Nikos C Kyrpides

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Nikos C Kyrpides

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Nature：全面解析微生物组蛋白多样性和功能暗物质

目前对微生物组蛋白多样性的了解，主要基于已知参考基因组和由这些基因组推导出的蛋白家族，而无法映射到参考数据库的序列则成为被忽视的“功能暗物质”。为了解决这一问题，Nature最新发表的一项研究开发了一种计算方法，以不依赖于参考基因组的方式，从宏基因组和宏转录组数据中鉴定新的蛋白家族，极大地拓宽了已知的微生物蛋白及其功能的多样性。

微生物组

IMG/VR v4：用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新

自2020年11月发布IMG/VR v3后（由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成），最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新，IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合，共包含有1500万个病毒基因组，相比上一个版本，增加了约6倍。同时，IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法，以及相关界面的优化。总之，该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合，有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性，值得关注。

病毒组数据库研究论文基础研究生物信息学分析