Shuai Gao

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北大团队：晚期转移性大肠癌的单细胞多组学研究

结直肠癌（CRC）是全球癌症相关死亡的第二大原因，在CRC患者中，转移是肿瘤引起死亡的主要原因。近日，北大汤富酬、北大第三医院付卫及团队在Genome Medicine上发表最新研究，对12名转移性CRC患者的相邻正常组织、原发性和转移性肿瘤进行多组学测序，发现与正常上皮细胞相比，PPAR信号通路在肿瘤上皮细胞中异常上调。此外，携带更多拷贝数变异并位于原发性肿瘤中心区域的亚克隆似乎转移到远端器官的机率更大。总之，该研究通过整合多组学数据，深入探究了点突变与基因表达模式间的关系，值得关注。

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北大团队：单细胞测序系统评估大肠癌类器官培养体系

结直肠癌是全球最常见的癌症之一，如今，研究人员利用患者的肿瘤组织构建类器官体系已成为研究肿瘤发生分子机制的常用手段。近日，北京大学汤富酬与北京大学第三医院付卫及团队在Genome Biology发表最新研究，采集7名结直肠癌患者体内肿瘤组织和癌旁正常组织，通过体外培养构建了对应的类器官模型。基于转录组、基因组和DNA甲基化组发现两种现有的培养体系中的肿瘤类器官可以较好维持患者体内癌细胞的关键生物学特征，且条件培养基在肿瘤类器官长期培养方面优于化学成分确定的培养基。总之，该研究为系统评估结直肠癌类器官培养系统，解析类器官与体内癌细胞间异同提供了新见解。

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国内团队：家族性腺瘤性息肉病如何产生癌变？

家族性腺瘤性息肉病（FAP）是一种常染色体显性遗传综合征，FAP患者在结肠和直肠会发生数百至数千个腺瘤，若不加治疗将不可避免地发展为腺癌。FAP主要由腺瘤性息肉病基因（APC）遗传突变引起。APC是一种调节细胞粘附和迁移、维持基因组稳定和凋亡的抑癌基因。其最重要的作用是通过介导WNT信号通路的关键成分CTNNB1的降解来负调控WNT信号通路。约85%的非FAP散发性结直肠癌（CRCs）具有体细胞APC突变。从散发性CRC中只能收集一个病灶，与之不同的是，在FAP进化的不同阶段均可收集到病灶。因此，FAP可作为追踪结直肠癌变的一个理想模型。来自北京基因组学高级创新中心、北京大学第三医院的汤富酬及付卫研究团队在Gut杂志发表一项最新研究，利用全外显子组、全基因组和单细胞测序等方法研究癌前腺瘤向癌的遗传改变和转录组的转变。结果显示，先前报道的癌变模型中描述的过程也发生在FAP患者中，并可促进FAP患者相邻病灶形成，且碳水化合物代谢的重编程已经发生在癌前腺瘤阶段。该研究提供了在致癌启动和进展中（尤其从腺瘤到癌的过渡中）的一个准确的基因组和转录组景观。

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付卫+汤富酬+乔杰等：单细胞三重组学测序解析结直肠癌

北医三院付卫、乔杰和北大汤富酬与团队共同完成的研究，近期在Science发表。该研究通过单细胞三重组学测序技术，对结直肠癌（CRC）细胞在单细胞层面进行基因组、甲基化组和转录组分析，构建癌细胞的遗传谱系，揭示了CRC的内部异质性，以及基因组、甲基化组和转录组间的关联，为预测CRC耐药性、指导靶向和免疫治疗等奠定基础。

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