赵方庆
中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、研究员、中国科学院北京生命科学研究院教授
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
刘骞/汪红英/赵方庆/王霞:解析具有转移潜力的大肠癌细胞分子特征
北京协和医学院刘骞和汪红英、中科院北京生命科学研究院赵方庆、清华大学王霞及团队发表文章,揭示了结直肠癌(CRC)转移的起源和机制,有助于为CRC患者开发潜在的抗转移治疗靶点。
03-28
赵方庆+孙宁霞等:孕期微生物组与生殖系统疾病的关联及时空模式
中科院北京生命科学研究院赵方庆、上海长征医院孙宁霞与团队发表研究,收集整理了涵盖9个国家超过10000例的孕妇微生物组测序数据,包括孕妇肠道、阴道和口腔在不同妊娠期的微生物信息,进行荟萃分析,建立了怀孕微生物组的全面图谱。
03-08
魏辅文+赵方庆等:构建大熊猫高质量肠道微生物组目录
近日,中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究,基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据,构建大熊猫高质量肠道微生物组目录(PandaGut),共识别出820个MAGs和237万个独特基因,并构建划分出三种代表性肠型,值得关注。
2023-10-11
赵方庆团队:肠道菌群靶向干预——从传统方法到工程菌(观点)
随着我们对肠道菌群在疾病中重要性认识的不断提高,靶向肠道菌群的干预手段已从传统方法,包括饮食调整、运动、益生元、益生菌、合生元、后生元和粪菌移植等,逐渐拓展开发出利用基因工程构建工程菌作为治疗载体的新型干预方法。中科院北京生命科学研究院赵方庆教授团队在Science Bulletin发表最新观点性文章,概括了靶向肠道菌群的干预策略,提出通过肠道菌群靶向干预防治疾病的巨大潜力。
2023-06-29
赵方庆团队:MAMI,研究母婴菌群的利器
① 母婴微生物图谱(MAMI)数据库的建立,汇集了有关母婴微生物组的数据以及有关可食用益生菌菌株的数据;② 该数据库目前包含了来自29个国家3.9万余生物样本的数据,可提供检索、分析和可视化等服务;③ 可借助该数据库开展动态分析、交互作用探索和差异挖掘等工作;④ 生物样本来源包括来自于母婴的肠道、皮肤、口腔、阴道、鼻咽、母乳等部位的菌群;⑤ 数据库还包含了14株益生菌菌株,可为进一步探讨益生菌食品和药品提供帮助;
2023-10-11
魏辅文+赵方庆等:构建大熊猫高质量肠道微生物组目录
① 基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据,构建大熊猫高质量肠道菌群目录(PandaGut,包含820个MAGs),其中64.5%属于先前未报道物种;② PandaGut含237万个独特基因,74.8%有完整开放阅读框,有利于挖掘物种功能潜力;③ 在野生和圈养熊猫种群中鉴定出三种肠型,分别以梭菌属、假单胞菌属和埃希氏杆菌属为特征;④ 野生熊猫表现出宿主遗传特异性的微生物结构和功能,提示宿主与肠菌存在共生关系,圈养熊猫群则编码更多的多重耐药基因。
2023-10-07
赵方庆团队:肠道菌群靶向干预——从传统方法到工程菌(观点)
① 肠道菌群生态失调与疾病相关,传统的菌群干预方法,包括饮食调整、运动 、益生元、益生菌、合生元、后生元和粪菌移植(FMT),但需精准营养提高其精确度和有效性;② 工程菌干预可能导致代谢负担增加、激活宿主免疫并引发副作用,需监测潜在风险;③ FMT和工程菌干预疾病,分别面临着长期安全风险,生物安全和环境安全风险;④ 肠道菌群与疾病因果关系研究的进步,与人工智能、多组学和合成生物学相结合,为菌群靶向干预治疗疾病带来希望。
2023-05-22
赵方庆等GUT:一文读懂母婴菌群(综述)
① 母亲与后代间的微生物互作在围产期频繁发生,对新生儿发育有很大影响;② 遗传和环境因素等多种决定因素可影响妊娠、分娩和哺乳期间的微生物传递和定植;③ 从怀孕开始,女性菌群发生巨大变化,母体菌群失调可能对后代有不良影响;④ 产前菌群富有争议,但越来越多的证据表明存在产前菌群,且对胎儿免疫系统有潜在影响;⑤ 生命早期的微生物定植和发育极为重要,来自母亲的微生物传递有助于正常的菌群演替,并促进新生儿免疫系统成熟。
2023-01-31
吴金雨+赵方庆+王金锋Cell子刊:原发性干燥综合征患者微生态失调
① 纳入133例原发性干燥综合征(pSS)患者、56例非pSS患者和40例正常对照,分析粪便、口腔、阴道和外周血共计658份样本,发现pSS患者菌群出现紊乱,各采样位置菌群多样性降低,代谢相关通路变化显著;② 与正常人群相比,pSS口腔菌群差异最为显著;③ pSS患者肠道、口腔和阴道菌群中特征菌属的变化与临床表征具有相关性,且菌群变化可能先于pSS症状出现;④ 羟氯喹治疗可以一定程度上改善pSS菌群的紊乱。
2022-09-13
杨仕明+赵方庆+李忠俊:肠道菌群与新冠疫苗应答间的关联
① 纳入207名接种BBIBP-CorV疫苗的参与者,发现参与者产生抗体反应前后的肠道菌群组成显著不同,且菌群功能特征如SCFAs(短链脂肪酸)合成和碳水化合物降解等过程发生改变;② 参与者的淋巴细胞,T细胞比例和IL-8浓度等在注射疫苗后与疫苗应答呈正相关,而氮化合物代谢等与疫苗应答呈负相关;③ 对疫苗表现出高抗体反应组参与者的血清和粪便中的SCFAs水平明显高于低抗体反应组,且其SCFAs的水平与抗体的应答水平呈正相关。
2022-09-12
赵方庆+张发明:提高FMT疗效,如何选择供-受体配对?
① 纳入61例进行FMT的IBD患者,结合额外14个FMT队列数据(IBD和CDI),研究供/受体的肠道菌群特征与FMT疗效的关系;② 根据菌群中的优势菌,发现受体和供体中各自普遍存在2种肠型(RCPT/E和B,DONOR/P和B);③ 分析供体和FMT前后受体菌群组成的相似程度,并计算受体FMT后的定植菌/土著菌的比值,表明供体细菌在受体中的植入有助于FMT应答;④ 分析供-受体肠型表明,RCPT/E对2种供体肠型的应答都较好,而RCPT/B对DONOR/P应答较好;⑤ 通过机器学习建立基于肠型的供体选择模型,在42例IBD的验证队列中,符合该模型配对的FMT应答率高达93.3%。
2022-07-19
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
2023
2022
中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、研究员
中国科学院北京生命科学研究院教授
计算生物学联合研究中心秘书长
中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任
中国肠道大会联合发起人&执行主席
赵方庆,博士,中国科学院北京生命科学研究院“百人计划”研究员、中国科学院大学医学院岗位教授、优青基金获得者、首届北京市杰出青年基金获得者。近年来,先后主持国家自然科学基金7项(青年、面上、培育、重点和优青等)、国家重点研发计划课题3项、国防科技创新特区项目、中国科学院“科技创新交叉与合作团队”项目和中科院院长特别奖基金等。在Gut、Genome Biology、Nature Communications、ISME J、Current Biology和Nucleic Acids Res 等刊物上发表通讯作者论文40余篇,平均影响因子超过11;研究论文总引用次数超过5500次(H-index 37),其中多篇入选ESI高被引论文;参与编写中英文专著4部;连续3年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019);培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”。
1997.09—2001.06,青岛海洋大学,学士
2001.07—2006.06,中国科学院海洋研究所,博士
2006.7-2010.12,美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,博士后
2011,中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员
现任中科院北京生科院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长等
宏基因组技术与人体健康,重点开发基于单细胞测序技术的宏基因组拼接、序列归类和注释等方面的算法和工具,研究人体口腔和肠道微生物组
基因组变异与精准医学,重点关注基因组结构变异挖掘中的中断点的精准定位等关键性问题
环形非编码RNA组学,为后续研究环形RNA的形成及可变剪接机制提供重要的方法学工具
在国际SCI刊物Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology和Hereditas等杂志担任编委
3次荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019)
培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”