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Dylan G Maghini
文章数:3篇
菌群定量
Nature子刊:微生物组检测中样本不同保存方式会引起较大偏差?
准确测量肠道菌群对于了解肠道微生物群与人类健康间的关系至关重要,但在样品处理中的偏差,从样品保存到文库制备,都会影响测量精度。近日,斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究,采集10名受试者粪便用直接冻存、OMNIgene和Zymo保护液3种方式保存后测序,发现样品储存可能会导致观察到的微生物测量值存在显著差异,其中OMNIgene保存液对样本DNA降解最小,还产生最高的总微生物载量估计值,推荐用于长时间运输或暴露在高温下的大型队列研究和绝对定量试验,而Zymo试剂盒可能更适合收集后立即冷冻的样品或用于计划评估宏转录组的研究,值得关注。
菌群定量
误差
研究论文
基础研究
标准化
长读长测序
Nature子刊:人类肠道微生物组的高分子量DNA提取、纳米孔测序和宏基因组组装方法
人类肠道微生物组的短读长宏基因组测序和从头基因组组装可产生细菌基因组草图,而无需分离和培养。虽然长读长测序已成功应用于装配连续的细菌分离体基因组,但从粪便样本中提取足够分子量、纯度和数量的DNA进行宏基因组测序仍是一个挑战。在此,作者提出了一种从人类粪便样本中提取微克量的高分子量DNA的方案,该方案适用于下游长读长测序的应用。作者还推出了Lathe (www.github.com/bhattlab/lathe),这是一种用于长读长碱基检出,装配,长读长或Illumina短读长的一致细化和基因组环化的计算工作流程。总而言之,此方案可以在大约10天内,从2 d的动手实践和计算量下从复杂的人类肠道样本中产生高质量的连续或环状细菌基因组。
长读长测序
宏基因组学
人类肠道微生物组
高分子量DNA
生物信息学
三代测序
Nature子刊:超长DNA片段提取助力纳米孔测序对复杂环境单菌基因组的组装
基于二代测序让我们对复杂环境微生物群落组成和功能有了进一步的认识,然而更深层次的研究就需要从复杂环境中组装得到完整基因组,虽然三代测序准确率有待提升,但是却帮助我们将序列读长扩展到足够用的地步,可我们却还是无法从复杂环境中得到可用于三代测序的大片段DNA。因此,从复杂环境中组装完整基因组的工作,从样本提取就开始困难重重,本文提出了一整套方案,从样本提取到下游的生物信息学分析,带我们跨越障碍,组装高质量基因组。
三代测序
纳米孔测序技术
DNA提取方法
长片段DNA提取
混合组装