Andrew Maltez Thomas

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Andrew Maltez Thomas

文章数：11篇

Nature Reviews：微生物领域常用的机器学习方法（综述）

机器学习是非常广泛的学科，现已越来越多的用于微生物学的研究。微生物学家往往缺乏相应的统计学和理论背景，而机器学习发展至今已达到无需理解其基础理论即可使用的程度。Nature Reviews Microbiology的这篇综述向微生物学家介绍了常见的用于微生物学研究的机器学习方法，值得有兴趣的读者阅读！

Nature Reviews：肠道肿瘤菌群特征及其潜在应用（综述）

Nature Reviews Clinical Oncology上发表的一篇综述，详细介绍了不同癌症患者之间共享的肠道肿瘤菌群特征，并讨论了肠道肿瘤菌群特征与免疫及代谢的关联，以及肠道肿瘤菌群特征用于预测免疫检查点抑制剂疗效的潜力。

肿瘤菌群综述肿瘤免疫治疗生物标志物

晚期黑色素瘤

Nature子刊：肠道菌群与免疫检查点抑制剂的临床反应相关

肠道微生物组的组成与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的临床反应有关，但是与ICI临床益处相关的特定微生物组特征还缺乏认知。Nature Medicine近期发表的文章，通过对晚期黑色素瘤患者接受ICI治疗前的粪便样本进行测序分析，同时整合之前发表的数据集，发现肠道微生物组的组成与ICI的临床反应具有相关性，但是呈现队列之间的差异性，没有一个物种在所有队列中是完全一致的。

晚期黑色素瘤肠道菌群人群队列数据

肿瘤免疫治疗

Nature子刊：肠道Akk菌丰度或可预测肺癌患者对免疫治疗的应答

除了PD-L1的表达之外，目前缺乏非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫检查点抑制剂（ICI）应答的其它生物标志物。Nature Medicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，在338名接受一线或二线PD-1/PD-L1单抗治疗的NSCLC患者中发现，治疗前的粪便菌群中的Akk菌丰度与预后（客观应答率及总生存期）相关，其中，Akk菌的存在与更好的预后相关，但过高的Akk菌丰度（与抗生素使用相关）与较差的预后相关。

肿瘤免疫治疗研究论文 AKK菌非小细胞肺癌疗效预测标志物

菌群与癌症治疗

肠道菌群或影响早期乳腺癌的临床治疗及副作用

Cell Death and Differentiation上发表的一项最新研究，招募76名早期乳腺癌患者收集121份粪便菌群样本进行菌群分析。结果发现，早期乳腺癌患者中，特定的肠道菌群有富集现象，且负向地影响患者的预后，化疗会影响肠道菌群组成，与治疗引起的副作用如体重增加、神经病症等有关。此外，研究人员通过菌群移植的实验证明，肠道菌群的变化不仅仅与BC的进展有关，而是以致病的方式影响疾病的进程。

菌群与癌症治疗乳腺癌前瞻性队列研究研究论文化疗

Nature子刊：分析1000+人，鉴定菌群、饮食和代谢的关系

肠道菌群受饮食调控，并能影响宿主的代谢健康，三者之间存在着非常复杂的关联。Nature Medicine近期发表的一项新研究，对英国和美国2个队列的1098人进行了分析，深入探究了肠道菌群特征与心血管代谢和习惯饮食之间关系，值得专业人士仔细研读。

肠道菌群饮食-菌群互作心血管代谢

粪便菌群组成+粪便小RNA谱，或可用于结直肠癌诊断

来自mSystems上发表的一项最新研究，结合粪便菌群组成（细菌DNA）与粪便小RNA（包括人源RNA及细菌源RNA），可较好地区分出结直肠癌患者与健康人，以及结直肠癌患者与腺瘤患者。

结直肠癌 gut microbiome human stool samples small RNAs microRNAs

微生物组多样性

微生物组研究中多层次的未知

微生物组研究已取得很大进展，但仍有大量未知等待人们去探索。BMC Biology近期发表的一篇评论短文，对微生物组多样性研究中存在的多个层次的未知进行了探讨，值得关注。

微生物组多样性

丁酸盐通过缺氧诱导因子缓解艰难梭菌感染

抗生素治疗引起小鼠肠道菌群多样性、短链脂肪酸下降与艰难梭菌感染相关。《Cell Reports》近期发表研究，发现丁酸盐通过激活转录因子HIF-1，保护肠道上皮细胞完整性、降低肠道屏障通透性、抑制肠道细菌易位，从而降低艰难梭菌感染中的炎症反应。该结果对于阐释短链脂肪酸的肠道稳态保护作用具有参考价值。

短链脂肪酸

丁酸盐通过缺氧诱导因子缓解艰难梭菌感染

抗生素治疗引起小鼠肠道菌群多样性、短链脂肪酸下降与艰难梭菌感染相关。《Cell Reports》近期发表研究，发现丁酸盐通过激活转录因子HIF-1，保护肠道上皮细胞完整性、降低肠道屏障通透性、抑制肠道细菌易位，从而降低艰难梭菌感染中的炎症反应。该结果对于阐释短链脂肪酸的肠道稳态保护作用具有参考价值。

短链脂肪酸艰难梭菌感染 Short chain fatty acids microbiota Hypoxia

Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物

不少研究报道了肠道菌群与结直肠癌（CRC）之间的密切关系，但在不同队列和人群之间是否存在通用的菌群诊断标志物，仍需进一步探究。《Nature Medicine》刚刚上线的一项研究，对涉及5个国家人群的已报道的队列和意大利的2个新队列的粪便宏基因组数据集，进行了荟萃分析，鉴定出在不同人群间共通的CRC相关肠道菌群组成和功能特征，构建了含16个物种的CRC疾病预测模型，并在两个额外的队列数据中得到验证。该研究再次证实了，不同人群中的CRC菌群特征存在异质性，但综合分析多个队列获得的菌群标志物，能提高诊断准确性。这些发现对于用菌群标志物进行疾病诊断，以及研究菌群成员在CRC中的潜在作用，均有参考价值。

结直肠癌肠道菌群 Cancer genomics colorectal cancer Microbial communities