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抗生素替代品

华中农业大学：替抗在控制畜禽养殖细菌耐药方面，有何优劣？

虽然在饲料中禁用抗生素后，抗生素替代品被广泛用于畜禽养殖业，但它们对这些食用动物粪便中抗生素抗性基因（ARGs）的干预作用尚不清楚。近日，华中农业大学周忠新及团队在Journal of Hazardous Materials发表最新研究，通过宏基因组测序和荧光定量PCR评估低聚果糖（FOS）和黄芪多糖（APS）作为中国典型的抗生素替代品对蛋鸡粪便中ARG的影响，揭示了在饲料中禁用抗生素后，抗生素替代品在控制畜禽养殖细菌耐药性方面存在的缺陷，需要更多的策略来控制特殊环境下食用动物粪便中核心ARGs和MGEs的污染和风险，值得关注。

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宏基因组组装基因组 (MAGs)

Naure子刊：从复杂的菌群中生成谱系分辨率的、完整的宏基因组组装基因组

本研究作者提出了一项原理验证研究，将 HiFi 测序应用于复杂菌群，使用来自寄生虫感染的羔羊的粪便样本的极深测序，并结合来自同一样本的 Hi-C 数据。作者记录并量化了具有 HiFi 读长的 MAGs 组装的改进，并提出了一种称为 MAGPhase 的计算方法来对这些 MAGs中的替代单核苷酸多态性 (SNP) 单倍型进行定相，以提供更精细的样本后代谱系变异分辨率。作者进一步表明，HiFi 组件极大地提高了将移动遗传元件分配给宿主基因组的精度，以及从宏基因组数据推断完整的生物合成基因簇。

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