康禹 | 热心肠智库

康禹

中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，研究员

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近日，中科院北京基因组研究所康禹及团队在Science Bulletin发表最新研究，开发出VTwins工具（https://github.com/mengqingren/VTwins），发现VTwins在处理高多样性、高维组成数据方面简单有效，可从宏基因组数据中推断致病微生物特征，值得关注。

2023-11-30

康禹+王娟：口腔链球菌噬菌体增多是自闭症典型特征

近期中国科学院北京基因组研究所康禹课题组和北京大学王娟课题组联合在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表了其对ASD研究的最新成果，他们发现ASD患者口腔噬菌体丰度和多样性显著降低，而链球菌噬菌体丰度增加，该噬菌体毒理因子和链球菌丰度的增加与ASD的发生显著正相关。这一研究成果为口腔-大脑轴提供了新的证据，为通过改善口腔菌群而干预ASD提供了科学依据。

2022-11-23

康禹等Science子刊：丁酸代谢菌在类风湿关节炎中发挥重要调控作用

北京大学人民医院的栗占国团队、何菁团队与北京基因组研究所的康禹团队、于军团队在Science Advances上发表的一项最新研究结果，发现在类风湿关节炎（RA）患者肠道菌群中，丁酸代谢菌的丰度发生显著改变。基于丁酸代谢菌的丰度建立的模型可准确地区分出ACPA阳性患者以及关节畸形患者。并揭示了丁酸盐缓解关节炎的机制。

2022-02-22

康禹团队：精神分裂症中，肠道菌群的蛋白质发酵增强

中科院北京基因组研究所康禹团队近期在BMC Medicine发表了一项精神分裂症（SZ）患者的病例对照研究，发现SZ患者的肠道菌群明显失调，且微生物的宏量营养素代谢存在异常：SZ患者菌群代谢以蛋白质发酵为主，而健康人的菌群代谢则以碳水化合物发酵和蛋白质合成为主。

2022-02-17

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康禹团队：VTwins可从宏基因组数据中推断致病微生物特征

① 通过模仿遗传学研究中的双胞胎研究，开发出VTwins工具通过将原始队列转化为具有不同表型但分类特征匹配的“双胞胎”样本的配对队列来消除混杂效应；② VTwins在识别致病特征的敏感性方面优于传统方法，通过模拟和经验数据测试发现只需减少10倍的样本量就可回忆起与疾病相关的微生物或途径；③ 与其他16种软件的基准测试进一步验证，发现VTwins在宏基因组研究中处理高维组成数据集和挖掘因果关系的能力和适用性较好。

2023-10-28

康禹+王娟：口腔链球菌噬菌体增多是自闭症典型特征

① 比较研究了自闭谱系障碍(ASD)儿童和正常受试者口腔和肠道中噬菌体群落；② 口腔和肠道中噬菌体分布广，种类多，存在口肠转移，但二者噬菌体组成差异较大，该情况在ASD组中更加显著；③ ASD组口腔噬菌体丰度和多样性显著降低，但链球菌噬菌体非典型性富集，且占主导作用；④ 链球菌噬菌体增加伴随口腔链球菌毒力因子和链球菌富集，与ASD严重程度呈正相关；⑤ 链球菌噬菌体与ASD发病机制和口腔特异性、以及独立于肠道中噬菌体的口-脑互作有关。

2022-11-18

康禹等Science子刊：丁酸代谢菌在类风湿关节炎中发挥重要调控作用

① 相比于健康对照，RA患者肠道菌群中的产丁酸菌显著减少，消耗丁酸菌显著增加；② 粪便丁酸盐水平与RA疾病活动度和畸形关节数量显著负相关；③ 基于特定丁酸代谢菌的丰度，预测ACPA阳性的AUC为0.94，预测关节畸形的AUC为0.986；④ 丁酸盐通过增强对HDAC表达的抑制以及对促炎因子基因的下调，以促进Treg产生，并抑制传统Th细胞产生及破骨细分化；⑤ 小鼠通过膳食补充丁酸盐可促进Tfh细胞和Treg的平衡，减少自身抗体产生，以缓解胶原诱导的关节炎。

2022-02-11

康禹团队：精神分裂症中，肠道菌群的蛋白质发酵增强

① 纳入100名精神分裂症患者（SZ）和52名健康人，SZ肠道菌群中富集了无法代谢碳水化合物的物种，碳水化合物分解代谢途径和酶丰度降低，肽酶丰度增加，但蛋白质摄入显著减少；② SZ粪便中，蛋白质分解产物增多，如氨基酸（AA）、尿素、支链短链脂肪酸和芳香族AA等含氮衍生物；③ SZ菌群的蛋白质合成潜能显著降低，基于AA合成通路和tRNA转移酶丰度构建的诊断模型，AUC分别为85%和91%；④ 粪便AA发酵酶和产物水平与SZ精神症状严重程度正相关。

2022-02-09

王娟+康禹：新方法揭示自闭症肠道菌群的“新”问题

① 提出一种类配对队列策略，将肠道菌群代谢背景相似的自闭症（ASD）患儿和正常儿童进行配对比较，以鉴定ASD相关的菌群代谢通路；② ASD菌群在解毒的酶和通路方面有明显缺陷，主要涉及谷胱甘肽（关键的抗氧化剂和解毒酶辅因子）生成和有机毒素降解；③ 这些解毒酶的丰度与线粒体功能紊乱标志物负相关，提示菌群解毒功能对线粒体有潜在保护作用；④ 基于这些酶的的诊断模型能准确区分ASD和正常儿童（AUC 0.88），且诊断分数与ASD临床评分相关。

2020-10-21

国内团队：微流体芯片+全基因组扩增，助力呼吸道菌群分析

① 采集到的痰液样品使用微流控芯片处理，将杂质与微生物分离以富集微生物，然后在液滴中进行全基因组扩增（这种方法简称为MEEA）；② 模拟样本分析表明该方法效率高，能准确反应微生物组成；③ 临床痰液样本分析表明，MEEA可对微生物reads进行2到14倍富集；④ MEEA检测到的主要病原体，与临床实验检测到的病原体非常一致；⑤ 与直接测序相比，MEEA在菌株水平上表现出更复杂的微生物组和基因组信息，对鉴定原噬菌体和DNA病毒具有较高的敏感性。

2019-05-21

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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者

2023

CAT2T-YAO: A Telomere-to-telomere Assembled Diploid Reference Genome for Han Chinese

GENOM PROTEOM BIOINF, 10.1016/j.gpb.2023.08.001

CAStrain-Level Dynamics Reveal Regulatory Roles in Atopic Eczema by Gut Bacterial Phages

Microbiol Spectr, 10.1128/spectrum.04551-22

2022

CAImplications of oral streptococcal bacteriophages in autism spectrum disorder

NPJ BIOFILMS MICROBI, 10.1038/s41522-022-00355-3

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CAIntestinal butyrate-metabolizing species contribute to autoantibody production and bone erosion in rheumatoid arthritis

Sci Adv, 10.1126/sciadv.abm1511

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CAEnhanced intestinal protein fermentation in schizophrenia

BMC Med, 10.1186/s12916-022-02261-z

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2021

CAGut lactate-producing bacteria promote CD4 T cell recovery on Anti-retroviral therapy in HIV-infected patients

COMPUT STRUCT BIOTEC, 10.1016/j.csbj.2021.05.021

发明专利

痰液样品中病原菌的快速提纯装置及快速提纯方法申请号 : CN201710288471.0发明人 : 康禹 ; 罗春雄 ; 邵长君 ; 吴天 ; 于军 ; 林强 ; 王建 ; 楚亚男 ; 付荣荣 ;

宏基因组提取方法申请号 : CN201210580611.9 发明人 : 任鲁风 ; 王绪敏 ; 楚亚男 ; 高静 ; 谷岚 ; 隋硕 ; 康禹 ; 徐力 ; 袁丽娜 ; 张奕杰 ; 高占成 ; 于军 ;

一种肿瘤细胞疫苗的制备方法申请号 : CN200410080334.0 发明人 : 吴小兵 ; 康禹 ; 彭建强 ;

应用差示文库制备肿瘤疫苗及其应用申请号 : CN02124296.8 发明人 : 康禹 ; 吴小兵 ;

头衔

中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，研究员

教育经历

1999年9月~2002年8月：北京大学医学院，临床医学专业，博士研究生

1991年9月~1996年7月：北京医科大学，临床医学系临床医学专业，学士

工作经历

2023年6月~至今：中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，研究员

2016年1月~2023年5月：中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，副研究员

2012年6月~2015年12月：中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，助理研究员

2010年2月~2012年5月：中科院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室，博士后

2002年8月~2010年2月：本元正阳基因技术有限责任公司，新药研发部，经理

1996年9月~1999年8月：北京大学人民医院，内科，住院医师

主要研究领域与方向

1．医学基因组学

2．基因检测和分析新技术

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陈晓东

苏州大学杰出教授

郭春君

康奈尔大学医学院吉尔·罗伯茨IBD研究所助理教授

刘星吟

南京医科大学特聘教授，江苏省特聘教授