Yiming Huang

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Yiming Huang

文章数：4篇

Nature子刊：自动化+机器学习，助力大规模微生物培养

虽然测序技术的快速发展极大促进了研究人员挖掘微生物“暗物质”，但在微生物实验和机理研究方面培养组学仍然发挥着关键作用，传统的培养组学方法存在劳动密集型、规模化小、缺乏表型-基因型的整合等问题。近日，美国哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学（CAMII）平台，利用菌落形态学和基因组数据，可最大限度提高分离的微生物多样性，并能有针对性地挑选特定的菌属。总之，该研究为深入挖掘复杂生态样品中微生物“暗物质”提供了新的指导和见解，值得关注。

机器学习高通量培养组学研究论文基础研究自动化

Cell：好菌换坏菌！高脂高糖如何破坏Th17免疫介导的代谢平衡

Cell重磅上线的文章，研究并阐述了在高脂饮食（HFD）诱导的肥胖（DIO）、代谢综合征和糖尿病前期情况下，动物肠道菌群、营养与免疫的复杂互作。揭示了以分节丝状菌SFB为代表的肠道共生菌诱导的Th17细胞具有代谢平衡和肠道保护作用。正常情况下脂质的吸收主要发生在空肠，HFD造成更多的脂肪进入回肠末端。此时Th17-IL-17是否能正常发挥功能，抑制CD36介导的上皮细胞脂质吸收就成了关键。文章内含海量数据，在菌群、营养成分和免疫端均有新发现，推荐阅读。

Th17免疫高脂高糖诱导的菌群失调研究论文

具核梭杆菌

具核梭杆菌分泌淀粉样FadA增强致病性

具核梭杆菌（Fn）是一种革兰氏阴性的口腔共生菌，广泛存在于各种人类疾病中。但目前还不清楚这种常见的共生体是如何转化为致病性的病原体的。EMBO Reports近期发表的文章，发现压力和疾病状态下，Fn分泌具有淀粉样特性的粘附素（FadA），增强毒力，进而诱导小鼠牙周骨丢失，促进结直肠癌的进展。研究提出了Fn在牙周病和大肠癌中的致病机制，并提示抗淀粉样蛋白或可作为Fn介导疾病过程的干预措施。

具核梭杆菌致病性牙周病大肠癌

Nature子刊：宏基因组研究中取样和技术重复对时间和空间下物种丰度变化的影响

宏基因组测序已经能够对不同的微生物群落进行详细调查，但了解它们的时空变异仍然是一个重要的挑战。本文采用绝对定量、技术重复、不同取样部分的连续时间实验，经过方差分解法确定了各影响因素对不同丰度OTU丰度变化的影响大小，对我们研究中差异OTU的选择、丰度与差异可视度的关系、结果的评估有非常好的参考和借鉴意义。

宏基因组 Shivani Sahni Courtney L Millar