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Chuqing Sun
文章数:4篇
肠道噬菌体
陈卫华+赵兴明+刘智:大规模解析人类肠道噬菌体的DNA甲基化
DNA甲基化在噬菌体的生存中起着至关重要的作用,但对其基因组甲基化的理解仍然有限。近日,华中科技大学陈卫华和刘智、复旦大学赵兴明、欧洲分子生物学实验室Peer Bork及团队在Advanced Science发表最新研究,使用单分子实时测序分析了来自104个粪便样本的近9000个宏基因组组装的高质量噬菌体的DNA甲基化模式,发现肠道噬菌体普遍存在甲基化,进一步分析揭示广泛的DNA甲基化与其编码的甲基转移酶有关,值得关注。
肠道噬菌体
甲基化
研究论文
基础研究
单分子实时测序
人类肠道菌群数据库
陈卫华+赵兴明+赫丽杰:实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2
GMrepo 是一个精心设计和一致注释的人类肠道宏基因组数据库,其主要目的是提高人类肠道宏基因组数据的可重用性和可访问性,并实现跨项目和表型比较。华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、中国医科大学人民医院赫丽杰作为共同通讯作者,在Nucleic Acids Research发表文章,介绍了 GMrepo 的更新版本GMrepo v2,在这个新版本中,作者收集了更多的项目、运行/样本和表型。最重要的是,作者添加了疾病标记识别和已识别标记的跨项目/表型比较。GMrepo v2 可在以下网址免费获得:https://gmrepo.humangut.info。
人类肠道菌群数据库
疾病标志物
宏基因组学测序
表型
数据库
陈卫华+刘智+赵兴明:人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap
华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者,在Nucleic Acids Research发表文章,报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释,并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性,并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本,以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率,mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问:https://mbodymap.microbiome.cloud。
数据库
可视化
跨数据集
人体菌群
宏基因组数据库
国内团队:人类肠道宏基因组数据库——GMrepo
华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、辽宁省人民医院赫丽杰日前联袂在《核酸研究》上发表了一个经人工矫正的人肠道宏基因组数据库。数据库整合了来自于多个公共数据库的结果,进行了一致化的处理,并添加了经核对的相关元数据。数据库收录了58903个样品,对于质控合格的样品,提供了预先计算好的物种丰度、相关性和菌株共现性网络等结果查询。数据库界面清爽,响应迅速,除了图形化查询生成器还提供了R/Python/Perl语言的API接口,方便不同背景的研究者使用。
宏基因组数据库
宏基因组学
生物信息学数据库
人肠道菌群