牛津纳米孔测序

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牛津纳米孔测序

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纳米孔测序

Nature子刊：纳米孔R10.4测序无需矫正，可获得更高水平的细菌基因组

Oxford Nanopore测序平台具有高通量、信息丰富、平台设备多样化的特点。纳米孔测序无读长限制，能够对包括短读长在内的任何DNA序列片段进行测序。纳米孔测序的准确度一直被大家关注，研究人员也通过不断更新纳米孔设计和改造马达蛋白酶来提高测序准确度。近日，丹麦奥尔堡大学在Nature Methods发表最新研究，他们通过模拟数据测评了R9.4.1和R10.4纳米孔芯片产生的数据，发现R10.4组装精度提升，主要归结于对均聚物处理能力的提高。此外，R10.4可从纯培养物或宏基因组数据中生成更高水平的细菌基因组，而无需短读长序列校正。但是R9.4.1纳米孔芯片的数据产出量大和成本较低，因此，目前选择R9.4.1加Illumina短读长测序校正的性价比更高，值得相关人员进一步关注和测试。

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王军+宋默识Nature子刊：二代+三代测序，深挖人类肠道菌群

中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作，在Nature Communications发表文章，报道了一种新方法，结合短读长的二代测序（Illumina）和长读长的三代测序（纳米孔）数据进行宏基因组分析，深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件，在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。

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王军+蔡磊+陈亮：全长rRNA操纵子纳米孔测序，赋能真菌组研究

Molecular Ecology近期发表了来自中科院微生物所王军、蔡磊、陈亮与团队的研究成果，建立了基于真菌全长rRNA操纵子纳米孔测序的真菌组研究方法，揭示了以前的方法可能低估的真菌组物种多样性。

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牛津纳米孔测序

Nature子刊：纳米孔测序技术、生物信息学及应用（综述）

2021年11月8日，美国俄亥俄州立大学（Ohio State University）区健辉（Kin Fai Au）研究组在Nature Biotechnology在线发表综述论文Nanopore sequencing technology, bioinformatics and applications，该文章系统全面地回顾总结了纳米孔测序技术的发展历史、技术原理、数据特征、生物信息学分析方法以及广泛的应用，同时也指出了目前存在的问题。

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