Jason Lloyd-Price

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Jason Lloyd-Price

文章数：13篇

菌株定殖影响粪菌移植对克罗恩病的疗效

越来越多的证据表明粪菌移植或是一种治疗克罗恩病（CD）的有效手段。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，对8名接受粪菌移植治疗的CD患者在移植前后的粪便菌群进行分析后发现，特定菌株的定殖或丢失与患者的复发相关，其中部分放线菌门菌株的定殖与更好的结局相关，而拟杆菌门菌株的定殖则与较差的结局相关。

粪菌移植 Crohn’s Disease (CD) Fecal microbiota transplantation (FMT) relapse metagenomes

Cell子刊：大肠癌早期微生物变化具有潜在因果关系

肠道微生物群与结直肠癌（CRC）有关，但其在CRC发生之前的因果改变尚未被阐明。最新发表在Cell Host and Microbe的研究对CRC发生前微生物组的变化进行前瞻性评估。该研究证实，利用微生物组监测腺瘤的效果或许有限，但在结肠肿瘤中，这些早期微生物的变化存在潜在的因果关系。

结直肠癌 metagenomics metatranscriptomics human microbiome Lynch Syndrome

“喂养”硫代谢菌群的饮食或增加远端结直肠癌风险

硫代谢菌群可将饮食中的硫转化为具有基因毒性的硫化氢，与结直肠癌的发展有关。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现硫代谢细菌相关饮食模式（可促进硫代谢细菌的增殖）——即较高的加工肉制品和低热量饮料摄入、较少的蔬菜和豆类摄入，与远端结直肠癌风险增加相关。

结直肠癌 FFQ colorectal carcinogenesis cancer biogeography fecal microbes

炎症性肠病

Nature子刊：找出促进IBD菌群失调的代谢物

代谢物是肠道菌群与宿主双向互作中的关键介导因素。代谢物如何影响肠道菌群的组成和功能，仍有很多未知。Nature Microbiology近期发表的一项研究，分析了在炎症性肠病（IBD）中含量改变的代谢物如何影响在IBD中丰度改变的肠道细菌的生长。研究发现，IBD中增多的一类代谢物——N-酰基乙醇胺，可促进IBD患者中富集的细菌增殖，使得肠道菌群组成变得类似IBD患者菌群。以这类代谢物为靶点，或有助于改善IBD相关的肠道菌群失调。

炎症性肠病宿主-菌群互作代谢物肠道菌群 Ana Maldonado-Contreras

Cell子刊：区分与肥胖和糖尿病相关的肠道菌群特征

Cell Host and Microbe发表的一项最新研究，在德国队列中通过对比健康瘦子与健康胖子、健康胖子与糖尿病胖子的肠道菌群，找出了与肥胖和糖尿病单独相关的菌群变化特征，发现肥胖与菌群变化显著相关，而2型糖尿病与菌群变化的关联则较弱，此外，用药和膳食补充剂也可在一定程度上解释菌群的变化。

代谢疾病肥胖 2型糖尿病肠道菌群膳食补充剂

炎症性肠病

Nature：炎症性肠病肠道微生态系统的多组学分析

《Nature》最新发表来自Curtis Huttenhower和Ramnik J. Xavier团队合作主导的研究，对132名受试者一年内多个时间点的粪便、活检和血液样本，进行纵向多组学分析，全面揭示了炎症性肠病（IBD）相关的肠道菌群及其功能失调，以及宿主和菌群的分子互作关联，对于阐释IBD机制、寻找防治IBD的新靶点有重要价值。

炎症性肠病 CROHN'S DISEASE Microbiome Systems analysis ULCERATIVE COLITIS

人类微生物组计划二期

iHMP：整合人类微生物组计划

NIH的人类微生物组计划（HMP）已经进行了十多年，分别完成了两个阶段的工作。第一阶段被称为HMP1，第二阶段被称为iHMP（也称为HMP2）。iHMP包括三个条件下人体菌群和宿主动态变化的研究，分别是怀孕和早产（PTB）、炎症性肠病（IBD）和前驱糖尿病的影响因素等。iHMP代表了未来人类微生物组多学科研究的范式，提供了独特的数据资源，并已经开始逐步阐明宿主-微生物组互作的机制。在本期Nature杂志（2019-5-30）中发表了iHMP的多篇研究成果，小编予以编译，以飨读者。

人类微生物组计划二期怀孕早产炎症性肠病前驱糖尿病

菌群稳定性

Nature子刊：老年男性的粪便宏基因组比宏转录组稳定

这是Nature Microbiology同时发表的同一团队的两篇研究论文之一，对比了308名老年男性的粪便宏转录组和宏基因组的稳定性，发现宏基因组稳定性高于宏转录组。这是很值得关注的大样本研究，特别推荐。

菌群稳定性宏基因组宏转录组 Stability Rashmi Sinha

Nature子刊：老年男性粪便菌群中的宏转录组

这是Nature Microbiology发表的一项大样本人群宏转录组研究，针对308名成年男性，做了372份宏转录组样本及929份宏基因组样本的分析，这是迄今为止最大样本数的宏转录组分析研究，值得特别关注。

宏转录组宏基因组 Metatranscriptome Gillian A M Tarr Gillian A M Tarr

炎症性肠病(IBD)

Nature子刊：转录组揭示IBD患者的菌群基因表达水平复杂性

这是Nature Microbiology发表的关于利用宏转录组分析工具揭示炎症性肠病（IBD）患者的肠道菌群基因表达水平差异的研究，充分说明了要结合宏基因组与转录组，才可能真正充分揭示菌群在疾病中的作用机制。只是了解了菌群的物种和基因组成，而不分析基因转录水平的差异，可能并不能充分揭示菌群的规律。很重要的宏转录组研究，特别推荐！

炎症性肠病(IBD) 宏基因组宏转录组菌群功能 Mathias Chamaillard

炎症性肠病

Nature子刊：IBD患者的菌群差异，或更多在转录组层面

这是Nature Microbiology发表的关于炎症性肠病患者的宏转录组研究，这是首次大规模分析IBD患者的宏转录组，发现很多基因组丰度不突出的微生物，却可能因为转录组水平高而对健康或疾病起到关键性作用。这或许是会掀起2018年宏转录组研究论文高潮的开篇，我们可以期待今年看到更多相关研究。

炎症性肠病宏转录组 Xin Li Iliyan D Iliev

人类微生物组计划

Nature超重磅公布：人类微生物组计划第二波数据！

今天的Nature，上线了这么一篇感觉有点姗姗来迟（我们可以顺便觊觎一下美国人的效率低下么[呲牙]）的“超重磅”文献，人类微生物组计划1期的第二波分析数据公布。大家可以竞猜一下，未来几年，这篇文献的引用数会是多少？会爆表么？强烈推荐！

人类微生物组计划

Genome Medicine：健康菌群长啥样？

上周的Science专刊，两篇关于健康人群的文章， Genome Medicine上则专门发了一篇关于“健康菌群”定义和多样性的综述，非常值得一看。

菌群健康 Ji Youn Yoo Sung Soo Kim