A Murat Eren

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A Murat Eren

文章数：15篇

代谢独立性高的细菌更易在肠道定植

Genome Biology近期发表的文章，发现具有氨基酸、核苷酸和必需的微量元素的生物合成能力的高代谢独立性的细菌更易定植，这可能解释了为什么健康肠道微生物群中广泛存在但通常低丰度的成员可以在炎症条件下占主导地位，而与疾病没有任何因果关系。

菌群定植粪便菌群移植 (FMT) 代谢独立性

小儿克罗恩病

菌群干预与儿童克罗恩病全肠内营养

全肠内营养（EEN）是儿童克罗恩病的一种膳食干预。本文通过研究发现，在儿童克罗恩病进行EEN时候，肠道菌群的短暂改变，这个改变甚至可能是在健康人群中不常见的，或能有利于EEN对儿童克罗恩病的干预效果。

小儿克罗恩病完全肠内营养

宏基因组组装基因组(MAGs)

STRONG：宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法

本研究引入了一种新方法 STRONG（Strain Resolution ON Graphs），用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量，以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列，以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型，避免了基于变分方法的局限性。

宏基因组组装基因组(MAGs) 单拷贝核心基因贝叶斯算法单倍型序列

菌群-免疫互作

生命早期的特定肠道细菌菌株定殖可抑制结肠炎发展

生命早期的肠道菌群失调与IBD等复杂免疫疾病的风险增加相关。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，在结肠炎易感（IL-10敲除）小鼠中，鉴定出了拟杆菌属中的一个新菌株，在生命早期的免疫教育中发挥关键作用，生命早期（而非后期）定殖该菌株可促进免疫耐受，并抑制抗生素诱导的肠道菌群失调及自发性结肠炎发展。

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）结肠炎

口腔中不同株系的TM7的生态位分配

Genome Biology近期发表研究，得到了790个口腔微生物的宏基因组组装基因组，并通过泛基因组和系统发育基因组学方法，重点分析了43个口腔TM7菌株，发现不同的株系呈现鲜明的口腔位点特异性。

口腔菌群生态位

宏泛基因组

宏泛基因组学剖析口腔菌群

Genome Biology上发表文章，提出用宏泛基因组学对现下的微生物组大数据进行深度分析，具体以口腔微生物组副流感嗜血杆菌、罗斯氏菌属为例。其工作流程包括泛基因组建立（Pagenome）、宏基因组拼图最终将二者对比覆盖建立泛宏基因组学（Metapangenomics）。此种方法在菌群的生态学、进化学等领域研究中具有实际推进意义。

宏泛基因组口腔菌群生态研究论文基础研究大数据分析

饮用水菌群

消毒影响饮用水中微生物的结构和功能

通过保持一定的消毒剂残留或限制营养能够抑制饮用水中微生物生长，但这些方法对饮用水微生物组的影响尚未全面了解。Microbiome 近期发表的文章，通过比较英国(有消毒剂残留)和荷兰(没有消毒剂残留)的饮用水系统，研究了消毒剂残留对饮用水微生物群落的潜在影响。结果表明，无论饮用水系统(如水源类型、水处理过程等)如何，消毒会影响饮用水中微生物的结构组成和功能。同时，还发现消毒和未消毒系统中相关的代谢基因存在差异。这表明，消毒对饮用水微生物群落的影响不仅与消毒抗性有关，还可能扩展到其他代谢特性，如对碳源和氮源的利用。

饮用水菌群消毒碳氮固定基因氨基酸代谢宏基因组

菌群-免疫互作

Science子刊：共生菌群表达的超级抗原激活IgA应答

IgA可包被一部分肠道共生菌群，在肠道稳态中发挥重要作用，但IgA的产生机制及其靶向的分子尚未明确。Science Translational Medicine上发表的一项最新研究发现，人体肠道共生菌群中的毛螺菌科成员可表达2种“超级抗原”，这类超级抗原可激活体内的IgA应答，并在人宏基因组中广泛存在。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作 IgA 活泼瘤胃球菌毛螺菌科

菌群分析方法

Nature子刊：通过tRNA测序进行菌群分析

来自Nature Communications上发表的一项最新研究，介绍了一种利用tRNA测序进行菌群分析的方法。

菌群分析方法菌群分析方法 tRNA测序 Nan Gao Shiyan Yu

表观遗传学

中山大学等：菌群影响小鼠mRNA的N6-甲基腺苷修饰

Cell Research近期发表由中山大学骆观正团队与美国芝加哥大学华人学者Xiaoyun Wang和Tao Pan团队共同主导的通讯研究，发现在无菌小鼠体内（特别是脑），mRNA的N6-甲基腺苷修饰比例高于正常小鼠。

表观遗传学表观遗传学无菌小鼠

肠道菌群影响器官移植

共生菌群可能是影响器官移植成败的因素之一。本研究通过混养和粪便菌群移植改变小鼠肠道菌群结构，并比较菌群改变对皮肤移植物的排斥动力学，发现肠道菌群类型可能影响移植物的存活期，其中Alistipes属对移植物的存活期延长可能具有关键影响。该成果对研究菌群对宿主的系统性影响、提高器官移植成功率有一定参考价值，值得专业人士关注。

器官移植急性排斥反应粪便菌群移植 Alistipes Geneviève Lajoie

妊娠早期的阴道菌群组成与早产风险相关

BJOG: An International Journal of Obstetrics and Gynaecology上发表的最新研究，发现妊娠早期的阴道菌群组成与早产风险显著相关。

妊娠早期的阴道菌群组成与早产风险相关

BJOG: An International Journal of Obstetrics and Gynaecology上发表的最新研究，发现妊娠早期的阴道菌群组成与早产风险显著相关。

阴道菌群早产 16S rRNA Lactobacillus Bacterial vaginosis

白血病前期骨髓增生

Nature：小肠细菌移位可在遗传易感个体中诱发白血病

TET2突变可在人和小鼠中导致白血病，但发病率并非百分之百，还有其他重要诱因。Nature刚刚上线来自芝加哥大学的一项研究，在小鼠中发现，Tet2缺陷引起的白血病前期骨髓增生（PMP）中，小肠细菌移位引发的炎症信号是主要驱动因素，抗生素治疗可逆转这些小鼠的PMP。这一发现为预防和管理白血病带来了新启示。

白血病前期骨髓增生小肠肠道屏障细菌移位 Immunoproliferative disorders

Microbiome：追踪粪菌移植中的菌群定殖

FMT治疗疾病的时候，要考虑会有哪些供体细菌定植于受体，如何追踪呢？这篇文献给出了方法。

粪菌移植 colonization Fecal microbiota transplantation Metagenome-assembled genomes metagenomics