代谢模型

搜索
登录

代谢模型

文章数：5篇

Cell子刊：人体肠道菌群的代谢模型（观点）

人体肠道是一个复杂的生态系统，上百种微生物物种构成肠道菌群，并与人类宿主相互作用。肠道微生物组的数学模型整合了人们对肠道生态系统的认识，并有助于建立假说来解释对肠道的观察结果。广义的Lotka-Volterra模型已被广泛应用，但该模型没有考虑菌群间动态的生态相互作用，无法解释肠菌的代谢灵活性。最近，明确描述肠菌代谢物产生和消耗的模型逐渐流行。Cell Systems近日发表观点文章，对目前的肠道菌群代谢模型进行总结，梳理了这些模型在人类肠道微生物组研究中的应用，探讨了它们目前面临的挑战和未来的发展方向。

肠道菌群观点数学模型代谢模型微生物群落代谢模型

人体微生物组

刘洋彧Cell子刊：人体微生态操控的展望（综述）

人类体内和体表有大量的微生物，这些微生物及其基因统称为人类微生物组。人类微生物组与人类的健康密切相关。尽管目前我们已经对人体微生物组有了广泛知识。然而，我们对人类微生物组的理解最终需要体现在对其进行操纵以促进健康的能力上。从生物系统学层面上，基于微生物群的疗法仍有许多基本科学和技术的问题需要解决。哈佛大学刘洋彧近期发表在Cell Systems的综述，对领域内的挑战进行了阐述，详细回顾了群落生态学、多层面网络科学和控制理论等各个领域取得的进展，并首先引入了不同的微生物群落模型框架作为微生物群落控制策略的基础，此外专注于简单的种群水平模型(PLMs)，讨论了微生物动力学的普适性，介绍了控制微生物群落的理论框架和两种实际控制策略，并提出了一些未来的研究方向。

人体微生物组微生物组控制生态网络模型代谢模型微生物动力学

宏基因组组装基因组(MAGs)

metaGEM：直接从宏基因组重建基因组水平的代谢模型

本研究，作者展示了 metaGEM (https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，这是一个端到端的流程，能够直接从宏基因组对多物种群落进行代谢建模。该流程自动执行从宏基因组组装基因组 (MAGs) 中提取特定背景的原核基因组水平代谢模型 (GEMs)到群落水平通量平衡分析 (FBA) 模拟的所有步骤。

宏基因组组装基因组(MAGs) 菌群遗传多样性代谢模型

秀丽隐杆线虫

秀丽隐杆线虫共生细菌的功能研究

大多数菌群研究侧重于使用16S rRNA扩增子测序描述细菌分类组成。这些研究表明，特定的分类群与宿主间存在广泛的相互作用，然而基于16S rRNA的细菌图谱不足以识别与相互作用相关的细菌功能。秀丽隐杆线虫是生物医学研究中的重要模式生物，但关于线虫共生菌群的研究较少，尤其是自然生长状态下的线虫菌群。发表在The ISME Journal上的一项研究从基因组水平重建了线虫共生细菌的代谢网络以探索细菌的代谢能力和微生物间的相互作用，同时对细菌生理特性进行了表征，并评估了哪些细菌特性影响线虫的定植能力和宿主适应性。该研究有助于进一步建立秀丽隐杆线虫作为研究宿主-微生物相互作用的模型。

秀丽隐杆线虫菌群-宿主互作代谢模型 Li Li Wei Zhao

瘤胃微生物

Nature子刊：驼鹿瘤胃菌群通过互营养谱写碳代谢乐章

瘤胃菌群具有很强的植物多糖降解与利用能力。多组学分析发现，在驼鹿瘤胃菌群中，主要参与植物多糖碳代谢的物种来自于拟杆菌门，编码了 91% 的糖苷水解酶基因。特别是该门下所属的 RC9 肠道菌群体和普氏菌属微生物编码了一半以上的多聚糖利用位点。不同物种之间团结协作，最终完成了分解植物纤维的任务。

瘤胃微生物瘤胃代谢瘤胃病毒宏基因组宏蛋白组学