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热心肠研究院 榜单
《热心肠日报》2022-2023榜单 | 30篇同一健康必读论文
热心肠小伙伴们 2023-05-19
本篇发布“30篇同一健康必读论文”。

在过去的一年多时间里，全球肠道领域研究继续高歌猛进，取得了颇多令人瞩目的进展。

2023肠道大会来临之际，我们基于《热心肠日报》中收录的2022年5月以来一年期间发表的肠道相关领域论文，进行了多维度评选，形成了《热心肠日报》2022-2023年度榜单。

2022年度榜单参评的文章共有3388篇，发表在420个不同的期刊上，累计影响因子达到了82902.36，平均影响因子24.48。其中来自Cell、Nature、Science的文章133篇，来自NEJM、Lancet、JAMA的文章54篇。

本榜单仅代表热心肠研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。

 

本篇发布“30篇同一健康必读论文”。

 

提示：下述文章点击中文标题可直达热心肠日报，点击英文标题可访问论文官网。

Lancet：后疫情时代如何实现“同一健康”（观点）

Lancet[IF:202.731]
① 新冠疫情是“同一健康”中重要一题需升级概念，用跨学科视野来产生全面的科学与流行病学知识；② “同一健康”战略的主要目标是建立全流程健康监测系统，包括野生动物宿主生物监测、传播途径识别及感染者发现与控制；③ “同一健康”战略的核心是形成跨部门、跨学科、多利益相关方的公共卫生策略，推动平台间信息共享与监管责任界定；④ “同一健康”战略的愿景是增强病原体控制、预防并建立全球统一的卫生观，推动现有卫生保健框架的改革。 After 2 years of the COVID-19 pandemic, translating One Health into action is urgent
2022-10-24, doi:10.1016/S0140-6736(22)01840-2

Lancet：2019年33种常见病原菌相关的全球死亡率（综述）

Lancet[IF:202.731]
① 2019年全球感染相关死亡人数估计为1370万人，其中约有770万与33种常见病原菌相关（占全球总死亡人数的13.6%）；② 其中，金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌分别与超50万例死亡相关；③ 135个国家里，金黄色葡萄球菌是导致死亡的主要细菌；④ 金黄色葡萄球菌和肺炎链球菌分别是导致15岁以上人群和5岁以下儿童死亡最多的细菌；⑤ 这33种病原菌相关的年龄标准化死亡率在撒哈拉以南非洲最高，在高收入国家最低。 Global mortality associated with 33 bacterial pathogens in 2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019
2022-11-21, doi:10.1016/S0140-6736(22)02185-7

Lancet：同一世界，同一健康（综述）

Lancet[IF:202.731]
① 同一健康意味着多学科、跨学科的在人-动物-环境健康方面的合作，以达到单一组分达不到的效果；② 同一健康的在持续提高全球健康安全方面具有巨大潜力；③ 但是，现在仍然有很多认知和行动上的障碍阻碍最大化全球健康的同一健康的完全实施；④ 目前已经有很多国家政府开始尝试开展同一健康；⑤ WHO, 世界动物健康组织, 联合国食品与农业组织以及联合国环境项目在全球范围领衔同一健康技术合作；⑥ 关于同一健康对特定疾病、生态等影响需要更多研究。 Advancing One human–animal–environment Health for global health security: what does the evidence say?
2023-01-19, doi:10.1016/S0140-6736(22)01595-1

Lancet子刊：从巴基斯坦粘菌素使用看全球细菌耐药性问题

Lancet Microbe[IF:86.208]
① 聚焦巴基斯坦耐粘菌素肠杆菌与全球贸易、农场粘菌素使用的关系以及相关社会经济因素；② 检测来自131个不同地点人、家禽、家畜、野生动物粪便、肉产品及水等1131个样本中mcr-1、mcr-3阳性的大肠杆菌，分析粘菌素贸易数据并进行农场、兽医用药调查采访；③ 发现75例样本大肠杆菌mcr-1阳性。巴基斯坦粘菌素主要从中国、越南进口，孟加拉、尼日利亚从中国和欧洲购买；④ 中国是粘菌素主要生产国和出口国，主要作为药物生产原料和饲料添加剂。 International manufacturing and trade in colistin, its implications in colistin resistance and One Health global policies: a microbiological, economic, and anthropological study
2023-03-14, doi:10.1016/S2666-5247(22)00387-1

Nature Reviews：土壤菌群与同一健康（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:78.297]
① One Health（同一健康）强调人类健康与土壤、动物和植物等生态系统的健康密不可分，微生物在One Health中至关重要；② 土壤是One Health的基石，是微生物的来源和储存库，通过直接或间接地影响植物、动物、人类和环境健康；③ 土壤因子、土壤有机质、全球变化、化学污染、土地集约利用等影响土壤微生物组的组成和功能，微生物多样性通常与人体健康正相关；④ 建议进一步研究土壤微生物组的管理、趋势、挑战和长期发展对One Health的影响。 Soil microbiomes and one health
2022-08-23, doi:10.1038/s41579-022-00779-w

程功团队Cell突破：感染蚊媒病毒后招蚊子？皮肤菌群在捣鬼

Cell[IF:66.85]
① 感染蚊媒病毒使小鼠对蚊虫的吸引力增强；② 小鼠和人体研究表明，感染蚊媒病毒后，宿主的气味挥发物改变，大量释放的苯乙酮可吸引蚊虫；③ 苯乙酮主要源自皮肤菌群（如多种芽孢杆菌），感染蚊媒病毒使宿主皮肤表面的芽孢杆菌属丰度明显升高；④ 这些芽孢杆菌可被小鼠皮肤中的抗菌肽RELM-α抑制，而蚊媒病毒感染降低了RELM-α的表达；⑤ 给感染小鼠口服维生素A衍生物异维甲酸可恢复皮肤的RELM-α表达，从而抑制芽孢杆菌增殖和苯乙酮释放，降低对蚊虫的吸引，减少病毒传播。 A volatile from the skin microbiota of flavivirus-infected hosts promotes mosquito attractiveness
2022-06-30, doi:10.1016/j.cell.2022.05.016

Cell：微生物食品助力人与自然的可持续健康发展 （观点）

Cell[IF:66.85]
① 由微生物生产的食品（微生物食品）包括微生物生物质、发酵食品以及细胞工厂；② 微生物食品可在营养等层面改善人群健康，又可以通过减少碳排放等改善环境，从而促进人和自然可持续健康发展；③ 挖掘微生物的生物多样性可提供新的潜在食品来源；④ 科学驱动的发酵方法和合成生物学技术，将为研发下一代微生物食品提供助力；⑤ 一些废料（如豆渣）可作为微生物发酵底物，有助于提高食品系统效率；⑥ 微生物食品正在蓬勃发展，但仍面临多项挑战。 Microbial foods for improving human and planetary health
2023-01-18, doi:10.1016/j.cell.2022.12.002

Science：虫媒病原体传播的分子机制和未来防控策略（综述）

Science[IF:63.714]
① 病原在虫媒肠道中存活需要特定靶点，且与虫媒肠道菌群有密切的关系；② 果蝇和蚊子的抗病毒免疫通过RNA干扰介导，抑制RNA干扰会导致病毒载量增加；③ 昆虫媒介的唾液中有抗凝血和免疫调节因子，其唾液以及衍生因子会促进病原体的存活和建立，目前有大量唾液中多肽功能未知；④ 肠道特定靶点、肠道菌群、唾液蛋白均可作为潜在靶点和生物标记物进行开发应用；⑤ 基因编辑和修饰可用于减少或改变病原的虫媒种群，从而达到对疾病传播的干预和抑制。 Understanding pathogen survival and transmission by arthropod vectors to prevent human disease
2022-09-30, doi:10.1126/science.abc2757

国内团队Nature子刊：环境友好的可降解塑料可导致小鼠肠道炎症

Nature Nanotechnology[IF:40.523]
① 在胃肠道中的可降解甘油三酯的脂肪酶的催化下，聚乳酸塑料微粒可被水解，并在疏水作用驱动下自聚集形成低聚物纳米颗粒；② 在小鼠模型中，聚乳酸低聚物及其纳米颗粒可在肝脏、肠道及脑中聚集，低剂量的聚乳酸塑料微粒暴露可导致肠道损伤及急性炎症；③ 机制上，聚乳酸低聚物可与基质金属蛋白酶12的催化锌指结构域高亲和力结合，导致后者失活，从而介导肠道炎症。 Oligomer nanoparticle release from polylactic acid plastics catalysed by gut enzymes triggers acute inflammation
2023-03-02, doi:10.1038/s41565-023-01329-y

美国消化领域多学会针对环境可持续发展的战略计划

Gastroenterology[IF:33.883]
① 美国消化领域学会发布了其针对环境可持续发展的战略计划；② 计划目标如下：设计和建立减少浪费和碳排放的可持续临床实践，提升学会成员和患者对气候变化和消化健康可持续发展意识，提高对气候变化和消化健康研究的支持，组织全社会环境可持续发展活动，提升国内和国际消化学会对可持续发展的支持，致力于开发环境友好的产品，大力宣传可持续发展理念；③ 2023年建立工作组并进行战略规划，2024-2027年汇报进展对战略计划进行更新。 GI Multisociety Strategic Plan on Environmental Sustainability
2022-10-18, doi:10.1053/j.gastro.2022.09.029

绿色内窥镜检查实践共识

Gut[IF:31.793]
① 根据“3R”原则（减少、再利用与回收），可开发替代检查手段、实施严格循证转诊来减少不必要的消化道内窥镜检查（GI Endoscopy）；② 手术与前后清消产生的一次性废品及废水、废气排放有明确的环境危害，应开发新手段将环境影响最小化；③ 可通过无纸化办公、废品回收再利用等多种措施推动GI Endoscopy术中及术后的环境可持续性；④ 医护人员需与环保主义者、经济学家等多方合作，共同推进GI Endoscopy的环境可持续性设计。 Green endoscopy: British Society of Gastroenterology (BSG), Joint Accreditation Group (JAG) and Centre for Sustainable Health (CSH) joint consensus on practical measures for environmental sustainability in endoscopy
2022-10-13, doi:10.1136/gutjnl-2022-328460

Nature子刊：肠毒素tilimycin促肠菌突变和抗生素耐药性的机制

Nature Microbiology[IF:30.964]
① 抗生素治疗使克雷伯氏菌产生的一种肠毒素tilimycin（TM）在肠腔中积累，可导致抗生素相关的出血性结肠炎；② 体外和体内实验表明，TM暴露显著抑制多种细菌生长，降低肠道菌群物种丰富度，改变肠道菌群组成、种间相互作用和生态演替轨迹；③ TM主要通过DNA损伤诱导基因突变促使共存条件致病菌产生抗生素耐药性，并可拮抗生态位竞争菌；④ 抗生素治疗过程中，产TM的克雷伯氏菌的生长促进了共存条件致病菌的突变进化和新耐药性的出现。 Enterotoxin tilimycin from gut-resident Klebsiella promotes mutational evolution and antibiotic resistance in mice
2022-10-26, doi:10.1038/s41564-022-01260-3

Nature子刊：揭示抗生素耐药肠杆菌在马拉维成人肠道中的定殖动态

Nature Microbiology[IF:30.964]
① 抗生素暴露会造成产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的肠杆菌（ESBL-E）增多；② 为期6个月采集共计425名马拉维成年人的粪样，监测ESBL-E的定殖动态；③ 纵向数据表明ESBL-E会在家庭和社区内传播，并且在住院和使用抗生素后迅速增加；④ 多态模型分析表明缩短抗生素治疗时间（2日内）和更换头孢类抗菌药对ESBL-E定殖量影响不大；⑤ 全基因组测序表明ESBL在患者体内持续存在，是由于产ESBL的细菌持续存在，而非ESBL基因水平转移。 Colonization dynamics of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacterales in the gut of Malawian adults
2022-09-05, doi:10.1038/s41564-022-01216-7

国内团队Nautre子刊：Akk菌在虫媒病毒感染中起到保护性作用

Nature Microbiology[IF:30.964]
① 在SFTSV感染期间，患者的肠道共生菌——Akk菌的相对丰度增加，但在死亡患者的样本中减少；② Akk菌产生的β-咔啉生物碱——骆驼蓬碱可通过抑制NF-κB介导的系统性炎症，从而在SFTSV感染中起保护性作用；③ 骆驼蓬碱通过特异性增强肝细胞中的胆汁酸-CoA:氨基酸N-酰基转移酶的表达，以增加结合型初级胆汁酸、甘氨鹅去氧胆酸及牛磺鹅去氧胆酸，从而间接调节病毒诱导的炎症反应；④ 上述胆汁酸可诱导TGR5依赖性的抗炎反应。 Akkermansia muciniphila protects mice against an emerging tick-borne viral pathogen
2023-01-05, doi:10.1038/s41564-022-01279-6

Nature子刊：产碳青霉烯酶肠杆菌科如何改变肠道菌群

Nature Microbiology[IF:30.964]
① 纵向（12个时间点）描述CPE定植者（部分受试者在一年内没有干预即可去定植）和家庭成员（n=46）的肠道菌群生态和进化动力学；② CPE去定植的受试者的生态变化表现为微生物多样性、关键共生体和抗炎途径的恢复；③ CPE定植者的肠杆菌科丰度升高但不稳定，且不同肠杆菌科物种（大肠杆菌和肺炎克雷伯菌）表现出特定的菌株水平动态；④ 基因组数据的比较分析表明，存在高度相似的大肠杆菌和肺炎克雷伯菌，它们具有不同的抗性谱和相同的质粒。 Long-term ecological and evolutionary dynamics in the gut microbiomes of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae colonized subjects
2022-09-15, doi:10.1038/s41564-022-01221-w

扈庆华+崔玉军+杨瑞馥Nature子刊：数据驱动的食源性病原菌防控网

Nature Microbiology[IF:30.964]
① 对2002-2018年源自中国深圳的3642株副溶血弧菌进行基因组和流行病学数据分析；② 按分离间隔小于1个月和基因组差异≤6个SNP，71%的患者分离株被分为370个爆发簇；③ 70%的爆发簇在基因组上相互关联，说明隐藏的储库是大部分疫情爆发的源头；④ 与爆发簇相关患者数约为食源性疾病暴发监测网报道的3倍，表明传统监测对疫情暴发的严重低估；⑤ 系统地理学分析揭示了沿海地区是潜在的疫情热点，也是跨区传播事件的枢纽和主要来源。 Outbreak dynamics of foodborne pathogen Vibrio parahaemolyticus over a seventeen year period implies hidden reservoirs
2022-08-02, doi:10.1038/s41564-022-01182-0

朱书+王育才Nature子刊：新型口服递送载体，防止抗生素“误伤”肠道菌群

Nature Biomedical Engineering[IF:29.234]
① 基于葡萄糖转运体SGLT1在小肠特异性高表达的特点，设计糖基化修饰的阳离子纳米载体（PGNPs），PGNPs能有效穿过黏液层并通过葡萄糖-SGLT1结合介导的转运作用，实现在小鼠近端小肠的高效吸收；② 用PGNPs递送多种口服抗生素，能明显提高其生物利用度、增加血液浓度，增强对肺部和全身病菌感染的疗效；③ PGNPs还大幅减少了抗生素在肠道和粪便中的残留，大大减轻了对小肠和大肠菌群的不良影响，降低抗生素相关菌群失调的疾病风险（如代谢综合征和条件致病菌感染）和抗生素耐药基因在菌群中的积累。 Glucosylated nanoparticles for the oral delivery of antibiotics to the proximal small intestine protect mice from gut dysbiosis
2022-07-07, doi:10.1038/s41551-022-00903-4

益生菌中的抗生素耐药基因

Eurosurveillance[IF:21.286]
① 从公共数据库中收集12种常见益生菌的579个分离株的二代测序全基因组数据；② 在169个分离株中检测出抗生素耐药基因（ARG），仅在干酪乳杆菌（1个分离株）及副干酪乳杆菌（33个分离株）中未检测到ARG；③ 在所有的动物双歧杆菌（65个分离株）中检测到ARG；④ 在112个（66%）的ARG阳性分离株中，至少有一个ARG可以接合质粒或整合性可移动遗传元件，显示其传播的风险；⑤ 在所有分离株中均未发现与噬菌体相连接的ARG。 A survey on antimicrobial resistance genes of frequently used probiotic bacteria, 1901 to 2022
2023-04-06, doi:10.2807/1560-7917.ES.2023.28.14.2200272

宏微生物组为研究碳和营养循环提供可能 （综述）

Trends in Ecology and Ecolution[IF:20.589]
① 植物源物质被微生物和火分解，这种循环途径对全球变化高度敏感，而微生物与植物和动物的共生关系降低敏感性；② 解决代谢能力和稳态能力之间的基本平衡，使植物物质在不利于微生物组生存下继续循环利用；③ 多样代谢微生物组，植物和动物相关微生物组与自主生存微生物组相互补充，增强可变环境中生态系统循环稳态；④ 联系微生物生态学、群落生态学和生态系统生态学之间，构建综合框架，解释宿主介导的微生物组在植物物质循环中的重要作用。 The metamicrobiome: key determinant of the homeostasis of nutrient recycling
2022-10-31, doi:10.1016/j.tree.2022.10.003

微塑料污染影响野生海鸟的肠道菌群多样性和组成

Nature Ecology & Evolution[IF:19.1]
① 研究微塑料与长期摄入微塑料的海鸟(北管鼻藿和科瑞海鸥)的前胃和泄殖腔菌群变化的相关性；② 微塑料量与肠道菌群多样性和组成显著相关：微塑料与共生菌减少有关，与病原体、抗生素耐药和降解塑料的微生物增加有关；③ 泄殖腔菌群的相关性较前胃强；④ 微塑料量和胃肠道（GIT）位置与黄曲菌、爱德华菌、棒状杆菌负相关，微塑料质量与GIT位置与产气荚膜梭菌正相关，与不动杆菌负相关；⑤ 环境相关微塑料浓度和混合物与野生海鸟肠道菌群变化有关。 Current levels of microplastic pollution impact wild seabird gut microbiomes
2023-03-27, doi:10.1038/s41559-023-02013-z

国内团队：自然环境中微生物的功能基因如何实现交换？

Journal of Extracellular Vesicles[IF:17.337]
① 在人类粪便、废水和土壤中发现了与细菌浓度相当丰度的EVs（胞外囊泡）；② 宏基因组分析表明，与源微生物组相比，EVs相关的DNA分类多种多样且有差异，并确定了一系列高效的EVs产生物种；③ 追踪高效生产者产生的EVs相关功能基因，发现包括糖苷水解酶家族GH25在内的各种移动基因被富集；④ 此外，与移动遗传元件共定位的抗生素抗性基因在EVs中很丰富；⑤ EVs可以通过储存功能基因成为微生物相互作用的重要介质。 Diverse functional genes harboured in extracellular vesicles from environmental and human microbiota
2022-12-03, doi:10.1002/jev2.12292

潜在的抗生素耐药基因有哪些特点？

Microbiome[IF:16.837]
① 创建了一个包含已建立和潜在抗生素耐药基因（ARGs）的参考数据库；② 在人类和动物相关微生物群的所有研究环境中，潜在ARGs比已建立的ARGs更丰富和多样化；③ 泛耐药体即存在环境中所有ARG集合，主要由潜在ARG支配，核心耐药体即在环境中常见基因，由已建立和潜在的ARG组成；④ 人类和动物微生物群中存在富集的潜在ARGs，并位于可移动的元件上，存在于强致病性病原体中；⑤ 废水微生物群具有庞大的泛抗生素组和核心抗生素组。 Latent antibiotic resistance genes are abundant, diverse, and mobile in human, animal, and environmental microbiomes
2023-03-08, doi:10.1186/s40168-023-01479-0

蜱虫中段肠菌变化不会影响其传播病原体给宿主

Microbiome[IF:16.837]
① 莱姆病的病原体伯氏疏螺旋体（Borrelia burgdorferi）主要通过与蜱虫的分子互作，从蜱虫中段肠迁移到唾液腺再传播至脊椎动物；② 使用无菌隔离、抗生素干扰等多种策略干扰伯氏疏螺旋体感染蜱虫幼虫的微生物组组成，发现伯氏疏螺旋体仍可从中肠迁移到唾液腺，进而传播给小鼠宿主；③ 迁移过程中，伯氏疏螺旋体可能会利用中肠上皮细胞的胞内输出途径，从而避免与微生物互作；④ 这种退出策略对于获得伯氏疏螺旋体和蜱虫生物学新见解至关重要。 Tick transmission of Borrelia burgdorferi to the murine host is not influenced by environmentally acquired midgut microbiota
2022-10-17, doi:10.1186/s40168-022-01378-w

早产儿补充益生菌，或可减少肠道菌群抗生素耐药性

Microbiome[IF:16.837]
① 采用靶向捕获法评估住院期间补充/未补充益生菌的早产儿肠道中抗生素耐药基因（ARG）流行率和持久性，并预测其潜在的细菌宿主；② 相比足月或补充益生菌的早产儿，未补充益生菌的早产儿具有更多独特的ARGs，主要与抗生素失活机制有关；③ 致病菌中常见的与氨基糖苷和β内酰胺等相关的耐药基因，在未补充益生菌的早产儿肠道中保留长达5个月；④ 早产儿住院期间补充益生菌有助于降低肠道中ARGs多样性，防止其在肠道菌群中持续存在。 Capturing the antibiotic resistome of preterm infants reveals new benefits of probiotic supplementation
2022-08-26, doi:10.1186/s40168-022-01327-7

韦中团队：根际噬菌体组如何调控土壤青枯菌生物障碍的发生？

Microbiome[IF:16.837]
① 通过对田间番茄根际土壤重复取样，发现健康和患病的根际菌群拥有不同的噬菌体群落；② 健康植物与独特的噬菌体群落有关，含较高丰度的青枯病菌噬菌体，对枯萎病菌密度有强烈的自上而下的调控作用；③ 共发生分析发现噬菌体可通过压制土著细菌，尤其是那些潜在的病原菌抑制者而加重青枯菌生物障碍的发生；④ 室内和盆栽实验验证了专性噬菌体对青枯菌障碍消减的影响，发现噬菌体可通过靶向侵染有益土著细菌，间接促进土壤青枯菌生物障碍发生。 Rhizosphere phage communities drive soil suppressiveness to bacterial wilt disease
2023-02-01, doi:10.1186/s40168-023-01463-8

郑浩+张雪等：我国蜜蜂肠道中耐药组分布规律及传播机制

Microbiome[IF:16.837]
① 纳入全国14个省市94份东方蜜蜂和吉林省32份西方蜜蜂肠道样本，探究其肠道中抗生素抗性基因（ARG）组成和多样性；② 相比于地理分布，ARG组成与宿主物种更相关，且西方蜜蜂肠道中ARG含量更高；③ 发现6组核心ARG在中华蜜蜂中普遍存在，主要由肠道物种Gilliamella和Snodgrassella携带；④ strA和sul2基因在蜜蜂肠道中广泛存在，并形成了与IncQ质粒高度同源的片段；⑤ 可移动IncQ质粒可在蜜蜂肠道共生体间转移，促进ARG在肠道不同细菌中广泛传播。 Geographical resistome profiling in the honeybee microbiome reveals resistance gene transfer conferred by mobilizable plasmids
2022-05-03, doi:10.1186/s40168-022-01268-1

城市环境菌群信息可反映抗生素耐药性传播和流行病发病

Microbiome[IF:16.837]
① 不同城市水域（小溪、海滩、污水溢洪道和集水管）微生物群落特征是不同程度污染和人源细菌的混合；② 人类细菌丰度与环境抗生素耐药性基因丰度相关，β-内酰胺酶区分低影响和高影响城市环境；③ 城市和医院环境中β-内酰胺类和碳青霉烯类抗生素耐药性显著增加，主要由肺炎克雷伯菌ST-11菌株驱动；④ ST-11菌株和KPC质粒从医院传播至城市环境，碳青霉烯类抗生素耐药性相关巨型质粒pKPC-146的地理空间分布和丰度与污水系统基础设施呈负相关。 Human microbiota drives hospital-associated antimicrobial resistance dissemination in the urban environment and mirrors patient case rates
2022-12-02, doi:10.1186/s40168-022-01407-8

施莽+安同庆等：用“全感染组”方法解析猪传染病的病因

Microbiome[IF:16.837]
① 使用宏转录组学测序对136例临床发病猪和12例非疾病对照猪的样品进行病原微生物探查；② 共检测到34种RNA病毒、9种DNA病毒、7种细菌和3种真菌，其中包括肺孢子虫属的两个新种；③ 大多数病原体只在患病动物中出现（在患病动物中数量更高），但其他病原体在健康对照组中也存在，表明存在机会感染；④ 多数病例存在混合感染，一些病例的发生和病原体丰度高度相关；⑤ 在相关病原体的背景下，多病原体模型比单病原体模型与病理指标的相关性更好。 A total infectome approach to understand the etiology of infectious disease in pigs
2022-05-10, doi:10.1186/s40168-022-01265-4

国内团队：揭示皮肤菌群与蜱传病原之间的关系

Microbiome[IF:16.837]
① 研究病原立克次氏体对蜱叮咬小鼠皮肤菌群的影响，与不同发育阶段蜱菌群关系；② 皮肤菌群如衣原体变化与R. raoultii定植、蜱叮咬有关；③ 成对的蜱叮咬部位和未叮咬部位皮肤微生物组的多样性不同；④ 病原立克次氏体定植在所有发育阶段都造成蜱菌群垂直传播的显著变化；⑤ 阳性蜱血液喂养通过遗传信息处理的功能转变弥补由R.raoultii带来的皮肤菌群差异；⑥ 垂直传播中R. raoultii阳性和阴性蜱微生物组基因库的差异富集于代谢和激素信号相关通路。 New insights into the impact of microbiome on horizontal and vertical transmission of a tick-borne pathogen
2023-03-14, doi:10.1186/s40168-023-01485-2

微生物组驱动的养殖策略，健康且环保

Microbiome[IF:16.837]
① 整合386份牛全基因组、359份瘤胃宏基因组和245份脂肪酸数据，研究瘤胃中与宿主基因相关的微生物功能基因及其与脂肪酸含量的关联；② 发现约1000个受宿主基因组影响的微生物核心功能基因（HGFC），分别占总基因数和总丰度的27.6%和13.89%；③ 部分HGFC丰度与衡量牛肉中脂肪酸特征的CLA和N3指数相关，且与甲烷排放负相关；④ 宿主基因组显著影响了厌氧弧菌属和丁酸弧菌属的丰度，两者是瘤胃中脂质分解重要参与者，且与CLA和N3指数显著正相关。 Microbiome-driven breeding strategy potentially improves beef fatty acid profile benefiting human health and reduces methane emissions
2022-10-05, doi:10.1186/s40168-022-01352-6
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