《热心肠日报》2022-2023榜单 | 中国动物肠道十大研究

热心肠研究院榜单

热心肠小伙伴们 2023-05-18

本篇发布“中国动物肠道十大研究”。

在过去的一年多时间里，全球肠道领域研究继续高歌猛进，取得了颇多令人瞩目的进展。

2023肠道大会来临之际，我们基于《热心肠日报》中收录的2022年5月以来一年期间发表的肠道相关领域论文，进行了多维度评选，形成了《热心肠日报》2022-2023年度榜单。

2022年度榜单参评的文章共有3388篇，发表在420个不同的期刊上，累计影响因子达到了82902.36，平均影响因子24.48。其中来自Cell、Nature、Science的文章133篇，来自NEJM、Lancet、JAMA的文章54篇。

本榜单仅代表热心肠研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。

本篇发布“中国动物肠道十大研究”。

提示：下述文章点击中文标题可直达热心肠日报，点击英文标题可访问论文官网。

浙大团队Cell：来自细菌的基因，竟能影响昆虫求偶行为？

Cell[IF:66.85]

① 纳入218个不同昆虫物种的基因组样本，发现1410个来自细菌、病毒、真菌与植物的水平基因转移（HGT）；② 其中近80%基因来自细菌，鳞翅目（蝴蝶与飞蛾）获得的HGT基因最多，平均每个物种拥有16个；③ HGT基因会伴随着昆虫适应性进化，避免被昆虫清除掉，达到“存活”目的；④ 敲除小菜蛾从李斯特菌属获得的1个HGT基因，发现突变体小菜蛾后代数目少约70%，但相关生长发育未受到影响；⑤ 行为学发现突变体雄虫对雌虫的求偶欲望显著地降低。

HGT is widespread in insects and contributes to male courtship in lepidopterans

2022-07-18, doi:10.1016/j.cell.2022.06.014

胡圣伟+倪伟+陈同等：动物微生物组组成与功能综合数据库—CRAMdb

Nucleic Acids Research[IF:19.16]

① 建立了动物宏基因组领域首个跨宿主、跨样本位点和跨表型比较的综合数据库CRAMdb；② 该数据库整理、收集和统一标准分析了世界范围内动物微生物组相关数据，实现了不同物种、不同样本位点和不同表型背景下宿主与微生物关联性的交互查询和联合比较分析；③ 分析来自475个项目的516种动物的微生物组，涉及43个表型，构建了含9430种细菌、278种古菌、2216种真菌和458个病毒的数据库；④ 数据库包括两个主要模块内容，即微生物组成和微生物关联。CRAMdb: a comprehensive database for composition and roles of microbiome in animals

2022-11-01, doi:10.1093/nar/gkac973

鞠峰团队Nature子刊：从昆虫肠道中锁定降解塑料的微生物

Nature Communications[IF:17.694]

① 草地贪夜蛾幼虫能以聚氯乙烯（PVC）膜为食，伴随肠道菌群组成改变；② 从幼虫肠道中分离出一株克雷伯菌（EMBL-1），与栖异地克雷伯菌同源性99%，能解聚PVC并利用PVC作为唯一能量来源；③ 通过多组学分析，鉴定出EMBL-1中参与PVC生物降解的潜在基因和蛋白（涉及过氧化氢酶-过氧化物酶等多种酶），并推测出PVC生物降解途径（涉及对非生物因素的应答、胞外酶解聚、降解副产物的胞内代谢）；④ 酶学测定表明过氧化氢酶-过氧化物酶参与PVC解聚。Polyvinyl chloride degradation by a bacterium isolated from the gut of insect larvae

2022-09-12, doi:10.1038/s41467-022-32903-y

中科院动物所：环境太拥挤，肠道菌群或会加速衰老进程？

Advanced Science[IF:17.521]

① 在实验室环境下设置不同的笼养密度处理组，发现高密度拥挤会显著增加血清皮质酮水平和田鼠社会压力、减少端粒长度、加速衰老过程和DNA损伤、缩短寿命；② 高密度组处理降低了有益菌种类和丰度，增加致病菌比例，改变肠道菌群组成，导致短链脂肪酸含量下降；③ 不同住宅密度的供体田鼠粪便菌群移植会引起受体田鼠出现类似的衰老相关过程；④ 通过高密度处理消除和补充丁酸可显著下调田鼠社群压力、抑制NF-κB和COX-2通路、缓解衰老相关过程。Gut Microbiota is Associated with Aging-Related Processes of a Small Mammal Species under High-Density Crowding Stress

2023-03-25, doi:10.1002/advs.202205346

郑浩+张雪等：我国蜜蜂肠道中耐药组分布规律及传播机制

Microbiome[IF:16.837]

① 纳入全国14个省市94份东方蜜蜂和吉林省32份西方蜜蜂肠道样本，探究其肠道中抗生素抗性基因（ARG）组成和多样性；② 相比于地理分布，ARG组成与宿主物种更相关，且西方蜜蜂肠道中ARG含量更高；③ 发现6组核心ARG在中华蜜蜂中普遍存在，主要由肠道物种Gilliamella和Snodgrassella携带；④ strA和sul2基因在蜜蜂肠道中广泛存在，并形成了与IncQ质粒高度同源的片段；⑤ 可移动IncQ质粒可在蜜蜂肠道共生体间转移，促进ARG在肠道不同细菌中广泛传播。Geographical resistome profiling in the honeybee microbiome reveals resistance gene transfer conferred by mobilizable plasmids

2022-05-03, doi:10.1186/s40168-022-01268-1

印遇龙院士、尹佳等：猪奶中的潜在益生菌

Microbiome[IF:16.837]

① 部分母乳微生物可以在母乳喂养期间从母体垂直传递给后代；② 用培养组学大规模分离和鉴定猪奶细菌，共筛选出1240株分离菌，可归为271个非冗余细菌类群；③ 通过体外拮抗病原菌试验和果蝇百草枯模型抗氧化测试，筛选出一株戊糖片球菌SMM914；④ 给哺乳仔猪灌服SMM914，于断奶7天后采样，发现SMM914使结肠中的有益菌乳杆菌属/科的相对丰度显著增加，并激活仔猪肝脏中Nrf2-Keap1抗氧化信号通路，以及改善血浆中的氨基酸代谢和脂质代谢通路。Antioxidant potential of Pediococcus pentosaceus strains from the sow milk bacterial collection in weaned piglets

2022-06-01, doi:10.1186/s40168-022-01278-z

赵圣国+王加启等：构建微球原位培养方法实现牛瘤胃重要尿素分解菌分离

Microbiome[IF:16.837]

① 研究人员建立了一种包括脲酶基因（ureC）引导富集加上原位琼脂糖微球包埋和瘤胃模拟条件下的培养分离方法，成功从瘤胃微生物组中分离尿素分解菌；② 共分离了404种独特的细菌菌株，选定52株进行基因组测序，基因组分析显示，28个菌株可分为12个物种，都含有脲酶基因；③ 此外，在新的分离株中发现了五种不同的脲酶基因簇组织，它们具有不同的水解尿素的方法；④ 同时鉴定了在脲酶活化中可能起关键调节作用的UreC蛋白的关键氨基酸残基。Functional gene-guided enrichment plus in situ microsphere cultivation enables isolation of new crucial ureolytic bacteria from the rumen of cattle

2023-04-15, doi:10.1186/s40168-023-01510-4

华中农大：鸡空肠菌群可通过减轻肠道炎症改善生长性能

Microbiome[IF:16.837]

① 先前研究表明空肠菌群可改善鸡的生长性能，但是否通过减轻肠道炎症来发挥作用仍不清楚；② 7周龄的高体重鸡生长性能显著高于低体重鸡；③ 高体重鸡空肠的优势菌种为乳酸菌等革兰氏阳性菌，而低体重鸡以丛毛单胞菌属等革兰氏阴性菌为主；④ 低体重鸡血清中LPS、空肠中TLR4、MyD88及相关炎性因子表达水平均显著上调，导致肠屏障完整性受损；⑤ 将高体重成年鸡粪便菌群移植到1日龄雏鸡中，可重塑其空肠菌群、减轻炎症反应并提高生长性能。Chicken jejunal microbiota improves growth performance by mitigating intestinal inflammation

2022-07-15, doi:10.1186/s40168-022-01299-8

付云贺等Microbiome：“肠源性乳腺炎”的新机制

Microbiome[IF:16.837]

① 乳腺炎奶牛发生瘤胃菌群紊乱，血清LPS浓度增加，碱性磷酸酶（ALP）活性降低，并伴发系统性炎症；② 将乳腺炎奶牛瘤胃菌移植给小鼠（M-RMT）可诱导小鼠乳腺炎和系统性炎症，并破坏血乳屏障；③ M-RMT诱导肠道菌群紊乱，破坏肠屏障并促进LPS入血，诱导机体系统性炎症；④ 肠道菌群紊乱诱导的持续低度内毒素血症引起ALP唾液酸化，降低ALP活性，促进小鼠乳腺炎发生并恶化大肠杆菌诱导的乳腺炎，而补充小牛肠碱性磷酸酶cIAP或唾液酸酶抑制剂Zanamivir可缓解乳腺炎症。Gut dysbiosis induces the development of mastitis through a reduction in host anti-inflammatory enzyme activity by endotoxemia

2022-12-01, doi:10.1186/s40168-022-01402-z

毛胜勇+刘军花：全面分析反刍动物胃肠道菌群的维生素B和K2生物合成

Microbiome[IF:16.837]

① 分析1.7万个反刍动物胃肠道微生物基因组，鉴定出参与维生素B族和K2生物合成的113万个基因、167种酶和2366个高质量基因组；② 维生素B族和K2合成主要由胃部菌群完成，大肠菌群也有贡献；③ 在2366个基因组中，近半数只能合成1种维生素，2.7%能合成≥5种维生素；④ 多数微生物消耗钴胺（编码钴胺转运蛋白或依赖性酶），少数有完整的钴胺合成途径；⑤ 高谷物日粮抑制瘤胃菌群的钴胺合成，但增强其他维生素合成，提示膳食纤维对钴胺合成的重要性。Metagenomic insights into the microbe-mediated B and K2 vitamin biosynthesis in the gastrointestinal microbiome of ruminants

2022-07-21, doi:10.1186/s40168-022-01298-9