遗传多样性

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文章数：8篇

微小微单胞菌

口腔病原体微小微单胞菌的进化型A或与CRC强相关？

微小微单胞菌是一种口腔条件致病菌，常见于牙周炎等口腔疾病。近年来基于生物信息学的分析显示CRC患者粪便中微小微单胞菌丰度显著高于健康人群。近日，巴黎第十二大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，发现口腔病原体微小微单胞菌的进化型A与CRC强相关，其特征在于溶血能力和粘附特性，能够定植于结肠粘膜并诱导DNA甲基化改变，可能会诱导细胞迁移、增强侵袭和/或转移事件，从而影响肿瘤的侵袭性，为癌发生创造适当的基础，值得关注。

微小微单胞菌结肠癌（CRC）研究论文基础研究进化分型

Nature子刊：使用CRISPRi技术从复杂文库中高通量检索所需序列

随着测序技术的快速发展，从宏基因组文库中捕获DNA为探究微生物多样性提供了新机遇，目前构建大型宏基因组文库中靶向检索克隆仍需要多步稀释和PCR筛选，严重阻碍了进程。 CRISPR-Cas已被用于精确克隆目标基因组序列，但还未能从复杂的宏基因组库中访问序列。近日，美国洛克菲勒大学在Nature Biotechnology发表最新研究，利用核酸酶活性缺失的Cas9建立了一个CRISPR反筛选中断线路，可高效的从复杂文库中检索目标克隆。总之，该研究为科研人员挖掘以前无法接触到的微生物群落多样性提供了新工具，值得关注和尝试。

CRISPRi技术遗传多样性研究论文基础研究细菌天然产物

三裂叶葛藤

葛藤菌根真菌的遗传多样性和群落组成

作者研究了在加纳废弃、高度干扰的采矿后地点的普遍土壤条件下生长的三裂叶葛藤根际和根中丛枝菌根真菌群落的遗传多样性和组成。采用高通量DNA测序分析退化采矿土壤中的AMF群落。本研究的主要目标是填补对退化采矿土壤中AMF生态状况的理解，并为制定基于AMF的退化土地恢复战略提供科学基础。本研究结果对植物-丛枝菌根真菌相互作用与三裂叶葛藤相关的区室驱动的生态位分化的基本见解为恢复退化的生态系统提供了生态基础。

三裂叶葛藤丛枝菌根真菌共现网络根际遗传多样性

宏基因组组装基因组(MAGs)

metaGEM：直接从宏基因组重建基因组水平的代谢模型

本研究，作者展示了 metaGEM (https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，这是一个端到端的流程，能够直接从宏基因组对多物种群落进行代谢建模。该流程自动执行从宏基因组组装基因组 (MAGs) 中提取特定背景的原核基因组水平代谢模型 (GEMs)到群落水平通量平衡分析 (FBA) 模拟的所有步骤。

宏基因组组装基因组(MAGs) 菌群遗传多样性代谢模型

遗传多样性

Cell子刊：人源毛螺菌科细菌的物种间和物种内多样性

毛螺菌科细菌是人肠道中含量丰富的专性厌氧菌，通过产生短链脂肪酸、参与胆汁酸代谢、促进对肠道病原体的定植抵抗，影响宿主健康。然而，目前对于它们遗传多样性的认识仍然不足。发表在Cell Host and Microbe上的一项研究，对分离自人源粪便的273株毛螺菌科细菌进行基因组比较分析，揭示了其物种间和物种内的遗传多样性，这些多样性可能影响一个分离菌株影响宿主健康的能力。这些特定功能的鉴定可以促进益生菌群的发展，从而驱动和/或恢复体内微生物功能。

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抗生素抗性

未知的抗生素耐药基因，如何评估其多样性

来自Microbiome的一项研究，分析了1109个宏基因组的抗性基因谱，表明用已知的抗性基因丰度和多样性，可对未知的抗性基因情况做近似描述。该研究对监控环境中的抗生素抗性基因情况等有一定指导意义。

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ME：抗生素对蜜蜂肠道菌群核心物种的影响

这是Molecular Ecology[IF：6.086]发表的关于抗生素如何影响蜜蜂肠道菌群的研究，很有参考意义，特别推荐！

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生物多样性

Nature综述：真菌的生物多样性，超乎想象！

真菌的生物多样性，有什么特点，可以从哪些维度评估？Nature Reviews Microbiology这篇综述阐述得很清楚，推荐阅读。

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