肠道菌群与动物体肠屏障功能的构建和消化道稳态的维持密切相关。外源粪菌干预是一种将健康外源供体的粪便菌群移植到受体胃肠道内进而重塑消化道菌群结构、改善肠道健康的微生态调节途径。该研究选用健康成年金华猪与三元杂交仔猪分别作为外源粪菌干预的供体与受体，借助多组学技术对肠道菌群干预与肠屏障功能互作的分子调节机制进行解析，为改善仔猪肠道健康提供了新思路。

肠道微生物与肠上皮细胞间互作影响营养物质的吸收利用和动物肠道健康。氨基酸作为猪饲料中的主要蛋白源在上皮屏障与肠道微生态平衡中发挥着重要作用。我们的研究发现，肠道微生物能大量代谢赖氨酸、苏氨酸、精氨酸、谷氨酸和亮氨酸，中等程度地代谢异亮氨酸、缬氨酸和组氨酸。外源性添加氨基酸可以调节猪肠道的微生物的组成与比例，促进乳酸菌等有益微生物的增殖，抑制条件性致病菌的定殖，进而影响机体消化道生理和肠屏障功能。因此，揭示肠道微生物的氨基酸代谢，有助于维持猪肠道稳态，提高饲料中蛋白质利用效率。

碳水化合物是反刍动物主要能量来源，通过影响到达各消化位点的营养物质组分，调控消化道微生物区系及其代谢产物，改善营养物质利用效率和机体健康。本研究团队通过调节日粮瘤胃降解淀粉（Ruminal Regradable Starch , RDS）水平，研究其对奶山羊瘤胃及后肠道营养物质代谢及微生物区系的影响，并利用多组学关联分析阐明碳水化合物平衡调控奶畜消化道营养高效转化和机体免疫的微生物学机制，旨在为营养调控奶畜消化道微生物区系提供理论依据和技术参考。