朱怀球
北京大学工学院教授
朱怀球,教授、博士生导师,兼任中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、北京生物信息学研究会秘书长、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology  (IJCIBSB) 副主编、以及Dataset Papers in Biol.、Hans J. Comput. Biol.、J. Metabol. Sys. Biol.、British J. Health Informatics Monitoring、J. Biochem. Mol. Biol. Res.等国际期刊编委、《北京生物医学工程》编委。
朱怀球团队:DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具
① DeePhage 使用“one-hot”编码形式来详细表示 DNA 序列;② 通过卷积神经网络检测序列特征以获取有价值的局部特征;③ DeePhage 在 5 倍交叉验证上的准确率高达 89%,比 2 个类似工具 PhagePred 和 PHACTS 高出近 10% 和 30%;④ 在真实的宏病毒组中,DeePhage 在使用 BLAST 作为注释时正确预测了最高比例的重叠群,没有明显的偏好;⑤ 在相同的计算配置下,DeePhage 与 PhagePred 和 PHACTS 相比,运行时间分别减少了 245 和 810 倍。
2021-09-08
朱怀球团队:从宏病毒组中识别噬菌体片段宿主的工具HoPhage
① 该研究提出 HoPhage(噬菌体宿主)以从属水平的宏病毒组数据中识别给定的噬菌体片段的宿主;② HoPhage 分别使用深度学习算法和马尔可夫链模型方法,集成为两个模块;③ 在预测 50 个属中的宿主时,HoPhage 在 1 kb 长的人造噬菌体片段的属和门水平上实现了 47.90% 和 82.47% 平均准确度的大幅提升;④ 通过对三个真实的病毒组样本进行测试,HoPhage 在更广泛的参试宿主范围内在属级水平上产生了 81.11% 的平均准确度。
2021-08-12
北京大学工学院教授
朱怀球,教授、博士生导师,兼任中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、北京生物信息学研究会秘书长、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology  (IJCIBSB) 副主编、以及Dataset Papers in Biol.、Hans J. Comput. Biol.、J. Metabol. Sys. Biol.、British J. Health Informatics Monitoring、J. Biochem. Mol. Biol. Res.等国际期刊编委、《北京生物医学工程》编委。
1992年本科毕业于华中科技大学工程力学专业。1997年硕士毕业于北大流体力学专业。2000年博士毕业于北大流体力学专业计算流体力学方向,获理学博士学位。2001-02年北大湍流与复杂系统国家重点实验室博士后,开始转入生物信息学的交叉学科研究。2003年1月留校任教,2006年加入北大工学院生物医学工程系。2007-08年在芬兰赫尔辛基大学芬兰基因组中心进行访问研究。目前同时担任湍流与复杂系统国家重点实验室PI、北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心PI。曾任理论生物中心主任助理、工学院生物医学工程系常务副主任,工学院副院长。
目前主要研究领域为生物医学信息学和计算系统生物学,研究兴趣包括基于大数据的生物医学数据分析、基于下一代测序(NGS)技术的高通量基因组生物信息学方法和技术、环境与人体微生物组学、生物进化以及生物分子动力学分析等问题。主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法达到国际领先水平,并被应用于美国St. Louis华盛顿大学、英国Sanger研究所和法国原子能委员会(CEA Cadarche)等多项国际微生物基因组测序计划。近年来,致力于发展基于下一代测序(NGS)技术的基因组生物信息学方法和技术,在微生物宏基因组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等方面的研究,完成了一系列原创性的工作。与美国Georgia Institute of Technology生物医学工程系相关实验室保持良好的合作关系。发表各类论文110余篇,其中SCI论文50余篇,研究结果已在Nucleic Acids Res.、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、BMC Genomics等生物信息学领域刊物发表,多篇论文被BioMed Central评为“高访问率论文”,并多次被Cell、Nature、Nat. Methods、Nat. Rev. Microbiol.等正面引用或专门报道,SCI H-index值达到13。
先后主持和合作承担国家自然科学基金重点项目和面上项目、国家科技部973计划和支撑计划、国家重点研发计划等各类国家级科研项目20多项。开设研究生专业必修课《统计与数据分析》、《生物医学应用数学》、《理论与系统生物学实验》,生物医学工程专业本科生必修课《生物医学工程设计》、专业选修课《计算生物学导论》以及研究生专业选修课《生物医学中的系统生物学》等课程。已培养毕业博士生18人、硕士生10人,并作为博士生导师获得了2010年北京市优秀博士论文、2011年北京大学优秀博士论文二等奖、2011年全国优秀博士论文提名奖。先后获得中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖(指导教师、通讯作者),以及北京大学首届教学优秀奖(研究生部分)、北京大学教学优秀奖(本科生部分)、北大宝洁奖教金、北大方正优秀奖教金、埃克森-美孚北大奖教金等。