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代谢基因簇
文章数:2篇
gutSMASH
Nature子刊:gutSMASH助力评估肠道菌群特定代谢潜力
肠道菌群可产生数百个小分子,其中许多参与调节宿主生理机能,虽然目前已经努力鉴定代谢产物的生物合成基因,但肠道菌群的化学输出主要由初级代谢产物组成。近日,荷兰瓦赫宁根大学、美国斯坦福大学研究团队,傅静远教授和陈连民教授作为共同作者,在Nature Biotechnology发表最新研究,开发了一种新工具gutSMASH(https://github.com/victoriapascal/gutsmash),通过预测肠道微生物组中已知的和新的代谢基因簇(MGC),系统地评估肠道菌群的代谢潜力,在4240个高质量基因组中共鉴定到近2万个代谢基因簇(MGC),gutSMASH还识别到不同菌属的能量捕获机制也存在显著的差异。此外,通过人群大队列验证,发现血液/粪便的菌群衍生代谢物水平与相应代谢基因的宏基因组丰度相关性很弱。总之,该工具不仅可以预测已知功能的MGC,还可以预测可能代表进一步实验表征的良好候选者的新型 MGC,值得测试。
gutSMASH
初级代谢产物
研究论文
基础研究
代谢基因簇
肠道菌群
GutSMASH:自动识别肠道菌群中的主要代谢基因簇的网站
人类菌群中厌氧细菌衍生的初级代谢物很重要,但不存在预测负责其产生的基因簇的工具。为此,本文推出了gutSMASH。GutSMASH 可以预测 41 种不同的已知途径,包括涉及生物能量学的初级代谢基因簇 (MGC)。为了使该工具更加用户友好和易于访问,作者开发了gutSMASH网络服务器,网址https://gutsmash.bioinformatics.nl/。用户可以输入 GenBank 程序集登录名或上传 FASTA 或 GenBank 格式的基因组文件。或者,用户可以启用其他分析,以进一步了解预测的MGC。交互式 HTML 输出提供了一种用户友好的方式来浏览功能基因注释和与参考基因簇以及其他基因组中预测的基因簇的序列比较。因此,该网络服务器提供了一个简化且用户友好的界面,以分析肠道菌群的代谢潜力。
肠道菌群
代谢基因簇
GutSMASH网络服务器
功能基因注释
数据库