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Christopher Quince
文章数:9篇
metaMDBG
Nature子刊:适用于PacBio HiFi数据组装的工具metaMDBG
长读长测序技术,如PacBio HiFi,正在迅速成为基因组学研究的新黄金标准。近日,研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究,开发出metaMDBG,一个基于MDBG的长而准确的宏基因组读取组装工具,相比现有的工具,metaMDBG组装速度更快,占用内存较小,实测性能较好,值得关注。
metaMDBG
HiFi测序
研究论文
基础研究
宏基因组
抗生素
Nature子刊:抗生素对人类肠道微生物组耐药性的影响
抗生素的广泛使用推动了病原微生物耐药性的进化,既增加了微生物耐药性基因(ARGs)的流行率,又通过水平基因转移在物种间传播。然而,ARGs对于人体相关的更广泛的共生微生物群落的影响还不太清楚。近日,韩国中央大学研究人员在Nature Communications发表最新研究,通过人体不同部位微生物组宏基因组样本,评估ARGs在种群水平上的影响,发现ARGs的新颖性、种类及多样性和人体采样点、国家、抗生素使用有关,还发现人体肠道ARGs可能存在两种不同的抗性型,值得关注。
抗生素
耐药基因
研究论文
基础研究
宏基因组组装基因组 (MAG)
宏基因组组装基因组(MAGs)
STRONG:宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法
本研究引入了一种新方法 STRONG(Strain Resolution ON Graphs),用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量,以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列,以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型,避免了基于变分方法的局限性。
宏基因组组装基因组(MAGs)
单拷贝核心基因
贝叶斯算法
单倍型
序列
长读长
Strainberry:使用长读长在低复杂度宏基因组中自动分离菌株
该研究,作者提出了一种使用易错配的长读长技术在低复杂度宏基因组中执行菌株分离的方法。其利用最先进的工具进行变体识别、单倍型定相和基因组组装,作者提出了一个名为 Strainberry 的自动化流程。它以比其他最先进的长读长组装工具更高的质量实现了菌株的单样本组装。Strainberry 结合了忽视菌株的组装程序,精心使用了长读长变体识别和单体型工具,然后是一个执行长读长宏基因组scaffolding的组件。作者在合成群落和真实样本上测试,结果表明其对现有长读长宏基因组样本的重新分析揭示了未表征的菌株。作者预计这项工作将成为在更复杂的环境中进一步改进菌株水平的宏基因组组装方法的起点。
长读长
宏基因组组装
菌株分离
细菌群落
N50
抗生素耐药菌
人类引起环境中的抗生素耐药基因爆发,原因何在?
人类活动可影响环境中的细菌耐药组,但这是否是源于人体耐药菌的直接增殖,尚不清楚。Microbiome发表的这项研究表明,人粪便中的耐药菌携带的抗生素耐药基因,能转移至环境中的近亲细菌中,从而可能造成了环境耐药组的爆发。
抗生素耐药菌
antibiotic resistance
Antibiotic resistance gene
Resistome
mobile genetic element
人类微生物组
Cell:9428个人体宏基因组!探索全球人类微生物组中的广大未知
Cell发表的一项微生物组最新研究,对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位(粪便、口腔、皮肤和阴道)的9428个人体宏基因组进行大规模组装,发现了大量的未知微生物物种和基因组,使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍,大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知,将为后续研究——特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究,提供很大助力。
人类微生物组
human microbiome
metagenomics
metagenomic meta-analysis
metagenomic assembly
肠型
Nature子刊:利用“肠型”对肠道菌群进行分类
这是Nature Microbiology发表的重要文献,包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家,针对“肠型”这个概念进行了新的探讨,以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖,我们仅简要介绍。特别推荐!
肠型
Trevor Beaudoin
Charles M Deber
宏基因组
Nature子刊:宏基因组研究超强综述——从取样到分析
此文是Nicola Segata领衔创作的宏基因组分析综述,是目前我所见到的指导宏基因组实验和分析最好的综述。Segata本人及其团队在宏基因组分析领域编写了最多的主流软件,如LEfSe、MetaPhlAn2、HUMAnN2(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055870103)和GraPhlAn等,而且还表发了众多顶级宏基因组研究文章,如《Cell:9428个人体宏基因组!探索全球人类微生物组中的广大未知》(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1047831920)、《Nature子刊:跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物》(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066677273)等。此文发表近2年,引用200+次,是CNS平均引用的2.5倍多,足以见此文的重要性。
宏基因组
系统综述
实验设计
宏基因组拼接
宏基因组分箱
UCHIME:快而准的嵌合体检测方法
Robert C. Edgar一作兼通讯的文章,也有行业第一高引大佬Rob Knight参与。2011提出了扩增子分析中嵌合体检测的新方法,一直延用至今,经久不衰。截止2019年7月Google学术统计引用高达6500多次。此步骤是扩增子分析中的必备环节,是众多扩增子分析流程调用的默认方法。关于嵌合体的介绍,参阅:http://www.drive5.com/usearch/manual/chimeras.html
Louise E Olofsson
Christina N Heiss