马迎飞 | 热心肠智库

马迎飞

中国科学院深圳先进技术研究院研究员

2009年毕业于中科院微生物研究所，并于同年进入加利福尼亚大学Scripps海洋研究所进行博士后研究，曾任纽约大学医学院人类微生物基因组课题组成员之一。现任中国科学院深圳先进技术研究院研究员。

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马迎飞团队：底盘噬菌体的高通量制备方法

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队报道了一种高通量制备底盘噬菌体的方法，在鉴定噬菌体非必需基因的同时，获得底盘噬菌体，并得到比野生型噬菌体侵染能力更强的基因组简化噬菌体，在噬菌体治疗和噬菌体合成生物学中具有巨大的潜在价值。

01-04

马迎飞团队Nature子刊：揭示人肠道古菌病毒多样性

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队近期在Nature Communications发表研究，对人类肠道中的古菌和古菌病毒进行了全面的宏基因组数据挖掘。研究结果表明，人肠道古菌和古菌病毒存在很高的多样性，本研究鉴定的新的人肠道古菌病毒填补了相关的知识空白，并可作为人肠道古菌病毒组的扩充，本研究将为深入了解人体肠道内古菌病毒的多样性和蛋白功能提供前所未有的见解，以供人们更好地了解人类肠道生态系统，该文为人类肠道菌群的研究提供了新视角。

01-04

iMeta：马迎飞团队开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

该研究开发了一种结合神经网络和随机森林的框架，从宏基因组数据集鉴定出40个标记物种和90个标记基因，在预测中获得了更高的准确性，本研究提供了一种新的思路来识别疾病相关生物标记物并分析它们在疾病发展中所扮演的角色。

2022-05-12

第十九次中国暨国际生物物理大会肠道菌群与健康分论坛成功举办

7 月 26 日下午，由中国生物物理学会肠道菌群分会主办的“肠道菌群与健康”分论坛顺利召开。

2021-08-05

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马迎飞团队Nature子刊：揭示人肠道古菌病毒多样性

① 对先前发表研究的2971个宏基因组的古菌基因组重叠群进行了大规模鉴定；② 从已鉴定的古菌基因组重叠群和UHGG（统一人类胃肠道基因组）的1162个古菌基因组中获得了间隔物；③ 基于古菌间隔物收集和古菌病毒中存在的蛋白质同源特征，该文建立了古菌病毒检测管道；④ 并在人类肠道中获得了1279种古菌病毒；⑤ 该工作有助于更好地表征人类肠道中的古菌病毒及其古菌宿主，并提供人类肠道菌群的补充视图。

2022-12-29

马迎飞团队：底盘噬菌体的高通量制备方法

① 开发了一种自上而下的全基因组简化方法，称为基于CRISPR-Cas9的迭代噬菌体基因组简化方法；② 使用CiPGr成功简化了四种不同的有尾噬菌体基因组，得到了它们的底盘噬菌体、非必需基因集以及比野生型侵染能力更强的基因组简化噬菌体；③ 通过基因组简化可以获得比野生型噬菌体裂解能力更强突变株的可行性；④ 在CiPGr的操作过程中，研究团队只需要获得噬菌体基因组序列，就能够将该方法轻松推广至其他野生型噬菌体而不需要其他先验的知识。

2022-12-13

iMeta：马迎飞团队开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

① 本研究提出了一种结合神经网络和随机森林的框架，用于根据微生物丰度组成识别肠道菌群与二型糖尿病相关的生物标志物；② 构建生物标志物的定向相互作用网络，分析相关菌群在二型糖尿病相关变化中的潜在驱动因素；③ 分析二型糖尿病发展过程中空腹血糖动态变化与生物标志物的协调变化；④ 该研究为在菌群研究中使用神经网络算法铺平了道路，并为深入了解微生物在人类疾病发展中的作用和评估有相关疾病风险的个体提供了潜在机会。

2022-05-05

中科院先进院：肠道噬菌体与2型糖尿病相关

① 对比2型糖尿病（T2D）和健康个体粪便样本的全群落宏基因组测序（WCMS）数据，用多种生物信息学方法分析其中的噬菌体；② 根据噬菌体种类及细菌宿主定义噬菌体OTU（pOTU），发现复杂的肠道噬菌体组中存在大量未知噬菌体，有丰富的基因多样性；③ T2D患者的肠道噬菌体显著增多，包括7个主要pOTU；④ 肠道中噬菌体与细菌宿主间存在复杂的相互作用，不是简单的“此消彼长”，可能还有其他调控机制；⑤ 肠道噬菌体或可用于疾病的诊断和治疗。

2018-02-01

JAMA子刊：特定口腔细菌或与头颈部鳞状细胞癌低风险相关

① 选取来自2项不同队列研究（CPS-II及PLCO）中的58及71例头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）病例，分析口腔微生物组的组成；② 年龄、性别和种族不影响HNSCC的风险；③ 病例患者大多吸烟，且饮酒量更高，口腔中乳头瘤病毒-16呈阳性；④ 口腔菌群的整体组成与HNSCC并无关系，但高丰度的棒状杆菌属及金氏菌属与HNSCC风险降低相关，这可能来源于上述细菌对致癌物的代谢能力；⑤ 两个队列研究结果一致并且稳定，喉癌的发生与吸烟关系很大。

2018-01-11

中国慢性HIV感染者的粪便菌群多样性

① 收集13名慢性HIV患者和4名非HIV病人的粪便样品，利用16S扩增子测序比较两组肠道菌群组成差异；② 相比于非HIV个体，HIV组粪便菌群alpha多样性降低，PCA分析显示两组个体菌群组成显著分离；③ 分析发现中国慢性HIV感染者的粪便样本中厚壁菌门和变形菌门的丰度相对于健康人显著增加；④ 嗜胆菌属只在未感染者的粪便样本中被检测到，而拟杆菌属和arabacteroides在慢性HIV感染者的粪便中丰度更高。

2016-04-06

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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者

2022

CAMetagenomic analysis reveals unexplored diversity of archaeal virome in the human gut

Nat Commun, 10.1038/s41467-022-35735-y

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CAGenome-scale top-down strategy to generate viable genome-reduced phages

NAR, 10.1093/nar/gkac1168

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CADeephageTP: a convolutional neural network framework for identifying phage-specific proteins from metagenomic sequencing data

PeerJ, 10.7717/peerj.13404

CABacteriophage therapy for empyema caused by carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa

BIOSCI TRENDS, 10.5582/bst.2022.01147

2020

CAGut Microbiome Alterations Precede Cerebral Amyloidosis and Microglial Pathology in a Mouse Model of Alzheimer's Disease

BIOMED RES INT, 10.1155/2020/8456596

CACharacterization and Genomic Analysis of ValSw3-3, a New Siphoviridae Bacteriophage Infecting Vibrio alginolyticus

J VIROL, 10.1128/JVI.00066-20

头衔

中国科学院深圳先进技术研究院研究员

简介

教育经历

1997.09—2001.07，山东农业大学，获得学士学位

2001.09—2004.07，山东农业大学，获得硕士学位

2005.09—2009.04，中国科学院微生物研究所，获得博士学位

工作经历

2009.06—2011.04，加州大学圣迭戈分校，博士后

2011.05~2015.09,纽约大学医学院, 研究科学家

2015.09~现在, 中国科学院深圳先进技术研究院研究员

主要研究领域与方向

人工改造噬菌体治疗超级耐药菌