Georg Zeller

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文章数：13篇

禁食与小肠生态

禁食和热量限制期间小肠生态的重塑（综述）

禁食和热量限制被认为有益于机体代谢健康，但是其对肠道菌群以及小肠粘膜的影响尚不清楚。本文总结目前已知或仍有争议的禁食和热量限制、肠道微生物组和肠道组织生理学之间的相互作用，为相关研究提供参考。

禁食与小肠生态

不依赖参考基因组的宏基因组物种水平分析工具mOTUs3

近年来，随着测序技术和生信工具的发展，极大促进了研究人员对微生物进行分类，检测和量化生物样品中微生物的相对丰度，但仍有一部分微生物群落没有得到很好分类，尤其是未被充分探索的环境样本中。近日，瑞士研究人员在Microbiome发表最新研究，开发了mOTUs3（https://github.com/motu-tool/mOTUs）以实现对宏基因组的精确物种水平分析。相比其他方法，它提供了一个更全面的原核生物群落多样性视图，特别是针对目前尚未开发的微生物群落，值得试用。

mOTUs3 生信分析工具研究论文基础研究宏基因组学

少吃会改变肠道菌群吗？

肠道菌群被认为在超重和肥胖的发展中发挥重要作用，但能量限制（特别是长期）对超重和肥胖成年人肠道微生物群的影响，在很大程度上还是未知的。近期发表于Genome Medicine的一项研究发现，尽管观察到代谢改善，但适度的间歇性能量限制（ICR）或连续性能量限制（CCR）干预以及由能量限制引起的体重减轻，可能与超重/肥胖成人肠道微生物组的变化无关。在饮食热量限制下，肠道微生物群保持相对稳定，且存在高度的个体特异性。注：ICR组的参与者在非连续的两天内减少了75%的热量摄入（所谓的“5:2节食法”），而CCR组的参与者每天减少了20%的热量摄入。各组55%的能量来自碳水化合物，15%来自蛋白质，30%来自脂肪。

禁食肠道菌群代谢减肥超重/肥胖

Nature 子刊：开菲尔微生物的时空互作

开菲尔（kefir）是一种天然乳制品发酵群落，主要由乳酸菌、醋酸菌和酵母组成。为了深入了解自然群落的稳定性，Nature Microbiology发表的文章，利用开菲尔作为一个微生物生态系统模型进行了实验研究。在牛奶发酵过程中，开菲尔细菌定殖生长有一定顺序，早期定殖生长的成员通过提供可用的代谢物，如氨基酸和乳酸等，促进后续成员的定殖生长。通过代谢组学、转录组学和物种间相互作用研究，揭示了难利用牛奶的微生物是如何通过代谢合作得以生存，甚至在群落中占据主导地位的。总的来说，本研究结果揭示了群落中各物种在空间和时间上的相互作用，是如何影响群落成员稳定共存的。

开菲尔代谢互作

直肠真杆菌

从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组，发现了什么？

直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌，广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究，建立了一种宏基因组分析流程，从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组，并分析了这种细菌的种群结构和分布。

直肠真杆菌宏基因组系统发生生物地理学人肠道细菌

海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

海洋宏基因组宏转录组海洋菌群宏基因组测序气候变暖

减肥干预如何影响短链脂肪酸水平？

乙酸、丙酸和丁酸等短链脂肪酸（SCFA）主要来源于肠道菌群，有研究显示，减肥干预可影响SCFA代谢。《Advances in Nutrition》近期发表系统综述，对9项减肥干预临床试验进行了综合分析，评估了减肥对SCFA水平的影响。

减肥短链脂肪酸 Kimford J Meador Ryan C May Kimford J Meador

Nature子刊：全球数据揭示结直肠癌特征菌群

《Nature Medicine》近期发表一项涵盖全球多个地区结直肠癌研究的荟萃分析，发现了29个具有全球代表性的特征肠道菌群，以及与结直肠癌相关的菌群代谢特点，这些宏基因组信息有望用于全球范围内的结直肠癌诊断。

粪便菌群结直肠癌荟萃分析结直肠癌诊断特征菌群

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

肠道菌群体外培养

Nature子刊：96株肠道菌的体外培养和代谢分析

目前大部分可培养的肠道细菌只能生长在成分复杂、化学组成不明确的培养基中，大大限制了对菌群代谢的研究。本周Nature Microbiology上线的一项研究，分析了96株肠道菌在19种培养基中的生长代谢特性，为用体外实验和计算机建模研究菌群代谢，拓宽了道路。

肠道菌群体外培养细菌代谢细菌生理学 Bacterial physiology Bacterial techniques and applications

非抗生素类药物

Nature: 非抗生素药物同样影响肠道细菌

Nature[IF：40.137]发表研究指出，以人体结构作为靶位的非抗生素类药物，其对肠道细菌可产生类似抗生素的抑菌效应，指示这些药物的胃肠道副作用很可能源于对肠道细菌的影响。非抗生素药物的抑菌效应，暗示细菌存在广谱的耐药机制，很可能是抗生素耐药性积累的风险因素之一。该研究对于控制药物副作用、拓展药物运用范围和管控抗生素耐药性具有重要参考价值，值得专业人士关注。

非抗生素类药物抑菌副作用肠道细菌 Non-antibiotic drugs Antibiotic-like side effects

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

MSB：人体肠道菌群中的亚种

这是 Molecular Systems Biology[IF：9.750]发表的针对2144个人体粪便宏基因组、676个人体口腔样本的大规模物种分析，特别是分析了亚种的数量和功能，巨量数据研究，都值得好好看看。

亚种 genetic variation metagenomics Microbiome Population structure