在生物信息学和微生物组学领域从事科研工作10余年，作为通讯或第一作者在Gut、Bioinformatics、PLoS Genetics、Plant Cell等高水平学术期刊发表学术论文40余篇，文章总引用超过1500次（Google Scholar）。作为负责人承担多项国家级科研项目，包括国家科技部十二五863课题、十三五重大研究计划课题、国家自然科学基金委面上项目和中德中心合作项目等。
生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用
创新性的微生物组学实验和数据分析
微生物组学数据库系统的开发
基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘
单细胞数据分析方法开发和应用
蛋白组和调控网络等数据分析
大数据分析算法和高性能计算等
中国生物工程学会-计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国遗传学会-生物大数据专业委员会委员
中国计算机学会-生物信息学专业委员会委员等
亚太生物信息学大会（APBC）等国际会议委员
英国生物技术与生物科学研究理事会（UK-BBSRC）、英国自然环境研究委员会（UK-NERC）等基金评委
担任Scientific Reports，Genomics Proteomics Bioinformatics（GPB）等期刊编委会编委
