Alessio Milanese

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文章数：4篇

不依赖参考基因组的宏基因组物种水平分析工具mOTUs3

近年来，随着测序技术和生信工具的发展，极大促进了研究人员对微生物进行分类，检测和量化生物样品中微生物的相对丰度，但仍有一部分微生物群落没有得到很好分类，尤其是未被充分探索的环境样本中。近日，瑞士研究人员在Microbiome发表最新研究，开发了mOTUs3（https://github.com/motu-tool/mOTUs）以实现对宏基因组的精确物种水平分析。相比其他方法，它提供了一个更全面的原核生物群落多样性视图，特别是针对目前尚未开发的微生物群落，值得试用。

mOTUs3 生信分析工具研究论文基础研究宏基因组学

少吃会改变肠道菌群吗？

肠道菌群被认为在超重和肥胖的发展中发挥重要作用，但能量限制（特别是长期）对超重和肥胖成年人肠道微生物群的影响，在很大程度上还是未知的。近期发表于Genome Medicine的一项研究发现，尽管观察到代谢改善，但适度的间歇性能量限制（ICR）或连续性能量限制（CCR）干预以及由能量限制引起的体重减轻，可能与超重/肥胖成人肠道微生物组的变化无关。在饮食热量限制下，肠道微生物群保持相对稳定，且存在高度的个体特异性。注：ICR组的参与者在非连续的两天内减少了75%的热量摄入（所谓的“5:2节食法”），而CCR组的参与者每天减少了20%的热量摄入。各组55%的能量来自碳水化合物，15%来自蛋白质，30%来自脂肪。

禁食肠道菌群代谢减肥超重/肥胖

Nature 子刊：开菲尔微生物的时空互作

开菲尔（kefir）是一种天然乳制品发酵群落，主要由乳酸菌、醋酸菌和酵母组成。为了深入了解自然群落的稳定性，Nature Microbiology发表的文章，利用开菲尔作为一个微生物生态系统模型进行了实验研究。在牛奶发酵过程中，开菲尔细菌定殖生长有一定顺序，早期定殖生长的成员通过提供可用的代谢物，如氨基酸和乳酸等，促进后续成员的定殖生长。通过代谢组学、转录组学和物种间相互作用研究，揭示了难利用牛奶的微生物是如何通过代谢合作得以生存，甚至在群落中占据主导地位的。总的来说，本研究结果揭示了群落中各物种在空间和时间上的相互作用，是如何影响群落成员稳定共存的。

开菲尔代谢互作

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库