2024-2025中国肠道菌群研究十大成果 | 《热心肠日报》年度榜单

热心肠研究院榜单

热心肠小伙伴们 2025-06-25

本篇发布“中国肠道菌群研究十大成果”。

过去的一年里，全球肠道领域的研究成果颇丰，取得了许多令人瞩目的进展。2025年肠道大会之际，我们基于《热心肠日报》中收录的2024年5月以来的一年期间（2024年5月1日至2025年4月30日）发表的肠道相关领域论文，进行了多维度评选，形成了《热心肠日报》2024-2025年度榜单。

此次榜单评选涵盖了3294篇发表在320个不同期刊上的研究文献，累计影响因子达到66503.6，平均影响因子为20.2。其中，发表在Cell、Nature、Science上的文章有193篇，发表在医学顶刊NEJM、Lancet、JAMA、BMJ上的文章有54篇。

本榜单仅代表热心肠研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。

本篇发布“中国肠道菌群研究十大成果”。

01

Cell[IF:42.5]

Cell：迄今最大的人类肠道真菌参考基因组目录

A genomic compendium of cultivated human gut fungi characterizes the gut mycobiome and its relevance to common diseases

主要作者：鄢秋龙，李胜辉，闫青松，霍晓奎，王超

，果德安

，Francis M Martin

，马骁驰

Article10.1016/j.cell.2024.04.0432024-05-14

大连医科大学马骁驰、法国国家农业研究院Francis Martin、中国科学院上海药物研究所果德安、大连医科大学王超作为共同通讯作者在Cell发表重要研究，通过大规模人类肠道真菌培养测序，建立了培养肠道真菌（CGF）参考基因组目录，揭示了人类肠道真菌多样性及其在常见疾病中的潜在作用，显著扩展了现有肠道真菌基因组资源，为肠道真菌组研究提供了重要参考数据；

从135名健康中国人粪便样本中培养出12453株真菌，并进行全基因组测序，获得760个肠道真菌基因组，涵盖48个科、206个种，其中69个种为首次鉴定，CGF目录使肠道真菌的物种和蛋白质家族的基因组资源分别增加了4倍和2倍多；

对CGF基因组进行功能分析以及靶向代谢组学分析，描述了肠道真菌在基因功能、代谢产物方面的情况；

将CGF目录与公开的人类相关真菌（PHF）基因组资源结合起来，分析1.1万个人类粪便宏基因组数据，揭示了中国和非中国人群的肠道真菌组结构特征；

分析28个疾病的肠道真菌组特征，鉴定出疾病共享和疾病特异性的肠道真菌特征，或可作为疾病标志物，并在小鼠结肠炎模型中验证了部分特征性真菌信号的生物学效应，以及潜在的保护机制与物质基础。

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02

Cell[IF:42.5]

Cell：解析3500年前的奶制品，揭示人类与乳酸菌的演化互动

Bronze Age cheese reveals human-Lactobacillus interactions over evolutionary history

主要作者：刘逸宸，付巧妹

，杨益民

Article10.1016/j.cell.2024.08.0082024-09-25

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹、中国科学院大学杨益民与团队发表首个古代奶制品遗存宏基因组研究，该研究通过分析新疆小河墓地出土的距今约3500年的青铜时代的开菲尔奶制品残留DNA，揭示了当地人群过去的文化交流、发酵技术的传播以及微生物的驯化；

从发酵乳制品中提取的山羊DNA暗示了小河人群与欧亚草原人群之间存在交流；

系统发育关系分析显示，古代开菲尔乳酸菌存在欧洲和东亚两个重要分支，古代新疆开菲尔乳酸菌位于东亚分支基部，表明开菲尔乳酸菌及其发酵技术存在一条从新疆向东亚内陆传播的新路线，补充了此前仅有的自北高加索向欧洲传播的路线；

功能基因分析揭示了开菲尔乳酸菌在人类选择和环境压力下的的适应性演化，包括获得抵抗环境压力、增强自身防御、减轻人类肠道炎症反应相关的基因簇；

这些发现为了解古代人类文化和微生物进化提供了新视角。

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03

Cell[IF:42.5]

Cell：人类肠道两大核心菌群

A core microbiome signature as an indicator of health

主要作者：吴国军，胥婷，赵乃思，Yan Y Lam，丁晓颖，施羽

，张晨虹

，彭永德

，赵立平

Article10.1016/j.cell.2024.09.0192024-10-07

上海交通大学赵立平、彭永德和张晨虹、启东市人民医院施羽与团队发表重要研究，基于系统生物学原理提出了新的微生物组分析框架，通过识别稳定相关的微生物基因组对，构建了“两个竞争功能群”（TCG）模型，代表了一种普遍存在的与人体健康相关的核心肠道微生物组特征；

研究纳入糖尿病高纤维饮食干预研究和包含15种疾病的26项病例对照研究的数据集，基于“稳定的互作关系标志着核心组分”的系统生物学原理，通过构建高质量宏基因组组装基因组（HQMAGs，接近菌株水平）的共丰度网络，识别了不同环境扰动中稳定相关的肠菌对，鉴定出彼此间负相关的TCG（C1A和C1B）；

C1A可被视为对健康有益的“基础功能群”，以纤维发酵和产丁酸为功能特征，而C1B可被视为有害的“病生功能群”，以毒力/致病性和抗生素抗性为特征；

基于包含284个HQMAGs的核心TCG的随机森林模型能够以中等到优异的表现，区分各种不同疾病的病例与对照，并预测免疫疗法的结果；

TCG模型为理解和研究肠道微生物组提供了新视角，强调了稳定竞争性互作的两个核心功能群在人类健康中的重要性，在生物标志物、疾病诊断和管理、微生物组精准医学方面具有重要价值。

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04

Cell[IF:42.5]

Cell：非工业化饮食可改善人体肠道菌群，降低慢病风险

Cardiometabolic benefits of a non-industrialized-type diet are linked to gut microbiome modulation

主要作者：李福勇，Anissa M Armet，Jens Walter

Article10.1016/j.cell.2024.12.0342025-01-23

浙江大学李福勇与团队发表研究，探索了一种旨在恢复肠道菌群的饮食干预策略，表明其可有效改善菌群和心血管代谢健康；

研究采用随机对照试验，测试了“恢复饮食”（模拟非工业化饮食模式）和重新引入罗伊氏乳杆菌（工业化人群中罕见的一种肠菌）的菌群恢复策略；

恢复饮食降低了肠道菌群的多样性，促进了来自非工业化人群的罗伊氏乳杆菌菌株的短期定植，并纠正了工业化相关的肠道菌群特征，改善菌群组成和功能、肠道代谢产物和肠道环境；

该饮食还改善了与慢病相关的肠菌衍生血浆代谢物（如增高吲哚-3-丙酸），并改善了多项心血管代谢标志物（降低体重、有害胆固醇、空腹血糖和C反应蛋白）；

肠道菌群的基线特征和对饮食的响应性，可预测饮食对心血管代谢的改善情况；

该研究表明，针对恢复肠道菌群的饮食干预可有助于改善宿主-菌群互作，有助于指导饮食建议和治疗策略的研发。

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05

Science[IF:45.8]

Science：肠-关节轴新机制！肠菌及其代谢物如何改善骨关节炎？

Osteoarthritis treatment via the GLP-1-mediated gut-joint axis targets intestinal FXR signaling

主要作者：杨原蘅，郝聪，焦廷颖，杨子丹，李辉，魏捷

，谢岑

，曾超

，雷光华

Article10.1126/science.adt05482025-04-04

研究对象与方法：通过代谢组学分析及小鼠模型，揭示骨关节炎患者胆酸代谢异常与肠道菌群关联。

核心发现：发现骨关节炎患者肠道GUDCA（甘氨熊去氧胆酸）水平降低，补充GUDCA通过抑制法尼醇X受体（FXR）激活GLP-1（胰高血糖素样肽1）信号，显著缓解关节炎进展。

机制解析：肠道FXR抑制促进L细胞增殖，增加GLP-1分泌，GLP-1通过关节GLP-1受体（GLP-1R）抑制软骨降解，阻断该通路可逆转治疗效果。

菌群调控：特定肠道菌Clostridium bolteae促进UDCA（熊去氧胆酸）生成，UDCA作为FXR拮抗剂经肠道-关节轴治疗有效，且FDA批准的UDCA与人类关节置换风险降低相关。

临床转化：人类队列分析显示UDCA使用者骨关节炎相关关节置换风险降低，提示其潜在治疗价值。

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06

Nature Medicine[IF:50]

Nature子刊：更年轻化的肠菌或可降低代谢不健康相关心血管病风险

Divergent age-associated and metabolism-associated gut microbiome signatures modulate cardiovascular disease risk

主要作者：王天歌，石准，任华慧，徐敏，陆洁莉，李俊桦

，钟焕姿

，毕宇芳

，王卫庆

Article10.1038/s41591-024-03038-y2024-06-06

瑞金医院王卫庆、毕宇芳和华大基因钟焕姿、李俊桦作为共同通讯作者发表研究，揭示与年龄和代谢相关的肠道微生物组特征如何影响心血管疾病风险；

10207名年龄在40至93岁间个体组成发现队列，使用21个代谢参数将个体分成5个不同代谢亚表型的群体（MCs），与代谢健康状态（MC1）相比，肥胖相关混合型（MC4）和高血糖型（MC5）的群体表现出更高的心血管疾病风险，分别为75%和117%，这些关联在另一队列中也存在；

宏基因组分析显示肠道微生物组成与MCs和年龄有关；

开发一个基于55种年龄相关微生物物种的肠道微生物年龄（MA）指标，该指标在四个外部队列中得到验证；

60岁及以上的人群中，与MC1、MC2或MC3相比，MC4或MC5与CVD风险增加相关，在高MA个体中加剧，但在低MA的个体中减少，独立于年龄、性别和其他生活方式和饮食因素；

年轻的MA似乎可以抵消代谢功能障碍带来的CVD风险。

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07

Nature Medicine[IF:50]

Nature子刊：肝性脑病的肠-脑轴新机制

The gut–brain axis underlying hepatic encephalopathy in liver cirrhosis

主要作者：何肖龙，胡梦瑶，徐轶，夏方博，谭扬，陈金军

，祁小龙

，高杰

，周宏伟

Article10.1038/s41591-024-03405-92025-01-08

南方医科大学珠江医院周宏伟、广州医科大学附属第二医院高杰、东南大学附属中大医院祁小龙、南方医科大学南方医院陈金军作为通讯作者发表研究，揭示了肝性脑病的肠-脑轴新机制，表明活泼瘤胃球菌可通过苯丙氨酸脱羧酶及其代谢产物苯乙胺驱动肝性脑病，为肝性脑病提供了潜在诊疗靶点；

通过构建肠-脑菌群模块评估宏基因组学数据集中的细菌神经毒素，发现主要来自瘤胃球菌属的苯丙氨酸脱羧酶（PDC）基因在肝硬化患者中增加了约10，在肝性脑病（HE）患者中更高；

肝硬化小鼠（而非健康小鼠）在定植了活泼瘤胃球菌后，会出现脑部苯乙胺（PEA）蓄积，并伴有记忆障碍、对称性震颤和皮层特异性神经元缺失等典型的HE症状；

PEA的积累主要是由于肝硬化导致肝脏和血清中的单胺氧化酶B活性降低，靶向 PDC 或 PEA 的干预可逆转活泼瘤胃球菌诱发的神经症状；

将 HE 患者的粪便微生物群移植到无菌肝硬化小鼠体内可复制这些症状，进一步证实了靶向 PDC 或 PEA 的疗效；

临床队列中，高基线PEA 水平与肝内门体分流术后 HE 风险增加7倍相关。

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08

Cancer Cell[IF:44.5]

Cell子刊：促癌肠菌也能立功？具核梭杆菌如何增强MSS大肠癌免疫治疗

Fusobacterium nucleatum facilitates anti-PD-1 therapy in microsatellite stable colorectal cancer

主要作者：王学良，方艺，梁威，于君

Article10.1016/j.ccell.2024.08.0192024-09-19

香港中文大学于君团队发表研究，发现对于微卫星稳定型（MSS）结直肠癌（CRC）而言，促癌病原体具核梭杆菌（Fn）通过产生丁酸，能够发挥增强抗PD-1疗法的作用；

在MSS CRC患者中，瘤内Fn含量高预示着对抗PD-1治疗的良好反应，表明Fn可作为MSS CRC免疫治疗反应的潜在生物标志物；

粪菌移植实验表明，Fn丰度高的患者的菌群可增强小鼠对抗PD-1治疗的敏感性；

在MSS CRC小鼠模型和免疫人源化小鼠模型中，单一定植Fn增强了抗PD-1疗法的效果；

机制上，Fn通过产生大量丁酸，抑制CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的组蛋白去乙酰化酶（HDAC）3/8，诱导Tbx21启动子H3K27乙酰化，促进Tbx21表达，TBX21抑制PD-1转录，从而减轻CD8+ TILs耗竭并促进其抗肿瘤效应功能；

在Fn中敲除一个产丁酸基因可消除其增强抗PD-1疗效的作用，小鼠和患者衍生类器官实验也证实Fn通过其代谢产物尤其是丁酸促进anti-PD-1疗效。

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09

Cell Metabolism[IF:30.9]

Cell子刊：低聚糖新功能——通过小肠上皮细胞膜HSP90β调控肠道微生态

Nondigestible stachyose binds membranous HSP90β on small intestinal epithelium to regulate the exosomal miRNAs: A new function and mechanism

主要作者：李婷

，刘玥玥，Tianchi Duan，杨兴斌

Article10.1016/j.cmet.2024.10.0122024-11-18

传统观点认为低聚糖（如水苏糖）在小肠中仅为“过客”，陕西师范大学李婷、杨兴斌与团队发表研究，首次揭示了水苏糖-小肠miRNA-菌群的新型调控轴，表明水苏糖可通过结合小肠上皮细胞膜上的HSP90β蛋白，重塑外泌体miRNA谱，从而影响肠道菌群；

水苏糖通过直接与小肠上皮细胞膜蛋白HSP90β的疏水残基结合，调控小肠外泌体miRNA谱；

基因敲除和假无菌小鼠分析表明，水苏糖对这些miRNA的调控作用依赖于HSP90β，且独立于其益生元作用；

水苏糖调控的miRNA随外泌体释放至结肠腔，进而塑造肠道菌群组成，例如使乳杆菌属富集；

水苏糖显著下调特定miRNA（如miR-30a-5p）的表达，而该miRNA可抑制罗伊氏乳杆菌生长。

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10

Cell Metabolism[IF:30.9]

Cell子刊：补充Akk菌能否改善代谢？个体菌群状况很重要

Akkermansia muciniphila supplementation in patients with overweight/obese type 2 diabetes: Efficacy depends on its baseline levels in the gut

主要作者：张翼飞，刘瑞欣，陈于菲，曹志文，刘聪，宁光

，王卫庆

Article10.1016/j.cmet.2024.12.0102025-01-28

一项新的研究揭示了嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）补充剂（AKK-WST01）对超重/肥胖2型糖尿病（T2D）患者的潜在疗效，发现其效果依赖于患者肠道内Akk菌的基线水平；

研究发现，在Akk菌基线水平较低的患者中，AKK-WST01成功定植并显著改善了体重、代谢和脂肪氧化；

相反，在Akk菌基线水平较高的患者中，AKK-WST01的定植效率低，没有显著的临床改善；

这一发现得到了小鼠实验的支持，表明补充剂的代谢益处取决于其在肠道内的基线水平，其可通过增强肠道屏障功能，减少炎症和代谢紊乱；

这项研究为基于肠道微生物的个性化益生菌干预提供了指导和思路。

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