宏基因组菌株检测

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宏基因组菌株检测

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StrainXpress：一种针对宏基因组数据快速准确的组装方法

随着下一代测序技术的发展以及测序成本的降低，多种组装方法已经被开发在物种水平上识别和重建基因组。然而，它们在菌株水平上区分基因组的能力仍有很大的改进空间。近日，研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，他们开发了StrainXpress工具，基于OLC（overlap-layout-consensus）算法从头组装，可以快速准确地从宏基因组数据中组装出单个基因组，通过模拟和真实数据也证明StrainXpress工具重建菌株特异性序列的数量优于当前最先进的方法，值得相关人员关注和测试。

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宏基因组菌株检测

使用 SameStr 进行宏基因组菌株检测：识别可通过粪便移植转移的持久核心肠道菌群

作者开发了 SameStr，一种生物信息学工具，其能够检测宏基因组样本中共享菌株，提供了对宏基因组序列数据中共享菌株的稳健识别，具有足够的特异性和敏感性，以检查人类粪便菌群中的菌株持久性、转移和植入。作者的研究结果确定了一个持久健康的成人核心肠道菌群，且应进一步研究以阐明菌群对慢性疾病的贡献。

宏基因组菌株检测核心肠道菌群共享菌株单核苷酸变异 (SNV) 粪便菌群移植 (FMT)