Shinichi Sunagawa

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Shinichi Sunagawa

文章数：3篇

高通量测序

高通量测序如何用于定位可诱导噬菌体的基因组位置？又如何量化噬菌体活性？

温和的噬菌体影响细菌种群的密度、多样性和功能。最近研究表明，它们也是肠道微生物群的直接调节剂，并间接影响宿主的健康和疾病。Microbiome发表的文章，提出了一种使用高通量测序数据定位可诱导的前噬菌体并量化其活性的方法。最后，研究还强调，对预测的噬菌体进行实验验证仍然是细菌基因组注释的一个重要任务，因为单靠生物信息学工具的预测可能不够准确。

高通量测序肠道噬菌体前噬菌体溶源化前噬菌体诱导噬菌体活性

沙门氏菌定植

Cell子刊：揭示小鼠肠道内沙门氏菌厌氧呼吸的机制

小鼠伤寒沙门氏菌具有代谢适应性，可利用微生物衍生的H2作为电子供体，延胡索酸作为电子受体，通过厌氧呼吸获取能量，促进沙门氏菌在肠道中初始生长。但延胡索酸在肠道中浓度较低，所以沙门氏菌中延胡索酸的来源尚不清楚。Cell Host & Microbe发表的文章，利用无偏差的突变试验、基因缺失上位性实验和代谢物分析，确定了DcuABC依赖的苹果酸和天冬氨酸转运及其转化为延胡索酸是促进H2/延胡索酸厌氧呼吸的主要机制。此外，这种策略同样适用于共生菌大肠杆菌，或具有更广的适用范围。

沙门氏菌定植 C4-二羧酸盐反向转运蛋白DcuABC H2/延胡索酸厌氧呼吸苹果酸天冬氨酸

Nature子刊：膳食脂肪扰动小鼠肠道菌群的定植抵抗作用

菌群可帮助宿主抵抗致病菌定植，Nature Microbiology近期发表的一项研究表明，消化高脂食物引起的胆汁分泌，可削弱小鼠肠道菌群对鼠伤寒沙门氏菌的定植抵抗作用，而特定大肠杆菌也对胆盐有较好的耐受性，因而可与致病的沙门氏菌竞争，减少小鼠的肠道感染。这些发现对于研究致病菌-菌群-宿主之间的相互作用具有参考意义。

定植抵抗高脂饮食膳食纤维肠道感染鼠伤寒沙门氏菌