Willem van Schaik

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基于宏基因组测序数据中噬菌体鉴定工具的基准测试

随着高通量测序技术的快速发展，在宏基因组数据集中预测噬菌体序列已经成为一个相当热门的话题，促进了多种新型生物信息学工具的发展。近日，英国伯明翰大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用人工重叠群、模拟和真实数据对十种宏基因组病毒识别工具进行基准测试，发现在人工重叠群和模拟数据中各工具的F1得分差异较大。除Seeker之外，所有工具都能够产生与原始病毒种群具有相似指数的多样性谱，因此适用于噬菌体生态学研究。此外，作者建议当识别新的噬菌体时，Kraken2应该与VirSorter2和DeepVirFinder等工具结合使用，值得关注。

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