Georgios A Pavlopoulos

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Georgios A Pavlopoulos

文章数：7篇

Nature：全面解析微生物组蛋白多样性和功能暗物质

目前对微生物组蛋白多样性的了解，主要基于已知参考基因组和由这些基因组推导出的蛋白家族，而无法映射到参考数据库的序列则成为被忽视的“功能暗物质”。为了解决这一问题，Nature最新发表的一项研究开发了一种计算方法，以不依赖于参考基因组的方式，从宏基因组和宏转录组数据中鉴定新的蛋白家族，极大地拓宽了已知的微生物蛋白及其功能的多样性。

微生物组

NMPFamsDB：来自微生物宏基因组和宏转录组的新型蛋白质家族数据库

近20年的宏基因组数据和宏基因组分析，仍然没有真正的分析透来自宏基因组本身的蛋白质家族，到目前为止，我们所知道的蛋白质家族中有很大一部分（约30%-50%）仍然没有任何已知的功能。近日，雅典国立和卡波迪斯蒂安大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，构建了一个新型宏基因组蛋白家族的公开数据库（NMPFamsDB；https://bib.fleming.gr/NMPFamsDB），极大地扩展了目前参考基因组中已知蛋白质序列簇的数量，值得关注。

NMPFamsDB 蛋白质家族数据库研究论文基础研究序列比对

Cell：挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白

受计算机和试验方法所限，小蛋白常因难以检测而研究中被忽视。Cell本期发表的一项重磅研究，通过计算机方法，对人体宏基因组中潜在的小蛋白进行了大规模分析和鉴定，揭示出菌群含有的大量未知小蛋白及其多样化的功能，对于进一步挖掘菌群功能有重要意义。

小蛋白 Microbiome small proteins bacteria Genome

Nature子刊：瘤胃细菌/古菌基因组再添410个

瘤胃菌群对反刍类家畜的生长有重要作用，Hungate1000项目启动于2012年，收集了来自20多个国家、多种动物的瘤胃微生物培养物，已完成410个细菌和古菌的基因组测序、组装和注释，成果在Nature Biotechnology[IF：41.667]发表，对瘤胃菌群研究的重要意义无需多言。

瘤胃菌群 Computational biology and bioinformatics Ecology Genome microbial ecology

参考基因组

Nature子刊：迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据

Nature Biotechnology[IF：41.667]在本月发布的迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据，这是菌群数据库的一个重大进展，必须值得关注。

参考基因组

宏基因组序列

Science：利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构

最近关于利用结构生物学做肠道菌群相关研究的文献多了起来，这篇特别介绍利用宏基因组序列数据预测蛋白质结构，非常值得看一看。

宏基因组序列 Rosetta结构预测结构生物学 Ryan T Demmer Ryan T Demmer

Nature：人类已发现12.5万多个病毒基因组

Nature的最新文章，原题是“Uncovering Earth's virome发现地球上的病毒组”，很显然，不管你是关注环境里的病毒，还是口腔、肠道里的病毒，这篇文章属于必看的收藏文。

病毒组噬菌体 Maria Kyrgiou Anna-Barbara Moscicki