Mads Albertsen

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文章数：6篇

三代测序技术

Nature子刊：基于三代测序的宏基因组分析助力完整微生物进化研究

微生物是自然界中种类繁多的一类生物，与人类健康、环境等均有这密切的关系，然而由于此前技术的限制，人们对于微生物的鉴定和认识远远低于自然界实际的微生物种类和数量，因此构建微生物的完整的进化树更是镜花水月。近年来随着三代测序技术的的成熟和实施成本的大幅下降，基于三代测序的宏基因组技术已经开展在微生物学领域的研究，成为有效鉴定微生物的研究方法，使得很多此前无法开展的研究具有了可能。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Methods的评论就三代宏基因测序技术的出现对研究微生物进化方面进行了评述，对于该技术在该领域的作用进行了前瞻性预测。

三代测序技术宏基因组学细菌与古细菌基因组百科全书 GEBA 其他

纳米孔测序

Nature子刊：纳米孔R10.4测序无需矫正，可获得更高水平的细菌基因组

Oxford Nanopore测序平台具有高通量、信息丰富、平台设备多样化的特点。纳米孔测序无读长限制，能够对包括短读长在内的任何DNA序列片段进行测序。纳米孔测序的准确度一直被大家关注，研究人员也通过不断更新纳米孔设计和改造马达蛋白酶来提高测序准确度。近日，丹麦奥尔堡大学在Nature Methods发表最新研究，他们通过模拟数据测评了R9.4.1和R10.4纳米孔芯片产生的数据，发现R10.4组装精度提升，主要归结于对均聚物处理能力的提高。此外，R10.4可从纯培养物或宏基因组数据中生成更高水平的细菌基因组，而无需短读长序列校正。但是R9.4.1纳米孔芯片的数据产出量大和成本较低，因此，目前选择R9.4.1加Illumina短读长测序校正的性价比更高，值得相关人员进一步关注和测试。

纳米孔测序细菌基因组研究论文基础研究牛津纳米孔测序

Nature子刊：三代测序实现高精度的长读长扩增子测序

丹麦奥尔堡大学Mads Albertsen研究团队近日取得一项新成果，他们使用Nanopore或PacBio测序的独特分子标识技术完成了高精度长读长扩增子测序。相比于短读长测序技术，针对基因组长区域的高通量扩增子测序仍具有挑战性。在本研究中，研究人员开发了一种高通量扩增子测序方法，该方法结合了独特分子标识（UMIs）与牛津纳米孔技术（ONT）或Pacific Biosciences环形共有序列，可获得大基因组区域内高精度单分子共有序列。

分子标识牛津纳米孔技术长读长嵌合体单分子

饮用水菌群

是时候关注饮用水微生物组了

世界各地的自来水中含有大量的微生物，据估计每升水中含有的微生物细胞个数可在10^6-10^9之间。这些微生物与饮用水的质量和公共卫生风险密切联系，但是对其生物学特性的研究仍然较为滞后。《Trends in Microbiology》发表观点文章，提议有必要关注饮用水菌群。

饮用水菌群 Microbiome meta-omics Drinking water microbial ecology

微生物分类

Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法

小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）基因，如细菌中的16S和真核生物的18S，是微生物的分子“身份证”，常用于微生物多样性和分类等研究。传统方法难以避免扩增引物偏倚性对结果的影响，而对SSU rRNA进行全长测序可以消除这种局限性，更准确的鉴定微生物。本期Nature Biotechnology[IF：41.667]发表的研究，通过巧妙的设计，用高通量方法获得高质量的SSU rRNA全长序列而无需特异引物。该方法或可在未来的菌群研究中得到广泛应用，强烈推荐。

微生物分类小亚基核糖体RNA 引物偏差高通量 Classification and taxonomy

厌氧分解池

FM：处理废弃活性污泥的厌氧分解池中的主要发酵细菌

这是一篇关注处理废弃活性污泥中的菌群的研究，特别推荐关注环境微生物的人士阅读。

厌氧分解池厌氧绳菌科废弃活性污泥 Robert E Beardmore Robert E Beardmore