熙子

肠道微生物组噬菌体狄氏副拟杆菌

目前的研究多聚焦于社会网络如何影响病原微生物传播，如COVID-19。但对互生和共生微生物的社会传播对宿主的健康与疾病的影响知之甚少。Cell发表的观点性文章对此进行了讨论。

社会菌群健康与疾病其他

近期发表在Nature Microbiology的这份工作，由美国国立卫生研究院国家图书馆江晓芳和团队完成。他们针对影响宿主健康的肝肠循环中重要代谢物胆红素的菌群来源胆红素还原酶进行了鉴定，填补了宿主胆红素转化的一块空白。基于荧光报告实验和比较基因组学，他们从厚壁菌门的梭状芽胞杆菌纲细菌中鉴定出胆红素还原酶bilR基因，随后根据该基因的关键残基绘制了bilR基因的进化分支谱。基于bilR基因序列在人宏基因组的流行度，发现新生儿和炎症性肠病（IBD）患者bilR基因的发现率降低，为胆红素和黄疸的因果提供证据，以及为IBD患者的肝肠循环紊乱提供证据。

肠道菌群

Stabl

Nature子刊：使用Stabl发现稀疏、可靠的组学生物标志物

在临床研究中采用高内涵组学技术，已经产生了大量的候选生物标志物。然而，将这些发现转化为真正的临床生物标志物仍然具有挑战性。近日，斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出强大的机器学习管道，可扩展到多组学整合任务，能够对复杂的预测模型进行生物学解释，测试性能较好，值得关注。

Stabl 机器学习研究论文基础研究生物标志物

Cell子刊：人肠道共生菌的转座子突变体文库Part II：应用（综述）

近期发表在Cell Reports上发表的这份综述文章延续同期综述文章，对人肠道共生菌的转座子突变体文库的应用进行了总结。作者主要对构建后的混合型文库和阵列型文库在体外和体内筛选的实验过程中的关键影响因素进行了讨论，同时详细讨论了体外筛选的实验结果与体内真实情况的关联性和可迁移性，体内筛选也面临着动物模型、复杂宿主因素如饮食、定植窗口期等的影响，需要注意体内和体外某些处理如抗生素处理的可翻译性，但也可能存在偏差，以及某些体内因素如免疫反应等可能很难被体外实验模拟。同时，文库产出丰富的数据集应向标准化以及开发共享方面发展，最终整合为细菌通用基因型-表型平台。

Cell子刊：人肠道共生菌的转座子突变体文库Part I：构建（综述）

近期发表在Cell Reports上发表的这份综述文章主要总结了随机Barcode转座子突变体在人类肠道共生菌上的应用，以及从文库构建到上机测序整个流程各步骤的技术方法和选择策略、优缺点等，对后续其他非模式菌株转座子突变体文库构建提供了详细全面的指南。

肠道菌群建立

母乳相关的氨基酸代谢影响婴儿肠道菌群建立

婴幼儿肠道菌群的建立对机体健康有重要影响。本研究发现，鼠乳中游离氨基酸代谢产生过氧化氢，以及特定细菌对过氧化氢的耐受型，可能是影响幼鼠肠道菌群形成与发育的关键因素。该研究从母乳成分以及氨基酸代谢角度，解释了乳酸菌在不同哺乳动物肠道/粪便中的丰度，值得参考。

肠道菌群建立 LAO1 Infant milk 母乳喂养

种间互作

海岸带中的细菌和古菌接力将胆碱转化为甲烷

海岸盐沼沉积物中的微生物在厌氧条件下分解季胺和甲基化胺，是甲烷的重要来源。以胆碱为例，它是一个季胺碱，其分解过程分为两步，以三甲胺为中间体。有趣的是，这两个步骤分别由细菌和古菌完成。

种间互作互养温室气体海岸沉积物 DNA-SIP

军团菌

胞内寄生军团菌（目）在全球的分布情况

关注军团菌：目前已知的军团菌全部是胞内寄生细菌，包括一些重要的人畜致病菌。由于难以纯培养，目前对该类细菌的认识十分欠缺，只有很少的物种被测序。本研究结合数万已发表的16/18S测序数据和两项自主采样的实验结果，分析了军团菌(目)在全球尺度上的分布情况，为进一步认识该菌提供了宝贵的参考资料。

军团菌宏基因组 Legionella Legionellales metagenomics

互利共生

北大深圳研究生院刘思彤：宏基因组分析揭示厌氧氨氧化菌的合作伙伴

北京大学美女研究员刘思彤，2009年毕业于大连理工大学环境科学专业，2012年获北京大学优秀青年人才引进。她从事了15年节能高效水处理生物技术方面的研究，是国内最早做厌氧氨氧化相关研究的科研人员之一。本研究借助宏基因组技术阐释了厌氧氨氧化细菌与其它微生物的互养关系，揭示了共生菌在废水处理中的重要性。

互利共生污水处理厌氧氨氧化细菌宏基因组学互营养

生物膜

自然河流生物膜菌群的空间结构

这是一项接地气的研究，对于居住在意大利阿夸罗萨河边的居民来说，他们在河边踱步的时候，可以结识到河水中卵石上居住的细菌朋友。

生物膜环境微生物 biofilm epilithon antagonistic interactions

环境-宿主-微生物

中科院邓晔：野生动物保护需考虑环境对肠道菌群的影响

维护肠道菌群健康在野生动物保护中具有重要意义。本研究通过追踪鸿雁迁徙前后非编菌群变化，指出栖息地的环境压力可能通过肠道菌群影响野生鸿雁的健康。本文的成果对研究环境-菌群互作、野生动物保护有参考价值。

环境-宿主-微生物肠道菌群结构鸿雁环境压力

肠道菌群塑造

进化背景和习性共同塑造野生哺乳动物肠道菌群

野生动物的肠道菌群受多重因素影响。本研究通过分析马达加斯加西部特定区域内6种哺乳动物的肠道菌群，发现物种间亲缘关系对肠道菌群结构具有重要影响，而食物结构对菌群的影响有限，并且栖息习性会通过影响菌群水平转移的方式塑造肠道菌群。该成果对进一步发掘塑造菌群的因素具有参考价值。

肠道菌群塑造宿主间进化关系习性食物结构野生哺乳动物

定殖抗性

定殖抗性的维持和破坏

肠道细菌间的相互作用对维持菌群稳态、防御病原菌具有重要作用。本综述总结了细菌间直接的定殖抗性机制、潜在病原菌对抗定殖抗性的的竞争策略及其利用定殖抗性的崩溃达到定植和扩增的策略。作者同时提出了真菌、原生动物和噬菌体等对细菌间互作的影响，并强调了肠道不同区段菌群结构差异对细菌互作网络的影响，值得专业人士参考。

定殖抗性病原菌入侵细菌间相互作用 Donghui Xu Rihui Wu

咖啡

50万人追踪10年：咖啡或许促进长寿

JAMA Internal Medicine近期发表一项大型队列研究，在近50万英国人中分析咖啡摄入与10年间死亡率的关系，表明喝咖啡与全因死亡率负相关，这种关联性在每天喝≥8杯的人群中也存在，而且与影响咖啡因代谢的遗传因素无关，提示咖啡潜在的促进长寿作用可能与非咖啡因成分有关。

咖啡人群研究全因死亡率 Dayanne da Silva Borges Dayanne da Silva Borges

质子泵抑制剂

JCBN：长期使用质子泵抑制剂如何改变肠道菌群

这是Journal of Clinical Biochemistry and Nutrition[IF：2.087]发表的关于长期使用质子泵抑制剂对肠道菌群的影响的研究，值得很多临床专业人士的关注，特别推荐。

质子泵抑制剂 Suyun Li Wen-Qing Li

Nutrients：混合益生元预防小鼠的肠易激综合征

这是上海交通大学团队在Nutrients发表的关于低聚果糖、低聚半乳糖、菊粉和花青素组成的混合益生元对小鼠IBS的预防作用的研究，值得相关研究和产业人士阅读。特别推荐。

益生元

Nutrients：混合益生元预防小鼠的肠易激综合征

这是上海交通大学团队在Nutrients发表的关于低聚果糖、低聚半乳糖、菊粉和花青素组成的混合益生元对小鼠IBS的预防作用的研究，值得相关研究和产业人士阅读。特别推荐。

益生元肠应激综合征混合益生元 Zhenjun Zhu Shuang Song

鼻腔菌群

COM：人一生中的鼻腔菌群变化（必读综述）

这是Current Opinion in Microbiology[IF：6.635]发表的关于鼻腔菌群的必读综述，系统性总结了针对人一生中不同时间阶段的鼻腔菌群的研究，这是关注鼻腔菌群的人必读的综述，特别推荐。

鼻腔菌群 Neeraj Garg Louis P Conway Daniel Globisch

宽吻海豚

CB：宽吻海豚口腔菌群的多样性及功能分析

宽吻海豚口腔菌群 Oral microbiota microbial ecology candidate phyla

古细菌

ISME：一文读懂古细菌的进化与生态学（综述）

古细菌 Tadayasu Ohkubo Hiroya Oki Kazuki Kawahara Shota Nakamura

猪

Microbiome：饲料中的不同营养物质如何改变猪的粪便菌群

这是系统性分析不同来源的食物、不同例子浓度的食物如何影响猪的粪便菌群的研究，值得农业口的专业人士认真阅读。

猪营养

DNA测序

Nature：DNA测序的40年（综述）

这是上期Nature出的重要综述，Nature + 综述，只要编在了我们日报里，肯定是干货，好好看看吧。

DNA测序

醋

菌群：怎样保证岐山醋质量稳定？

岐山醋是谷物传统固态发酵（SSF）产物，其品质与发酵过程中的菌群相关。① 根据高通量测序结合定量PCR结果，肠杆菌目分别占大曲Q3、Q5和Q10总菌群的94.7%，94.6%和92.2%。② 乳杆菌目、红螺菌目在醋酸发酵阶段占据主导；乳杆菌、醋酸杆菌、魏斯氏菌、明串珠菌属和芽孢杆菌是该过程中主要特征菌属。③ 冗余分析表明乳杆菌目和红螺菌目含量与湿度和酸度正相关。④ 控制不同发酵阶段的菌群稳定，保证批次间均一，是保证岐山醋产品质量的前提。

醋岐山醋菌群发酵 Valerie J Stull

皮肤粘膜饲喂

SR：七彩神仙鱼从妈妈皮肤获得肠道菌群

这是针对七彩神仙鱼的特殊获得肠道菌群的方式的研究，很奇特，值得认真看看，涨涨知识。

皮肤粘膜饲喂七彩神仙鱼水平传播垂直传播 Almudena Veiga-Lopez

束毛藻属

FM：束毛藻属聚集体中的菌群

这篇文献，推荐关注海洋相关微生物组的专业人士阅读。

束毛藻属海洋微生物海洋异养固氮菌固氮酶 Evelina Tacconelli

益生元

RA：益生元在水产养殖中的作用（综述）

关于水产益生元的现有产品、品质、应用及效果的综述，非常值得一看。

益生元水产养殖 Konstantinos T Konstantinidis Minjae Kim

抑郁症

COP：抑郁，肠道菌群真脱不开干系？（综述）

系统性介绍饮食、菌群、炎症在抑郁症中作用的综述，非常值得认真读一读。

抑郁症炎症 Erikka Loftfield Erikka Loftfield

厌氧分解池

FM：处理废弃活性污泥的厌氧分解池中的主要发酵细菌

这是一篇关注处理废弃活性污泥中的菌群的研究，特别推荐关注环境微生物的人士阅读。

厌氧分解池厌氧绳菌科废弃活性污泥 Robert E Beardmore Robert E Beardmore

反渗透膜

NPJBM：海水淡化反渗透膜中的菌群长啥样

这篇文章介绍了淡化海水时使用的反渗透膜中的菌群组成，有趣的研究，值得一读。

反渗透膜海水淡化 Matthew T Sorbara Matthew T Sorbara Eric G Pamer