Jon G Sanders

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Jon G Sanders

文章数：11篇

遗传-菌群互作

Nature子刊：6000人数据揭示宿主遗传和饮食对肠道菌群的影响

近期，Nature Genetics背靠背发表了2篇大型单一人群队列中的肠道微生物组GWAS研究。这项基于近6000芬兰人的研究，鉴定出宿主SNP与肠道微生物分类单元之间的567个独立关联，特别鉴定出3个遗传位点——LCT（乳糖酶）、ABO（血型）和MED13L（与大肠癌有关）与特定肠道微生物丰度间的强关联性，并关注了饮食对这些关联带来的影响，最后通过孟德尔随机化和对长期健康记录的分析，探索了肠道微生物与疾病间的潜在因果关系。

遗传-菌群互作全基因组关联分析（GWAS）肠道菌群

肠道菌群与健康食物摄入显著相关

膳食影响肠道菌群，进而影响机体的健康或疾病状态。American Journal of Clinical Nutrition近期发表研究人群研究，关注健康食物与肠道菌群丰度的关联，发现肠道菌群的α和β多样性均与特定健康食物有关。植物基或者富含膳食纤维的食物可能更利于维持肠道菌群的多样性以及短链脂肪酸（SCFA）的产生。

健康饮食肠道菌群丰度菌群结构

Nature子刊：肠杆菌科富集＝更高的死亡风险？

Nature Communications上发表的一项前瞻性队列研究结果，对超过7000名芬兰人进行15年随访，发现肠道菌群的组成及功能与死亡率相关，尤其是肠杆菌科的富集与更高的全因死亡率、胃肠道疾病死亡率及呼吸道疾病死亡率相关。

死亡率研究论文前瞻性队列研究

动物肠道菌群

鸟类和蝙蝠肠道菌群结构类似，或与飞行适应相关

哺乳动物的饮食和宿主系统发育地位，驱动着肠道菌群变化，但这种驱动模式是否适用于所有的脊椎动物尚不清楚。mBio最近的研究中，纳入315种哺乳动物和491种鸟类，分析饮食、系统发育和生理对肠道菌群的作用，发现鸟类和能飞行的哺乳动物-蝙蝠的菌群组成相似性高，在不具备飞行能力的哺乳动物中，饮食和短期进化亲缘关系驱动着微生物组成变化，并且许多微生物物种是特定存在于一种哺乳动物的。但鸟类和飞行类哺乳动物-蝙蝠打破了这种模式，它们的许多微生物在不同宿主间共享，与饮食或宿主的亲缘关系几乎没有相关性。本研究结果提示，对飞行的适应性或破坏了宿主和微生物之间长期存在的共进化关系。

动物肠道菌群饮食进化飞行微生物组

Cell子刊：挖掘菌群天然产物的新工具

核糖体合成和翻译后修饰肽（RiPP）是一类天然产物，微生物是其重要来源，在医药和食品工业上有广泛应用前景；但目前对这类物质的发掘存在局限性。Cell Systems报道的一种软件工具——MetaMiner，可通过分析同一微生物群落的宏基因组和质谱数据，来挖掘其中的已知和未知RiPP。

天然产物 ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides computational mass spectrometry metagenomics natural products discovery

菌群分析平台

Nature子刊：菌群分析新手的可用工具

Rob Knight是菌群数据分析的大牛，其开发的QIIME工具是最受欢迎的分析工具之一。为了让完全不懂生物信息学的同学上手，他和团队新推出了一个在线工具，值得您拥有。

菌群分析平台生物信息学工具 Naiara Beraza Anna Isaacs‐Ten Marta Echeandia

宿主-菌群互作

宿主生理和饮食，哪个对菌群影响更大？

ISME Journal发表的一项研究，从演化角度，分析比较了18种灵长目动物的肠道菌群组成，表明影响菌群的主要因素是宿主本身的生理演化，而非宿主食性。该结论与此前的部分研究有所不同，作者也进行了一些探讨。对菌群-宿主互作、菌群-宿主共演化感兴趣的专业人士不妨关注。

宿主-菌群互作灵长类动物微生物组食性

菌群分析方法

一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）

菌群研究和分析方法日新月异，本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式，在列举和比较大量研究方法的同时，指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷，强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台，指导作用强，值得专业人士参考。

菌群分析方法多组学分析 Jordi Merino Jordi Merino

宿主DNA去除

Microbiome：去除宿主DNA的新方法改善宏基因组测序

在分析宏基因组样本时，通常会受到宿主DNA的干扰，因此如何去除宿主序列是宏基因组测序中的一大难题。本文开发了一种基于渗透裂解及叠氮碘化丙锭处理的新型化学方法，可去除唾液样本中的大多数宿主DNA，效果优于部分商业化试剂盒。

宿主DNA去除唾液菌群宏基因组测序 Host depletion Microbial enrichment

BMCB：人体微生物组的进化（综述）

这是Rob Knight等人在BMC Biology[IF：6.779]发表的重要综述，系统性地总结了人类对自身和微生物组的进化过程的相关研究，横向对比了人类与其他灵长类动物、不同的脊椎动物之间的微生物的差别，提出了人类微生物组进化的可能进程。对关注进化和基因组学的人来说，这篇文章值得好好看看。

进化 Codiversification evolution Habitat filtering Microbiome

肠道微生物组

人类微生物组群的系统发育观点

① 生活在肠道中的数以万亿计的肠道微生物在人类生物学和疾病中起着重要的作用。虽然已经人类已经做了很多工作来探索其多样性，但对微生物群体的充分理解需要一个渐进的过程。② 本综述中，我们将人类群体的微生物群体置于与人类近亲和远缘两种动物亲属的微生物背景下进行了比较。③ 我们讨论了产生宿主特异性微生物组态的潜在机制以及破坏这些机制的后果。④ 我们认为这种更广泛的系统发育观点有助于对理解人类-微生物组群的相互作用机制。

肠道微生物组特异性微生物系统发育 Codiversification evolution