宁康
华中科技大学生命科学与技术学院教授、生物信息与系统生物学系系主任
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
宁康等:microDELTA或可用于解决年龄依赖的人体健康诊断问题
近日,华中科技大学宁康及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究,提出一个基于肠道微生物群落数据使用迁移学习实现的人体健康轨迹追踪框架microDELTA,初步解决了年龄依赖性的人体健康状态诊断问题。总之,该工具可准确追踪人类肠道菌群特定的生命轨迹,较为完善的解决了年龄依赖性的人体健康状态诊断问题,对未来的健康监测与临床实践有着重要意义,值得关注。
01-19
宁康团队:迁移学习模型或可促进基于微生物的跨区域疾病诊断
近日,华中科技大学宁康及其团队在Gut发表最新研究,将迁移学习引入疾病神经诊断模型,“借用”源城市有关疾病的成熟知识,辅助目标城市进行疾病诊断,提高了人工智能在缺乏目标城市微生物群模式信息时的诊断准确性和稳健性。
2022-11-03
宁康团队:分析少数民族菌群,揭示高热量饮食如何通过肠菌引起高血压
近日,华中科技大学宁康、程铭悦与团队在Microbiology spectrum发表最新研究,流行病学调查发现肃南县汉族和裕固族人群高血压患病率是全国平均水平的1.8倍,进一步对153份汉族与裕固族人(81例高血压,72例对照)粪便样品测序,发现在高热量饮食下,高血压个体毛螺菌属丰度显著减少,可能通过降低血清HDL-C水平促进高血压进展。此外,还发现高热量饮食下汉族高血压患者肠道菌群更脆弱。总之,该研究为高热量饮食下探究菌群失调和高血压间的联系提供了新见解。
2022-10-27
陈松林院士+宁康等:肠道菌群介导半滑舌鳎对弧菌病的抵抗力
近日,黄海水产研究所陈松林院士团队联合华中科技大学宁康团队在Microbiome发表文章,利用半滑舌鳎模型研究宿主-菌群相互作用在调节弧菌病抗性中的作用,发现肠道菌群通过微生物-肠道-免疫轴调控宿主免疫稳态和炎症,促进半滑舌鳎抵抗弧菌病的能力。这项研究可促进鱼类水产养殖中具有高抗病性的优良种质的疾病控制和选择性育种。
2022-09-28
宁康等:用DeepMicroCancer诊断癌症类型
① 基于组织和血液样本中微生物数据构建了随机森林和转移学习模型-DeepMicroCancer,用于多种类型癌症的诊断;② 构建组织-组织和血液-血液随机森林模型并评估其预测性能后,发现对模型贡献最大的前10个微生物其贡献得分完全不同,表明癌症患者组织和血液中微生物数据特征存在一定差异;③ 建立了组织-血液模型,发现该模型明显优于血液-血液模型;④ 当样本数量较少时,使用转移学习模型可提高癌症诊断的准确性。
05-04
宁康等:microDELTA或可用于解决年龄依赖的人体健康诊断问题
① 开发了microDELTA框架,基于肠道菌群数据使用迁移学习实现人体健康轨迹追踪,由模型构建和模型适应两部分构成;② microDELTA在准确预测不同分娩方式的婴儿年龄方面优于神经网络模型,特别是针对阴道分娩新生儿;③ 在中国旅行者队列中,microDELTA发现旅行期间长期饮食变化与其肠道菌群相关,而在哈扎狩猎采集队列中发现肠道菌群呈季节性循环;④ microDELTA用于含4个不同地区的年轻人与老年人数据集中,发现老年队列有独特的微生物模式。
01-11
宁康团队:迁移学习模型或可促进基于微生物的跨区域疾病诊断
① 提出一个集成神经网络和迁移学习的机器学习框架,旨在利用源城市的疾病成熟知识辅助目标城市的疾病诊断;② 利用14个城市的7种代表性疾病数据对3个疾病神经网络(DNN)模型进行评估;③ 迁移DNN模型对城市间疾病的诊断准确性(0.829)显著高于独立DNN模型(0.743)和跨城市的区域DNN模型(0.506);④ 迁移学习样本比例超过50%,迁移DNN模型即可比独立DNN模型有更高诊断准确性;⑤ 该机器学习框架可识别特定区域微生物及所有区域共享微生物。
2022-10-28
宁康团队:分析少数民族菌群,揭示高热量饮食如何通过肠菌引起高血压
① 对肃南县1089名汉族和裕固族人流行病学调查显示,高热量饮食模式下,该地区高血压患病率是全国平均水平的1.8倍;② 收集153份汉族与裕固族人(81例高血压,72例对照)粪便样品测序;③ 高血压患者肠道中部分毛螺菌属成员丰度显著降低(与HDL-C正相关,与收缩压、舒张压负相关),血清丁酸含量也较低;④ 产丁酸毛螺菌属可能通过调节载脂蛋白A-IV基因,降低HDL-C 水平,引发高血压;⑤ 相比裕固族,高热量饮食下汉族高血压患者肠道菌群更脆弱。
2022-10-17
陈松林院士+宁康等:肠道菌群介导半滑舌鳎对弧菌病的抵抗力
① 收集弧菌病抗性和易感的半滑舌鳎肠道组织及内容物,进行多组学分析;② 发现抗性组和易感组的肠道菌群组成、功能及宿主基因表达模式显著不同;③ 肠道菌群通过菌-肠道-免疫轴调控宿主免疫稳态和炎症,增强半滑舌鳎对弧菌病的抵抗力;④ 如褐杆菌属通过调节其hdhA和宿主cyp27a1基因在胆汁酸合成途径中上调,其trxA和宿主akt基因在促炎因子合成途径中下调,减轻炎症和疾病感染;⑤ 肠道菌群和宿主基因可作为生物标志物区分抗性和易感的半滑舌鳎。
2022-09-23
宁康团队:利用迁移学习解决多情景下菌群分类问题
① 作者提出一种基于迁移学习的情景感知的菌群分类方法-EXPERT来促进不同环境中的菌群的分类;② EXPERT 可以平衡准确性和效率之间的权衡,从而可以同时达到更高的准确性和效率;③ EXPERT 实现了情景感知的菌群定制分类,并增强了新的微生物知识发现能力;④ 本文作者首先评估了 EXPERT 对 MGnify 中新存储的菌群数据的效率和准确性;⑤ 然后展示了它在不同情景下对群落样本分类的适应性,结果表明,其在广谱背景下的菌群样本分类方面表现出色。
2022-09-19
山东千佛山医院:微生态与代谢失调指示类风湿性关节炎进展
① 类风湿性关节炎(RA)可分为四个临床阶段,患者粪便中单形拟杆菌和普通拟杆菌的耗竭贯穿四个阶段,削弱葡萄糖胺聚糖代谢,导致关节软骨的持续损伤;② RA二、三期阶段,大肠杆菌丰度升高增强了精氨酸琥珀酰转移酶途径,这与类风湿因子的增加有关,可诱发骨质流失;③ 患者的甲氧基乙酸和硫酸半胱氨酸水平异常高,分别在二期抑制成骨细胞,在三期促进破骨细胞功能,促进骨侵蚀;④ 肠道通透性的持续增加可能诱发肠道菌群在四期入侵关节滑液。
2022-08-19
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2022
公开国家发明专利10余项,获得软件著作权6项。
华中科技大学生命科学与技术学院教授
生物信息与系统生物学系系主任
华中学者特聘教授
2019中国肠道大会GPB杂志专场学术大会主席
在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年,作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇,文章总引用超过1500次(Google Scholar)。作为负责人承担多项国家级科研项目,包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
1998年09月-2003年07月 中国科学技术大学计算机系,学士
2003年08月-2008年08月 新加坡国立大学计算机学院生物信息专业,博士
2007年11月-2010年06月 美国密歇根大学,博士后
2010年08月-2015年03月 中国科学院青岛生物能源与过程研究所,副研究员/研究员
2015年04月-至今 华中科技大学生命科学与技术学院,教授
生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用
创新性的微生物组学实验和数据分析
微生物组学数据库系统的开发
基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘
单细胞数据分析方法开发和应用
蛋白组和调控网络等数据分析
大数据分析算法和高性能计算等
中国生物工程学会-计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国遗传学会-生物大数据专业委员会委员
中国计算机学会-生物信息学专业委员会委员等
亚太生物信息学大会(APBC)等国际会议委员
英国生物技术与生物科学研究理事会(UK-BBSRC)、英国自然环境研究委员会(UK-NERC)等基金评委
担任Scientific Reports,Genomics Proteomics Bioinformatics(GPB)等期刊编委会编委
2015年率队获"国际遗传工程的机器设计竞赛"(iGEM) 金奖