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Daoming Wang
文章数:6篇
宿主-菌群互作
傅静远等Nature:大规模解析人体与肠菌的基因互作,揭示血型如何影响肠菌
宿主与其肠道菌群的共生关系在漫长的演化过程中不断磨合,宿主遗传学因素对肠道菌群多样性和特定类群丰度的影响已得到公认,但对于人类基因组与肠道微生物组间的遗传学互作,目前仍所知甚少。荷兰格罗宁根大学傅静远教授团队与合作者在Nature发表的一项最新研究,对荷兰9000多人的人类遗传变异SNP与肠道微生物基因组结构变异(SV)之间的关联进行了荟萃分析,发现了特定肠菌SV与人类ABO血型和分泌型状态间的密切关系,揭示了该关联背后的肠菌代谢途径(利用宿主分泌的特定糖分子作为碳源),探索了肠菌的这一代谢功能在宿主ABO基因型与特定肠菌丰度关联中的介导作用,以及对宿主健康的潜在影响。总之,该研究揭示了人体“第一基因组”与共生菌群“第二基因组”之间交互作用的冰山一角,表明人类基因组和肠道微生物组中的基因关联可以为宿主与菌群间的相互关系提供功能性见解,把研究深度从分析微生物种类进一步推向菌群的功能通路和基因水平。
宿主-菌群互作
人肠道菌群
微生物结构变异
遗传学
遗传-菌群互作
Nature子刊:靶向肠道菌群或可增强ICIs疗效
肠道菌群可能会影响免疫检查点抑制剂(ICIs)的治疗耐药性和毒性,然而肠道细菌高度变异的基因组与ICIs有效性之间的关联尚不清楚。近日,发表在Nature Communications上的这篇文章,发现肠道菌群异质性与ICIs治疗后宿主预后相关,为菌群与肿瘤免疫治疗之间复杂关系提供了新的认识。
菌群衍生的维生素
傅静远团队:菌群衍生的维生素与糖尿病相关因素间有何关联?
充足的必需维生素对于预防糖尿病很重要,目前解决这个问题的主要努力集中在摄入维生素补充剂上,然而,改善和维持由肠道菌群决定的维生素合成能力却没有得到足够重视。近日,荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远及团队在Gut Microbes发表最新研究,通过一项含1135人的队列,系统评估肠道菌群产生的维生素与糖尿病和心脏代谢相关因素间的关联,发现女性肠道菌群生产的维生素B2和B6的水平高于男性(B12相反),并且药物使用、多种糖尿病相关因素与肠道菌群衍生的维生素直接/间接相关。此外,水果可通过调节肠菌产生维生素B1/B2降低患糖尿病的风险。总之,该研究为未来靶向肠道菌群衍生的维生素预防和干预糖尿病提供了新支撑,值得关注。
菌群衍生的维生素
糖尿病
研究论文
基础研究
饮食
微生物结构变异
傅静远等Cell子刊:从微生物遗传组成的维度,解析人肠道菌群与胆汁酸代谢的关系
荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授及团队在Cell Host & Microbe发表文章,整合了荷兰LifeLines-DEEP(LLD)和300-Obesity(300-OB)两个人群队列共计1437名受试者的肠道微生物宏基因组、胆汁酸代谢谱以及多维度表型数据,以微生物基因组结构变异(SV)为切入点,系统探究了肠道微生物遗传组成与胆汁酸代谢的关联。有趣的是,肠道微生物遗传组成关联和相对丰度关联之间的重叠较少,表明SV作为一个新的数据维度,可以提供菌群组成无法反映的额外信息,值得深入挖掘。
微生物结构变异
胆汁酸代谢
研究论文
human gut microbiome
bile acid metabolism
人肠道菌群
傅静远等Cell突破:从菌群基因层面,深挖人肠道菌群“指纹”和影响健康的机制
肠道菌群伴随人的一生而改变,菌群的基因组成也处于动态的变化中,但相关研究还很缺乏。此外,尽管许多横断面研究报道了大量的菌群-宿主表型关联,但这些关联仍需在长期的纵向队列中进行评估。为解决这些问题,荷兰格罗宁根大学傅静远团队与合作者在Cell发表的一项最新研究中,对Lifelines-DEEP队列中的338人间隔4年的肠道菌群进行了系统性分析,特别从菌群的基因组成的层面,深入探索了肠道菌群随时间的变化、稳定性和个体特异性,首次建立了主要基于菌群基因组成特征(SNP和SV)的菌群“指纹”,能准确判断不同时间点的菌群样本是否属于同一人。该研究进一步分析了菌群与51个人体表型和1183个血浆代谢物之间随时间变化的纵向关联,并通过中介分析探究了三者的因果性关系,挖掘出特定微生物在心血管代谢疾病中的潜在作用机制。该研究还评估了抗生素耐药和毒力因子基因在肠道菌群中的纵向变化,及其背后的可能原因。不论是在方法创新还是研究发现的信息量上,这项研究都非常值得专业人士关注!我们特别对该研究共同通讯作者傅静远教授进行了专访(见“延伸阅读”),以飨读者。
人肠道菌群
菌群指纹
血浆代谢物
基因组成
纵向队列研究
傅静远等Cell突破:从菌群基因层面,深挖人肠道菌群“指纹”和影响健康的机制
肠道菌群伴随人的一生而改变,菌群的基因组成也处于动态的变化中,但相关研究还很缺乏。此外,尽管许多横断面研究报道了大量的菌群-宿主表型关联,但这些关联仍需在长期的纵向队列中进行评估。为解决这些问题,荷兰格罗宁根大学傅静远团队与合作者在Cell发表的一项最新研究中,对Lifelines-DEEP队列中的338人间隔4年的肠道菌群进行了系统性分析,特别从菌群的基因组成的层面,深入探索了肠道菌群随时间的变化、稳定性和个体特异性,首次建立了主要基于菌群基因组成特征(SNP和SV)的菌群“指纹”,能准确判断不同时间点的菌群样本是否属于同一人。该研究进一步分析了菌群与51个人体表型和1183个血浆代谢物之间随时间变化的纵向关联,并通过中介分析探究了三者的因果性关系,挖掘出特定微生物在心血管代谢疾病中的潜在作用机制。该研究还评估了抗生素耐药和毒力因子基因在肠道菌群中的纵向变化,及其背后的可能原因。不论是在方法创新还是研究发现的信息量上,这项研究都非常值得专业人士关注!我们特别对该研究共同通讯作者傅静远教授进行了专访(见“延伸阅读”),以飨读者。