Transcriptomics

新冠病毒 IMMUNOLOGY Transcriptomics Virology 鼻上皮细胞

有观点认为企鹅等南极动物面临的病原体暴露压力较低，导致其在其它环境中的疾病易感性增强。《ISME Journal》上发表的一项最新研究，对3种南极企鹅的体内及体表寄生虱的RNA病毒组进行了测序分析，发现企鹅携带的RNA病毒多样性与其它区域（如澳大利亚）的水鸟类似，提示企鹅也是重要的病毒储存库。

病毒组 community ecology microbial ecology Molecular ecology Phylogenetics

单细胞组学

单细胞组学：如何利用细胞内部特征和病人特点研究消化道与疾病？（综述）

单细胞组学是基于二代测序、质谱及成像的新生技术，由于实验方案还具瑕疵降低了可重复性、大数据分析对生信和计算机相关专家要求高、花费和整套分析时程长等原因仍处于发展阶段，特别是在地方诊所做到直接采集并制备高质量样品仍是挑战。但作为精准医疗的基石，单细胞组学临床应用前景巨大。Gastroenterology上发表的一篇综述介绍了单细胞转录组（scRNA-seq）、基因组、单细胞表观基因组（sc-Hi-C）、蛋白组、代谢组学（MALDI）的相关技术进展和在消化道疾病如结直肠癌（CRC）和IBD研究中的应用。文章提出整合多组学分析单细胞特征并最终应用于临床诊断、治疗、预后是该领域研究的下一个前沿。

单细胞组学 heterogeneity Transcriptomics proteomics metabolomics

trophoblast

PNAS：孕期双酚A暴露对胎盘-脑轴的影响

胎盘分泌的5-HT作为重要的神经递质补充来源在胎儿前脑的发育过程中起到重要作用，孕鼠胎盘GCs细胞数量减少以及5-HT总水平的降低可能影响胎儿脑部发育。而孕期BPA和BPS的暴露可能通过影响胎盘的这两个通路影响胎儿的神经发育。

trophoblast endocrine disruptor Transcriptomics neurotransmitters labyrinth

结直肠癌

结肠粘膜生物膜、宿主和大肠癌的相互作用

宿主和肠道细菌之间的相互作用被破坏与结直肠癌（CRC）的发生有关。然而，这些细菌的活性及其与宿主之间的相互作用尚不清楚。此外，细菌如何组织/定位，以及它们所表达的基因，都可能对CRC发病机制具有同样重要的影响。近来，在约52%CRC患者和约13%健康人的上皮表面发现长达200微米的细菌生物被膜（BF）。此前已发现，在多个临床前小鼠模型中，来自CRC患者或健康人的BF形成细菌在CRC发展中起到功能性的角色，突出了细菌的组织形式对CRC产生的影响。最新发表在mSystems的研究发现在BF阳性菌群中，细菌毒力基因数量增加，并鉴定了一个保守的、可传播的BF阳性相关细菌核心组。此外，还证明了BF状态和CRC的发展改变了miRNA的表达，特异性miRNA与BF阳性相关类群相关。破译这种复杂的相互作用可能会发现CRC新的调节途径和具有潜在治疗意义的分子。

结直肠癌 biofilm colorectal cancer germfree microRNAs

生物钟

Cell子刊：一天之中运动能力如何变化

运动表现受一系列因素的协同影响，其中很多因素受生物钟调控。《Cell Metabolism》近期发表的一项研究，分析了小鼠和人在一天内的运动能力变化，表明这种变化依赖于生物钟，且不同时间运动引起的肌肉代谢应答也不同。这些发现或许有助于针对特定代谢问题（比如减肥、改善胰岛素抵抗）设计最有效的运动干预方法。

生物钟运动 AICAR ZMP circadian rhythm

运动

Cell子刊：锻炼时间不同，对骨骼肌的能量代谢有不同影响

Cell Metabolism上发表的一项最新研究，发现锻炼时间不同，对小鼠骨骼肌代谢（包括糖代谢、脂代谢、氨基酸代谢等）的影响有显著差异，提示不同的锻炼时间可能有着不同的效果。

运动 HIF1α circadian rhythms energy homeostasis exercise metabolism

减肥手术

Cell子刊：减肥手术后，机体如何维持糖稳态

减肥手术 GLP-1 Bariatric surgery enteroendocrine cells Gut hormones

植物菌群

Cell子刊：运用组学方法揭示植物共生菌群功能（综述）

植物-菌群互作对植物的生长具有重要影响，而阐释共生菌群的基因功能对研究植物-菌群互作非常重要。本综述回顾了研究共生菌群功能的多组学方法，比较了各种组学方法在阐释共生菌群基因功能上的优缺点，并总结了目前已发现植物共生菌群功能。本文对研究植物-菌群互作，并以此开发促进作物生长的新手段具有参考价值。

植物菌群 gene function genomics metabolomics Omics

肠道共生菌

Cell子刊：肠道菌怎样挨过“饥荒”？

肠道菌群内部竞争激烈，当营养物质不足时，肠道细菌会如何应对？Cell Host and Microbe上的一项研究表明，人体肠道共生菌——多形拟杆菌在碳源不足时会调节自身核心代谢基因表达，从而停止生长进入“冬眠”状态，以增强细菌生存能力。这种停止生长的策略，可能是共生菌确保在肠道内长期存留的决定性因素。

肠道共生菌多形拟杆菌严紧反应 Microbiome Bacteroides

腹泻

Cell：短期渗透性腹泻可引起菌群的长期改变

聚乙二醇是治疗便秘的常用药物，可引起渗透性腹泻，有些人为控制体重或“排毒”也会时不时的用药泻一泻。Cell刚刚发表一项来自斯坦福医学院的研究，却提醒人们这类泻药造成的短期腹泻，可能引起肠道菌群的长期改变。善待肠道菌群，从慎吃泻药做起~

腹泻渗透性腹泻泻药 PEG diarrhea

发育

肠上皮发育过程中，菌群如何影响转录组和DNA甲基化

肠道菌群在肠道发育中起重要作用，Genome Medicine[IF：7.071]近期发表研究，对有菌和无菌小鼠进行对比，表明肠道菌群在IEC发育过程中，对转录组的影响较大，而对DNA甲基化的影响则相对有限。

发育 DNA甲基化转录组肠道上皮细胞 epigenetics

组学

Nature Reviews：整合多组学方法，助力疾病研究（综述）

各种组学技术的进步，极大的拓展了人们对疾病机制的认知。Nature Reviews Genetics[IF：40.282]近期发表的重磅综述，详细介绍并举例探讨了如何将多组学方法整合应用，以加深对疾病机制、检测和疗法的认知，对基础研究和临床医疗均有参考意义。

组学个性化医疗 Clinical genetics Genetic databases Medical genetics

碳循环

Microbiome：夏冬轮替，森林土壤微生物各不同

关于森林里的土壤菌群随季节变化而变化的研究，虽然关注于森林，对肠道等其他系统的研究也有参考意义，值得特别关注。

碳循环针叶林糖苷水解酶季节性土壤菌群

西方式饮食

MNFR：西式饮食对后代的肠道菌群和基因表达有影响

【分子营养学】关注母鼠西式饮食对幼鼠菌群和基因表达的影响，推荐阅读。

西方式饮食后代肠道菌群 Gut development Maternal diet microbiota composition

Bacterial transcription

转录组分析甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌生物膜形成过程

①熊果酸可以抑制甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌（MSSA）生物膜的形成，白藜芦醇无法抑制MSSA生物膜形成；②熊果酸处理后，MSSA生物膜形成相关的基因转录差异显著；③MSSA生物膜形成机制与耐药型MRSA生物膜形成机制不同的主要原因是缺乏辅助基因调节因子agr 。

Bacterial transcription Transcriptomics J Mark Brown J Mark Brown