究肠道菌群

Nature：首次解析人类肠道crass样噬菌体结构图谱

这是发表在Nature上的一份工作，基于前期成功在实验室培养肠拟杆菌病毒ΦcrAss001，作者利用冷冻电镜对其病毒粒子结构进行了解析。文中详细阐述了病毒粒子的蛋白和DNA结构，并鉴定获得一种新的尾部蛋白结构，可能作为控制货物蛋白排出的手段。同时，作者尝试解释了ΦcrAss噬菌体的蛋白排出一般机制，即基于衣壳头部内部压力变化，促使货物蛋白依次喷射，前期蛋白喷射以顺利形成通道，后期蛋白需要部分展开以通过尾部释放。但具体货物蛋白装载和喷射机制可能因ΦcrAss噬菌体不同而各异。

噬菌体结构生物学

Nature 子刊：人肠道菌碳水化合物硫酸酯酶如何识别硫酸化聚糖？

硫酸化糖是与真核生物宿主共同进化的微生物群体无处不在的营养来源。细菌通过部署碳水化合物硫酸酯酶来代谢硫酸化糖，以去除硫酸酯。尽管硫酸酶具有重要的生物学意义，但人们对其识别糖类底物的能力的机制仍然知之甚少。Nature Chemical Biology发表的研究，确定了7个拟杆菌属S1碳水化合物硫酸酯酶的结构。总的来说，这项研究增加了我们对碳水化合物硫酸酯酶进化和功能的理解。

硫酸酯酶硫酸化聚糖肠道菌拟杆菌结构生物学

菌群-药物互作

Nature：阿卡波糖降糖不理想？有菌群酶让药失活

阿卡波糖源自土壤细菌，能通过抑制α-葡糖苷酶来减少生物体对复杂碳水化合物的代谢。这一作用机制使得阿卡波糖被开发为抗糖尿病药，能改善患者的餐后血糖。但阿卡波糖也会抑制细菌的α-葡糖苷酶，从而对人体菌群造成影响。那么人类微生物组中是否也存在抵抗阿卡波糖的机制呢？为了解答这一问题，美国普林斯顿大学Mohamed S. Donia作为通讯作者，与罗格斯大学、上海交通大学的赵立平团队合作，通过宏基因组学、生化和结构生物学方法，找到了在人体菌群中广泛存在的能让阿卡波糖失活的细菌酶（Maks），并通过分析已发表的临床试验数据（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088753988），初步证实了这类酶可能是削弱阿卡波糖对糖尿病治疗效果的“罪魁祸首”。该研究还进一步找到了能生成阿卡波糖样分子的人类口腔细菌，提示Maks可能是人体菌群抵抗这种内源性阿卡波糖的适应性策略。总之，该研究为菌群-药物互作提供了又一个范式，或能在临床上指导糖尿病患者用药。相关成果已在Nature发表，值得专业人士关注。

菌群-药物互作阿卡波糖细菌酶 2型糖尿病口腔菌群

Nature子刊：自身反应性T细胞与细菌多肽的交叉反应或触发乳糜泻

HLA与T细胞介导的自身免疫性疾病密切相关，谷蛋白摄入触发HLA-DQ2.5介导的乳糜泻。Nature Structural and Molecular Biology上发表的一项最新研究，通过结构生物学分析揭示，特定细菌多肽可通过分子模拟，结合乳糜泻中的自身反应性T细胞（其T细胞受体可识别醇溶蛋白），提示菌群暴露可能是触发乳糜泻的风险因素之一。

乳糜泻交叉反应 T细胞受体（TCR）乳糜泻结构生物学

Cell：揭示FcRn介导肠病毒B感染细胞的机制

来自中科大、北大及首医大的团队合作在《Cell》上发表的一项最新研究，利用CRISPR技术筛选鉴定出了肠病毒B的脱壳受体——FcRn，并利用电镜解析了不同状态下的高分辨率病毒结构，揭示了FcRn介导肠病毒B感染细胞的机制。

肠道病毒 enterovirus echovirus human neonatal Fc receptor FcRn

Science：用于蛋白质结构预测的大数据方法

这篇Science的文章简要介绍Ovchinnikov等人利用宏基因组数据预测蛋白结构的研究，用文字和图片简单展示了利用大数据方法来预测蛋白质结构的方法，很值得细读。

大数据蛋白质结构结构生物学宏基因组数据 Søren Johannes Sørensen

宏基因组序列

Science：利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构

最近关于利用结构生物学做肠道菌群相关研究的文献多了起来，这篇特别介绍利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构，非常值得看一看。

宏基因组序列 Rosetta结构预测结构生物学 Ryan T Demmer Ryan T Demmer