Zhibin Ning

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文章数：12篇

iMeta：宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite

由于宏蛋白质组学研究中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域菌群研究人员对宏蛋白组学的使用和深入探索。为了克服挑战，加拿大渥太华大学医学部药学院Daniel Figeys团队李乐园等开发了一套名为iMetaLab Suite的免费一站式分析工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

菌群宏蛋白质组学生物信息学数据库搜索统计分析

小檗碱及其结构类似物对肠道菌群功能的影响

Gut Microbes上发表的一项最新研究，分析对比了小檗碱及其16种结构类似物在体外对肠道菌群功能的影响，发现小檗碱及其结构类似物对菌群的影响存在个体差异，且不同的化合物对菌群功能也有着不同影响。

小檗碱 gut microbiome Functionality Butyrate Akkermansia

药物-菌群互作

快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法

很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能，《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法，可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。

药物-菌群互作 gut microbiome Drug response In vitro culturing Metaproteomics

差异裂解法

差异裂解法可为肠道宏蛋白质组学选择性提取种类特定的蛋白

菌群的宏蛋白质组检测是对菌群的功能性检测，而目前，针对丰度较低的菌群及其功能产物的研究常被忽略，Analytical Chemistry的这篇文章通过差速离心增加人体粪便细菌的提取量，然后使用两种五步差异裂解法DL1和 DL2。DL1和DL2的五步里均有逐步增加的SDS浓度（0，0，1%，2%，4%），但DL1前4步均有1分钟超音波，而DL2没有，二者的第五步均有一个10分钟的超音波。发现细胞壁较厚的革兰氏阳性菌提取量随SDS的增加而增加，而细胞壁较薄的革兰氏阴性菌的提取量则随SDS的增加而减少，相应的，蛋白种类和数量也因为提取方法的不同而不同。作者在这里给我们提供了一个可供参考的粪便蛋白提取方案，可根据我们的不同需求调整。

差异裂解法人体粪便蛋白提取 gut microbiome Metaproteomics Differential lysis

肠道菌群体外培养

Nature子刊：可用于高通量菌群靶向药物筛选的体外模型

肠道菌群的体外培养，对于微生物组的转化研究有重要意义。Nature Communications近期发表的一项研究，建立了一种高通量的肠道菌群体外培养模型MiPro，能较好的维持菌群的组成和功能稳定性。结合宏蛋白质组学检测技术，MiPro可作为高通量筛选平台，用于肠道菌群靶向药物的筛选与评价。

肠道菌群体外培养高通量筛选平台药物-菌群互作宏蛋白质组学 Jiang-Ning Hu

小儿炎症性肠病

Nature子刊：小儿IBD中人体和菌群的蛋白质组特征

Nature Communications上线的最新研究，分析了小儿炎症性肠病（IBD）中，肠道粘膜和肠腔交界抽出物样本中的人体和菌群的蛋白质组，表明肠道的胞外囊泡蛋白质组变化与IBD中宿主-菌群的异常互作相关。

小儿炎症性肠病蛋白质组胞外囊泡肠道菌群普氏栖粪杆菌

AJG：蛋白组学鉴定儿童IBD相关生物标志物

儿童IBD缺乏有效的诊断及疾病进展标志物。这项研究利用蛋白组学技术，鉴定出了一些特定的蛋白质组合，或可用于儿童IBD的诊断，以及评估儿童溃疡性结肠炎的疾病进展。

蛋白组学炎症性肠病生物标志物溃疡性结肠炎全结肠炎

宏蛋白组学

Microbiome：全自动宏蛋白组数据分析平台MetaLab

这是一项重要的方法学研究，研究者开发了直接利用质谱原始数据快速进行微生物蛋白质鉴定和分类分析的全自动分析软件，多位中国年轻学者在美国参与研究和软件开发，他们未来的研究成果值得长期持续跟踪。

宏蛋白组学 Inés Martínez Jens Walter

肠道菌群体外培养

JPR：体外培养肠道菌群，需注意培养基成分

Journal of Proteome Research[IF：4.268]发表的这篇文章关注培养肠道菌群时，不同的培养基成分会对细菌的组成和功能产生显著影响。这是很有启发意义的文章，特别推荐。

肠道菌群体外培养培养基正交实验设计蛋白质组学 Ken Cadwell

体外培养需要注意培养基成分

① 文章采用了正交实验设计与蛋白组学分析的方法；② 蛋白组学分析对不同培养基成分，如无机盐、胆汁盐、粘蛋白以及短链脂肪酸的应答不同；③ 多因素方差分析显示无机盐、胆汁酸以及粘蛋白对不同功能性肠道菌群蛋白组有显著的主要和相互作用；④ 培养基成分对基础代谢通路有广泛的调节作用；同时，不同的培养基成分对细胞壁、细胞膜以及包膜的生物合成，细胞功能性迁移也有调节作用；尤其是鞭毛合成相关蛋白对黏蛋白的存在有显著回应。

肠道菌群肠道菌群体外培养培养基正交实验设计蛋白质组学

宏蛋白组学

Microbiome：新的宏蛋白质组学定量定性分析工具

相比于宏基因组学研究，宏蛋白组学研究能更好解读肠道菌群的生物活性，那么有什么靠谱的分析工具呢？本文推荐一读。

宏蛋白组学肠道菌群定性定量分析 Shahla Abdollahi-Roodsaz

Gut：蛋白组学，区分儿童克罗恩病和溃疡性结肠炎？

采用蛋白组学和多元统计分析进行CD和UC的生物标志物识别，转需。

炎性肠病克罗恩症溃疡性结肠炎蛋白组生物标记物