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物种注释
文章数:2篇
16S rRNA全长
Nature子刊:Emu或可实现16S rRNA全长牛津纳米孔测序数据的物种级微生物群落分析
基于16S rRNA的分析是解析微生物群落组成的常用方法,通过16S rRNA基因全长测序有可能提供物种级的注释结果,但现有的分类注释算法没有很好的对读长增加和错误率问题进行优化。近日,美国莱斯大学研究人员在Nature Methods发表最新研究,他们开发了Emu,一种专为高错误率16S rRNA全长度数据定制、基于参考数据库的微生物群落分析工具。通过与一个已建立的全基因组测序流程产生的临床样本组成比较,说明了Emu的实际应用。此外,将Emu与现有7种16S分析软件比较,发现Emu在属和种水平上的分析准确性最佳,但目前该工具仍需要进一步优化。
16S rRNA全长
Emu
研究论文
基础研究
生物信息学流程
UNITE
真菌鉴定ITS数据库UNITE—处理未分类和并行分类
UNITE(https://unite.ut.ee)是一个真菌分子鉴定数据库和序列管理环境。它的目标是形成正式的真菌条形码-核糖体内部转录间隔区(ITS)区域-并提供所有~1,000,000公共真菌ITS参考序列。其也是一系列扩增子(宏条形码)分析流程的数据提供者,定期与所有主要真菌序列数据库和其他社区资源交换数据。最近的改进包括重新设计对不可分类假定物种的处理方案,整合了全球生物多样性信息设施的分类主体,以及支持不限制数量的并行计算分类系统。
UNITE
数据库
物种注释
FUNGuild
ITS序列