首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
HOPE
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
基因组
文章数:22篇
埃及伊蚊
埃及伊蚊菌群组成随沃尔巴克氏体感染密度变化而变化
沃尔巴克氏体是一种广泛存在的细菌内共生体,当它被稳定地感染到登革热病毒和其他虫媒病毒的主要媒介埃及伊蚊中时,可以抑制媒介的能力。近日,锡拉丘兹大学研究人员在Microbiome发表最新研究,利用生物信息学调查埃及伊蚊微生物种水平特征,发现不同种群和个体的wMel负荷差异很大,重要的是,wMel是微生物组负向互作的主要枢纽,值得关注。
埃及伊蚊
微生物组成
研究论文
基础研究
基因组
单核苷酸多态性(SNPs)
Nature子刊:胖瘦与人体肠菌SNP有关
全基因组关联研究通过扫描参与者基因组中数百万个单核苷酸多态性(SNPs),以寻找与疾病风险或其他性状相关的变异。但很少有研究将GWAS应用于“第二基因组”(即人体微生物)的变异与人体疾病的关联。近日,魏茨曼科学研究所Eran Segal及团队在Nature Medicine发表最新研究,使用来GWAS研究人类肠道微生物组与宿主肥胖间的关联,发现微生物组中的单个SNP与宿主BMI相关,且这些关联可以映射到特定的位点,值得关注。
单核苷酸多态性(SNPs)
BMI
研究论文
基础研究
肠道菌群
散发性同步型结直肠癌
赵齐+袁庶强:散发性同步型结直肠癌基因组有何特征?
散发性同步型结直肠癌(SCRC)是指在个体中同时检测到的多个原发结直肠癌肿瘤,无易感遗传条件,占多发CRC的大多数,但缺乏对基因组景观和进化动力学的深刻理解,无法优化其治疗。近日,中山大学赵齐、袁庶强及团队在Cell Reports Medicine发表最新研究,收集了散发SCRC患者的原始样本,进行全外显子组测序。通过全面的基因组和进化分析,系统地揭示了SCRC的分子格局、基因组特征和中性进化状态,并将其与SCRC的临床特征相关联,值得关注。
散发性同步型结直肠癌
基因组
研究论文
基础研究
全外显子组测序
低出生体重
Nature子刊:揭示基因组与胎儿分娩及出生体重的关联
发表在Nature Genetics上的一篇研究发现,母亲基因组特征可能影响胎儿出生体重及早产的发生。本研究为不良妊娠结局的研究提供了新的思路。
低出生体重
基因组
全基因组关联分析(GWAS)
早产
机器学习
Nature子刊:自动化+机器学习,助力大规模微生物培养
虽然测序技术的快速发展极大促进了研究人员挖掘微生物“暗物质”,但在微生物实验和机理研究方面培养组学仍然发挥着关键作用,传统的培养组学方法存在劳动密集型、规模化小、缺乏表型-基因型的整合等问题。近日,美国哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究,开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学(CAMII)平台,利用菌落形态学和基因组数据,可最大限度提高分离的微生物多样性,并能有针对性地挑选特定的菌属。总之,该研究为深入挖掘复杂生态样品中微生物“暗物质”提供了新的指导和见解,值得关注。
机器学习
高通量培养组学
研究论文
基础研究
自动化
SeqCode
Nature子刊:SeqCode—基于序列数据描述的原核生物命名规则
目前,仍然存在多数的原核生物不能通过纯培养获得,无法通过国际原核生物命名法 (ICNP) 的规则和建议命名,严重阻碍了微生物学科间的交流。近日,美国内华达大学研究人员在Nature Microbiology发表最新研究,他们开发了SeqCode,通过SeqCode Registry运行(https://seqco.de/),可以根据原核生物基因组序列进行命名的规则和新网站。SeqCode可对分离株的基因组、宏基因组组装基因组或单扩增基因组序列对原核生物命名,在名称组成和优先规则方面与ICNP相似。虽然SeqCode可满足更广泛的研究团体的利益,但作者也强调该命名法目的不是要阻碍培养、并且没有提供关于分类群划分的规则或建议。未来,仍需要进一步优化该命名法,以期改善整个微生物科学的交流。
SeqCode
微生物命名
研究论文
基础研究
原核生物
培养组学
刘双江团队建成首个非人灵长类肠道菌群资源库
mLife发表了中国科学院微生物研究所刘双江研究员团队和中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心/神经科学研究所孙强研究员团队的合作研究,基于前期建立的肠道微生物培养技术、构建模式动物小鼠和健康人肠道菌群资源库的经验,构建了首个食蟹猴肠道菌群资源库(MfGMB)。作者采用高通量测序等手段评估MfGMB,结果表明其对于食蟹猴肠道菌群具有很好的代表性。本研究促进了宿主-微生物相互作用机制的研究,为开发肠道微生物生态菌剂提供了菌株资源,促进了人们对非人灵长类肠道微生物多样性的认识。
培养组学
肠道菌群资源库
可培养菌株
微生物-宿主互作
基因组
燕麦
Nature:燕麦基因组为健康谷物提供新见解
燕麦为禾本科植物,是一种低糖、高营养、高能食品。栽培燕麦是一种异源六倍体,大约3000多年前被驯化。目前,由于燕麦缺乏完整注释的参考基因组,进而阻碍了对其进化历史和功能基因动力学的研究。近日,研究人员在Nature上发表最新研究,使用PacBio CLR测序数据组装了燕麦的基因组,揭示了燕麦基因组的镶嵌结构。通过与人类健康和营养相关基因分析,发现燕麦可减少乳糜泻和身体炎症、对糖尿病和代谢疾病有积极作用,这些结果增加了燕麦能加入无麸质食物清单的证据。总之,该研究加深了对燕麦生物学的理解,也加速了未来对燕麦辅助育种和数量性状的研究
燕麦
基因组
研究论文
基础研究
糖尿病
儿童肥胖
Nature子刊:从基因视角探索儿童肥胖问题
本研究基于GWAS数据挖掘,探索与儿童肥胖相关的易感基因,试图从机制角度寻找儿童肥胖的干预靶点,或许为进一步的儿童肥胖问题研究提供了新的思路。
儿童肥胖
研究论文
基因组
易感基因
早发结直肠癌
Nature Reviews:早发性结直肠癌生物学机制亟待研究(观点)
结直肠癌(CRC)在年龄小于50岁的个体中发病率持续上升,原因不明。同时,早发性结直肠癌的差异性也越来越明显。Nature Reviews Cancer近期发表的评论文章,呼吁要对早发结直肠癌的差异性进行机制研究,为早发结直肠癌的预防和临床治疗提供理论支持。
早发结直肠癌
基因组
结直肠癌
Nature子刊:全基因组测序深度挖掘转移性大肠癌的分子图谱
Nature Communications近期发表的文章,通过对429名转移性结直肠癌(mCRC)患者的活检样本进行全基因组测序,发现mCRC的基因组图谱与原发性CRC具有明显的变化,其受到既往治疗的影响,同时包含与临床治疗相关的特征,或可有助于对mCRC患者的精准医疗。
结直肠癌
转移性结直肠癌患者
基因组
既往治疗
结直肠癌
中山大学团队:可预测大肠癌患者预后的生物标志物(综述)
II/III期结直肠癌(CRC)患者术后治疗策略仍有争议,目前主要根据组织病理特点和临床危险因素判断是否进行辅助化疗,然而,也只有小部分患者能从辅助化疗中受益。因此,迫切需要更严格的分层生物标志物来帮助进一步区分这些患者群体。来自中山大学的徐瑞华及研究团队最新发表在Molecular Therapy的综述,讨论了发现生物标志物的策略,总结了之前发表的生物标志物在CRC中的地位并评估其效用。
结直肠癌
预后
预测
基因组
转录组学
转移性结直肠癌
国内团队:多组学分析预测大肠癌转移和药物反应
来自中科院上海生物化学与细胞生物学研究所和上海科技大学的曾嵘和吴家睿,以及来自海军医科大学附属长海医院的Wei Zhang研究团队合作,在Cancer Cell上发表最新研究。共纳入146名结直肠癌(CRC)患者(包括70名转移性CRC患者)的480例临床组织,对其进行多组学整合分析。原发瘤的蛋白质组学和磷酸化蛋白组学分析成功区分出转移病例。结合网络分析,可准确反映原发瘤和转移瘤的药物反应。该研究为更好地理解转移性CRC提供了潜在的临床应用价值。
转移性结直肠癌
研究论文
医学研究
基因组
蛋白质组学
CRISPR-Cas
Nature子刊:机器学习挖掘anti-CRISPR蛋白家族
CRISPR-Cas是适应性免疫系统,存在于几乎所有的古细菌和大约40%的细菌中,在无休止的寄生军备竞赛中,病毒进化出多种抗防御机制包括特异性抑制CRISPR-Cas的多种anti-CRISPR蛋白(Acrs),尽管发现Acrs对理解原核生物中宿主-寄生相互作用的生物学机制及其调节CRISPR在DNA编辑应用的潜力十分重要,但Acrs的发现仍然是一项艰巨的任务。本研究描述了一个系统的机器学习方法,用来预测Acrs,基于几个已知的Acrs属性和一个使用已知Acrs的启发式的二次筛选,以进一步丰富候选Acrs。本研究表明,这种方法对Acrs有显著的预测作用,该项工作搜索不断扩大的病毒基因组数据库、宏基因组和其他MGE。这种策略的迭代应用将极大地扩展Acrs的多样性,并且可能发现其他抑制防御系统。
CRISPR-Cas
Acrs
预测模型
基因组
HTH结构域
瘤胃
瘤胃菌群中的群体感应蛋白
反刍家畜瘤胃适宜的环境(如恒定的温度、pH及充足的养分)为众多微生物的生长提供了良好条件,同时,这些瘤胃微生物在对营养物质进行降解时存在着复杂的共生、竞争关系。群体感应(Quorum sensing, QS)是大多数生物膜中细菌的交流方式,基于酰基高丝氨酸内酯(Acyl- homoserine lactone, AHL)的群体感应通常只存在于革兰氏阴性菌,而基于lux蛋白的自诱导物-2(AI-2)的群体感应常用于革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌间的交流。然而,对瘤胃中细菌细胞间的交流知之甚少。发表在Microbiome的研究对瘤胃菌群基因组进行了全面的群体感应(QS)蛋白鉴定,并结合瘤胃宏转录组分析,表明基于Lux蛋白系统的QS广泛存在于瘤胃菌群。该研究有助于更好地理解瘤胃中植物与微生物的相互作用。
瘤胃
群体感应
细菌
酰基高丝氨酸内酯
LuxS
宏转录组
Science子刊:宏转录组数据中被忽视的ssRNA噬菌体序列
噬菌体作为地球上数量最多的一种细菌病毒,人们对其种类的认识非常有限。传统的用于分离鉴定噬菌体的方法,因其通量低且对特定噬菌体具有偏好性,难以满足需要。而从微生物宏基因组/转录组数据中鉴定噬菌体序列则高效且全面得多。发表在Science advances上的一项研究,对已发表的微生物宏转录组数据进行ssRNA噬菌体基因组序列预测,鉴定了上万个新的ssRNA噬菌体基因组序列,其中接近完整的有1015个。该研究将ssRNA噬菌体的数量由目前的十几个扩展至了上千个,极大丰富了人们对于ssRNA多样性的认识。
宏转录组
ssRNA噬菌体
基因组
噬菌体蛋白
隐马尔科夫模型
胃癌
Cell子刊:早发性胃癌中的组学分析
Cancer Cell上发表的一项最新研究,对早发性胃癌(45岁以下)患者的肿瘤及PBMC进行了多组学分析,并可通过多组学数据将早发性胃癌分为4个亚型。
胃癌
cancer subtypes
correlation between mRNA and protein abundance changes
correlation between mutation and phosphorylation
diffuse gastric cancer
结直肠癌
付卫+汤富酬+乔杰等:单细胞三重组学测序解析结直肠癌
北医三院付卫、乔杰和北大汤富酬与团队共同完成的研究,近期在Science发表。该研究通过单细胞三重组学测序技术,对结直肠癌(CRC)细胞在单细胞层面进行基因组、甲基化组和转录组分析,构建癌细胞的遗传谱系,揭示了CRC的内部异质性,以及基因组、甲基化组和转录组间的关联,为预测CRC耐药性、指导靶向和免疫治疗等奠定基础。
结直肠癌
单细胞三重组学测序
基因组
转录组
甲基化组
菌群
Oncotarget:卵巢癌的肿瘤微生物组学
我们之前很关注肠道菌群等人体共生微生物与肿瘤的关系,实际上在一些肿瘤发生的部位,也存在着变化了的菌群,这篇文章就特别关注了卵巢癌组织中的微生物。特别推荐。
菌群
二代测序(NGS)
泛病原体阵列(PathoChip)
卵巢癌
基因组
基因组
SR:鹅与肠道菌群的适应性共进化
鹅有着许多独特的能力,如肝脏脂肪沉积及纤维消化,这些能力的获得,除了鹅自己的基因组给力外,肠道菌群的宏基因组也发挥关键性作用。最近SR上,已经连续有两篇关于鹅的肠道菌群的研究,他们的Editor爱吃鹅肝?[呲牙]
基因组
宏基因组
鹅
肠道菌群
适应性进化
基因组
Cell子刊:研究疾病感染,牡蛎这个动物模型好用
① 长牡蛎可作为动物模型,用于研究疾病动态过程中环境、病原细菌及宿主的相互关系;② 首先要确定的是致病原因是单个细菌克隆还是一个种群,以利于评估疾病爆发的诱因并设计合适的监测工具;③ SPF牡蛎可用于研究自然条件下的感染过程;④ 微生物和宿主基因相互作用,对牡蛎健康与否非常重要。
基因组
进化
生态
无特定抗原
测序
Nature子刊:扩增子及其他测序的元数据收集和填写规范(MIMARKS/MIxS)
本文介绍由基因组标准协会(Genomic Standards Consortium:GSC)开发的用于研究和发表标记基因序列的标准-标记基因测序的最少信息标准 (the minimum information about a marker gene sequence,MIMARKS)。还介绍了一套“environmental packages(环境包)”用于描述生物样本来源。最后,为了建立描述测序数据的统一标准,并为科学界提供访问和了解GSC所有信息列表的接口,作者提供了有关任何(x)测序的最少信息标准(MIxS)。并表示采用MIxS标准将增强我们对不断变化的生物圈中自然遗传多样性的能力的认识。
测序
标准
基因组
MIMARKS
数据库