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Xing-Ming Zhao
文章数:14篇
抑酸药
陈卫华+赵兴明:抑酸药PPI促口腔菌入肠,破坏肠道菌群
华中科技大学的陈卫华和复旦大学的赵兴明合作在Gut发表文章,发现质子泵抑制剂(PPI)比组胺-2受体拮抗剂(H2RA)对肠道微生物组和口-肠传播的影响更大,从而揭示了与长期使用PPI相关的某些疾病风险更高的机制。
抑酸药
菌群移位
口腔菌群
肠道菌群
质子泵抑制剂
肠道真菌
赵兴明+郑琰+陈卫华:人类的4种真菌“肠型”结构
尽管真菌群落仅占整个人类肠道菌群的不到1%,但已有相关研究证明他们参与了许多人类疾病的发病过程。复旦大学类脑智能科学与技术研究院赵兴明教授、人类表型组研究院郑琰研究员,以及华中科技大学的陈卫华教授在Microbiome上发表了题为Enterotypes of the human gut mycobiome的研究论文。此研究揭示了肠道真菌组成高度结构化的性质,并发现其与宿主表型之间的紧密相关性。
肠道真菌
肠型
有氧呼吸
衰老
多样性
肠道噬菌体
陈卫华+赵兴明+刘智:大规模解析人类肠道噬菌体的DNA甲基化
DNA甲基化在噬菌体的生存中起着至关重要的作用,但对其基因组甲基化的理解仍然有限。近日,华中科技大学陈卫华和刘智、复旦大学赵兴明、欧洲分子生物学实验室Peer Bork及团队在Advanced Science发表最新研究,使用单分子实时测序分析了来自104个粪便样本的近9000个宏基因组组装的高质量噬菌体的DNA甲基化模式,发现肠道噬菌体普遍存在甲基化,进一步分析揭示广泛的DNA甲基化与其编码的甲基转移酶有关,值得关注。
肠道噬菌体
甲基化
研究论文
基础研究
单分子实时测序
肠道菌群
陈卫华+赵兴明等:基于肠菌的机器学习模型对20种疾病的诊断性能如何?
肠道菌群被逐渐用作非侵入性疾病预筛查的生物标志物和疾病干预的目标。然而,由于肠道菌群会受到多种因素影响,因此关于不同队列中肠道菌群失调的可重复性仍存在争议。近日,复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Gut Microbes发表最新研究,系统地评估了基于肠道菌群的机器学习分类器对20种疾病的跨队列分类性能,发现可以使用肠道菌群作为独立的、跨队列的诊断工具,但仅用于少数肠道疾病。
肠道菌群
疾病诊断
研究论文
基础研究
机器学习
宏基因组组装基因组 (MAGs)
陈卫华+赵兴明等:利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查(综述)
恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑,因此需要进行广泛的评估。近日,复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述,利用4种测序技术(mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC),在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台,通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具,发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好,其次是混合和长读长组装。
宏基因组组装基因组 (MAGs)
测序技术
综述
基础研究
混合组装
metaMIC
陈卫华+赵兴明等:用于识别和校正宏基因组数据装配错误工具—metaMIC
构建可靠的宏基因组组装基因组(MAGs)对于理解微生物群落、分类注释和代谢过程重建具有重要意义,因此降低数据组装contigs错误率对于后续分析至关重要。近日,复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho)、赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Genome Biology发表最新研究,开发了一种基于机器学习,用于全自动识别和纠正宏基因组数据中装配错误的工具metaMIC(https://github.com/ZhaoXM-Lab/metaMIC),通过模拟和真实数据集验证,发现metaMIC的性能良好可为下游分箱提供可靠基础,值得测试。
metaMIC
宏基因组
研究论文
基础研究
生信分析工具
宏基因组分箱
复旦大学Nature子刊:基于孪生神经网络的高效宏基因分箱新工具SemiBin
近年来,通过分箱技术从宏基因组样本中可恢复宏基因组组装基因组(MAGs),这极大地扩展了人类和动物肠道参考基因组。近日,复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho)和赵兴明及团队在Nature Communications发表研究,他们开发了一种基于孪生神经网络的高效宏基因分箱新工具-SemiBin(https://github.com/BigDataBiology/SemiBin_benchmark),发现在模拟和真实数据集中,SemiBin的分箱性能显著优于Metabat2、Maxbin2和VAMB等现有工具。总之,SemiBin的开发为从宏基因组数据中恢复高质量基因组提供新的方法和见解。
宏基因组分箱
宏基因组组装基因组 (MAGs)
研究论文
基础研究
人工智能与生物医学
全球微生物基因目录
Nature:复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式
复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略(Luis Pedro Coelho)、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克(Peer Bork)与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究,基于全球菌群的概念,将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统,运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘,构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集 ,为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现,大多数基因具有栖息地特异性,跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生,以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义,对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用,该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。
全球微生物基因目录
抗生素抗性基因
可移动遗传元件
栖息地特异性
罕见基因
人类肠道菌群数据库
陈卫华+赵兴明+赫丽杰:实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2
GMrepo 是一个精心设计和一致注释的人类肠道宏基因组数据库,其主要目的是提高人类肠道宏基因组数据的可重用性和可访问性,并实现跨项目和表型比较。华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、中国医科大学人民医院赫丽杰作为共同通讯作者,在Nucleic Acids Research发表文章,介绍了 GMrepo 的更新版本GMrepo v2,在这个新版本中,作者收集了更多的项目、运行/样本和表型。最重要的是,作者添加了疾病标记识别和已识别标记的跨项目/表型比较。GMrepo v2 可在以下网址免费获得:https://gmrepo.humangut.info。
人类肠道菌群数据库
疾病标志物
宏基因组学测序
表型
数据库
陈卫华+刘智+赵兴明:人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap
华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者,在Nucleic Acids Research发表文章,报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释,并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性,并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本,以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率,mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问:https://mbodymap.microbiome.cloud。
数据库
可视化
跨数据集
人体菌群
粪菌移植
国内团队:“无菌小鼠+粪菌移植”研究人类疾病与菌群的因果关联可能不靠谱?
将人类的粪菌移植给无菌小鼠,常用于建立肠道菌群与表型的因果关联,但有些时候难以在小鼠中复制人类的表型。华中科技大学的陈卫华团队与复旦大学的赵兴明团队在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究,发现人的肠道菌群在被移植给无菌小鼠后,可能发生显著且一致的变化。因此,利用小鼠模型重现人肠道菌群相关表型仍存在较大的挑战。
粪菌移植
研究论文
基础研究
因果关联
肠道菌群失调
国内团队:3种常见肠道疾病的菌群特征异同和诊断模型
华中科技大学陈卫华团队与复旦大学赵兴明团队合作,在mSystems发表研究,对克罗恩病(CD)、溃疡性结肠炎(UC)和结直肠癌(CRC)这三种常见的肠道菌群相关疾病的肠道菌群组成和代谢功能变化进行了荟萃分析,揭示了不同疾病间的共性和不同,并构建了有效的诊断模型。
肠道菌群失调
诊断模型
炎症性肠病
结直肠癌
宏基因组数据库
国内团队:人类肠道宏基因组数据库——GMrepo
华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、辽宁省人民医院赫丽杰日前联袂在《核酸研究》上发表了一个经人工矫正的人肠道宏基因组数据库。数据库整合了来自于多个公共数据库的结果,进行了一致化的处理,并添加了经核对的相关元数据。数据库收录了58903个样品,对于质控合格的样品,提供了预先计算好的物种丰度、相关性和菌株共现性网络等结果查询。数据库界面清爽,响应迅速,除了图形化查询生成器还提供了R/Python/Perl语言的API接口,方便不同背景的研究者使用。
宏基因组数据库
宏基因组学
生物信息学数据库
人肠道菌群
噬菌体
NAR:细菌-噬菌体互作数据库
噬菌体的相关研究越来越受到关注,这项发表在NAR上的研究,介绍了一个新的细菌-噬菌体互作数据库。
噬菌体
噬菌体-细菌相互作用