余光创 | 热心肠智库

余光创

南方医科大学生物信息学系主任

2017年12月在香港大学获得博士学位，2018年9月任南方医科大学基础医学院生物信息学系教授，2019年7月起任生物信息学系副主任（主持全面工作），2021年5月起任生物信息学系主任。

主页介绍成果

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33位热心肠智库专家入选2022”中国高被引学者”榜单

分属理学、工学、农学、医学四大学科领域

03-29

余光创等：深度挖掘微生物组的综合R包——MicrobiotaProcess

南方医科大学基础医学院余光创团队在The Innovation上发表了最新研究，其团队开发的MicrobiotaProcess中定义了一个可以更好地整合上游输入数据与下游输出结果的MPSE数据结构，并基于此开发了整洁统一的分析功能模块，促进了微生物组学数据的管理与可重复分析。

03-04

iMeta：余光创团队开发ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构

2022年9月28日，南方医科大学基础医学院余光创团队在iMeta在线发表了文章。该文章设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。

2022-12-21

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余光创等：深度挖掘微生物组的综合R包——MicrobiotaProcess

① 为了改善微生物组学下游数据的整合与探索分析，MicrobiotaProcess中定义了MPSE数据结构，从而更好地整合输入数据与中间结果；② MicrobiotaProcess基于tidy framework开发了一系列微生物组学分析功能模块，方便用户自由高效可重复地探索微生物组学数据；③ MicrobiotaProcess提供了许多可视化方法，方便用户快速呈现不同数据整合的清晰、有意义的可视化结果，进而为相关的生物学问题探索提供帮助。

02-02

iMeta：余光创团队开发ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构

2022-09-28

国内团队：绝经后骨质疏松与肠道菌群及其代谢物的关系

① 纳入33名绝经后骨量减少患者、42名绝经后骨质疏松（PMO）患者及31名健康绝经后女性，进行粪便菌群测序及代谢组学检测；② PMO患者的骨密度和雌激素水平显著降低，骨转化标记物显著升高；③ PMO患者肠道菌群的丰富度和多样性降低，与腰椎BMD显著相关；④ PMO患者的粪便代谢谱失调，N-乙酰甘露糖胺升高，与骨密度负相关，并与细菌变化密切相关；⑤ 骨转化标记物与骨量减少患者中富集的Allisonella菌属、克雷伯菌属和巨球形菌属正相关。

2020-05-11

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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者

2022

CAExploring Epigenomic Datasets by ChIPseeker

Current Protocols in Bioinformatics, 10.1002/cpz1.585

CACharacterization of toxin-antitoxin systems from public sequencing data: A case study in Pseudomonas aeruginosa

FMICB, 10.3389/fmicb.2022.951774

CAStemness Analysis Uncovers That The Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Signaling Pathway Can Mediate Fatty Acid Homeostasis In Sorafenib-Resistant Hepatocellular Carcinoma Cells

FRONT ONCOL, 10.3389/fonc.2022.912694

CAggmsa: a visual exploration tool for multiple sequence alignment and associated data

BRIEF BIOINFORM, 10.1093/bib/bbac222

CAAltered Gut Microbiota as an Auxiliary Diagnostic Indicator for Patients With Fracture-Related Infection

FMICB, 10.3389/fmicb.2022.723791

2021

CAUse ggbreak to Effectively Utilize Plotting Space to Deal With Large Datasets and Outliers

Front Genet, 10.3389/fgene.2021.774846

头衔

南方医科大学生物信息学系主任

简介

主要研究领域与方向

微生物组学、肿瘤演化、生物信息学软件工具开发

其他社会职务

Bioinformatics, Nucleic Acids Research, Briefings in Bioinformatics等期刊审稿人

所获荣誉

2020中国高被引学者

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